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- PDB-7bgf: CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DIMERIC COILED COIL OF THE HU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bgf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DIMERIC COILED COIL OF THE HUMAN CTIP PROTEIN
要素DNA endonuclease RBBP8,CtIP/RBBP8
キーワードDNA BINDING PROTEIN / COILED COIL / DIMER / DNA REPAIR / HOMOLOGOUS RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / BRCA1-C complex / blastocyst hatching / DNA strand resection involved in replication fork processing / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / homologous recombination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / mitotic G2/M transition checkpoint / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function ...DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / BRCA1-C complex / blastocyst hatching / DNA strand resection involved in replication fork processing / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / homologous recombination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / mitotic G2/M transition checkpoint / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / Transcriptional Regulation by E2F6 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / transcription repressor complex / meiotic cell cycle / double-strand break repair via homologous recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / Meiotic recombination / G1/S transition of mitotic cell cycle / transcription corepressor activity / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA endonuclease Ctp1, N-terminal / DNA endonuclease RBBP8-like / Tumour-suppressor protein CtIP N-terminal domain / DNA endonuclease activator Ctp1, C-terminal / DNA endonuclease activator SAE2/CtIP C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA endonuclease RBBP8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.802 Å
データ登録者Morton, C.R. / Pellegrini, L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust104641/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the coiled-coil architecture of human CtIP.
著者: Morton, C.R. / Rzechorzek, N.J. / Maman, J.D. / Kuramochi, M. / Sekiguchi, H. / Rambo, R. / Sasaki, Y.C. / Davies, O.R. / Pellegrini, L.
履歴
登録2021年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA endonuclease RBBP8,CtIP/RBBP8
B: DNA endonuclease RBBP8,CtIP/RBBP8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5472
ポリマ－30,5472
非ポリマー00
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area16690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.598, 86.598, 42.601
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 DNA endonuclease RBBP8,CtIP/RBBP8 / CtBP-interacting protein / CtIP / Retinoblastoma-binding protein 8 / RBBP-8 / Retinoblastoma- ...CtBP-interacting protein / CtIP / Retinoblastoma-binding protein 8 / RBBP-8 / Retinoblastoma-interacting protein and myosin-like / RIM / Sporulation in the absence of SPO11 protein 2 homolog / SAE2


分子量: 15273.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct expresses amino acids 31 to 145 of human CtIP. It contains two single-point mutations: C89 and C92 have been mutated to alanine. The GSMG peptide at the N-terminus contains the ...詳細: The construct expresses amino acids 31 to 145 of human CtIP. It contains two single-point mutations: C89 and C92 have been mutated to alanine. The GSMG peptide at the N-terminus contains the amino acids left over after TEV cleavage of the MBP tag, and is not part of the CtIP sequence. The WSHPQFEK sequence at the C-terminus represents the Strep tag peptide and is not part of the CtIP sequence.,The construct expresses amino acids 31 to 145 of human CtIP. It contains two single-point mutations: C89 and C92 have been mutated to alanine. The GSMG peptide at the N-terminus contains the amino acids left over after TEV cleavage of the MBP tag, and is not part of the CtIP sequence. The WSHPQFEK sequence at the C-terminus represents the Strep tag peptide and is not part of the CtIP sequence.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP8, CTIP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: Q99708, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Condition F6 of the Morpheus crystallisation screen MD-47 (Molecular Dimensions).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.802→37.5 Å / Num. obs: 8624 / % possible obs: 97.95 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 79.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05463 / Rpim(I) all: 0.03947 / Rrim(I) all: 0.06769 / Net I/σ(I): 12.18
反射 シェル解像度: 2.802→2.902 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7581 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 878 / CC1/2: 0.601 / Rpim(I) all: 0.5435 / Rrim(I) all: 0.9365 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology models

解像度: 2.802→37.5 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 813 10 %
Rwork0.2235 --
obs-8612 97.95 %
原子変位パラメータBiso max: 186.96 Å2 / Biso mean: 101.8615 Å2 / Biso min: 44.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.802→37.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1857 0 0 36 1893

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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