PDB-7bf7: Mutant L58F of recombinant bovine beta-lactoglobulin in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bf7

タイトル

Mutant L58F of recombinant bovine beta-lactoglobulin in complex with tetracaine

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lactoglobulin / mutant / ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kaczor, K. / Lewinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2021
タイトル: Interactions of new lactoglobulin variants with tetracaine: crystallographic studies of ligand binding to lactoglobulin mutants possessing single substitution in the binding pocket.
著者: Loch, J. / Bonarek, P. / Siuda, M. / Wrobel, P. / Lewinski, K.

履歴

登録	2021年1月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bf7.cif.gz	75.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bf7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bf7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/7bf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/7bf7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bf8C 7bf9C 7bgaC 7bgxC 7bgzC 7bh0C 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4iba-1 3uew-1 2c98-d 4qnr-d 2vii-d 7bf8-d 7bgz-1 2akq-1 6rwr-1 4qnm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

AAA: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.344, 53.344, 111.869
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18267.031 Da / 分子数: 1 / 変異: L1A, I2S, L58F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-TE4 / Tetracaine / 2-(dimethylamino)ethyl 4-(butylamino)benzoate / テトラカイン分子量: 264.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.8 M ammonium sulfate in 0.5 M Tris-HCl pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→13.77 Å / Num. obs: 11130 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 29028 / Scaling rejects: 15

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.1-2.17	2	0.285	1.6	1943	982	0.805	0.265	0.391	1.7	96.8
8.4-13.77	2.1	0.024		354	166	0.999	0.018	0.03	17.1	77.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.3.11	データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
CrysalisPro		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 2.1→13.769 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 12.777 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.196 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2491	1049	9.444 %	RANDOM
R_work	0.2029	10058	-	-
all	0.207	-	-	-
obs	0.20738	11107	98.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.557 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.014 Å²	0.007 Å²	-0 Å²
2-	-	0.014 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.045 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→13.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1210	0	24	74	1308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.722	1.659	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.232	1.606	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.576	5	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.33	25.455	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.441	15	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.38	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	601
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.743	2.556	614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.74	2.555	613
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.88	3.821	764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.879	3.822	765
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.935	2.823	641
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.931	2.8	638
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.306	4.132	935
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.302	4.096	930
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.187	29.098	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.157	28.969	1271

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.385	81	0.261	679	X-RAY DIFFRACTION	95.5975
2.155-2.213	0.336	86	0.267	716	X-RAY DIFFRACTION	99.0123
2.213-2.277	0.305	48	0.234	698	X-RAY DIFFRACTION	98.5469
2.277-2.347	0.332	57	0.244	700	X-RAY DIFFRACTION	99.0838
2.347-2.424	0.241	55	0.219	681	X-RAY DIFFRACTION	98.7919
2.424-2.509	0.309	77	0.244	599	X-RAY DIFFRACTION	98.2558
2.509-2.603	0.313	64	0.235	608	X-RAY DIFFRACTION	98.5337
2.603-2.709	0.278	64	0.234	586	X-RAY DIFFRACTION	98.1873
2.709-2.829	0.317	64	0.235	570	X-RAY DIFFRACTION	98.4472
2.829-2.967	0.265	49	0.223	562	X-RAY DIFFRACTION	98.8673
2.967-3.127	0.245	43	0.232	521	X-RAY DIFFRACTION	99.2958
3.127-3.315	0.255	50	0.216	515	X-RAY DIFFRACTION	99.8233
3.315-3.543	0.254	63	0.206	460	X-RAY DIFFRACTION	100
3.543-3.825	0.215	69	0.166	418	X-RAY DIFFRACTION	100
3.825-4.187	0.162	43	0.161	406	X-RAY DIFFRACTION	100
4.187-4.677	0.174	36	0.138	374	X-RAY DIFFRACTION	100
4.677-5.391	0.195	34	0.146	347	X-RAY DIFFRACTION	100
5.391-6.58	0.187	23	0.187	296	X-RAY DIFFRACTION	100
6.58-9.213	0.304	32	0.179	225	X-RAY DIFFRACTION	100
9.213-13.769	0.188	11	0.188	97	X-RAY DIFFRACTION	65.0602

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.082 Å / Origin y: 4.7599 Å / Origin z: 33.8706 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0679 Å²	0.0415 Å²	-0.0181 Å²	-	0.0396 Å²	-0.0247 Å²	-	-	0.0184 Å²
L	0.3315 °²	0.048 °²	0.1986 °²	-	1.2209 °²	-0.3248 °²	-	-	1.1486 °²
S	-0.1228 Å °	-0.0649 Å °	0.0175 Å °	0.0118 Å °	0.0493 Å °	-0.0579 Å °	-0.0055 Å °	-0.0915 Å °	0.0735 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	3 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	201
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	202
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	301 - 374

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)