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- PDB-7bez: Zinc bound domain 3 of carbonic anhydrase from marine diatom Thal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bez
タイトルZinc bound domain 3 of carbonic anhydrase from marine diatom Thalassiosira weissflogii
要素Cadmium-specific carbonic anhydrase
キーワードLYASE / MARINE DIATOM / CARBONIC ANHYDRASE / ZINC-BOUND
機能・相同性Cadmium carbonic anhydrase repeat / Cadmium carbonic anhydrase repeat / metal ion binding / Cadmium-specific carbonic anhydrase
機能・相同性情報
生物種Thalassiosira weissflogii (珪藻)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.981 Å
データ登録者Alterio, V. / De Simone, G.
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Zeta-carbonic anhydrases show CS 2 hydrolase activity: A new metabolic carbon acquisition pathway in diatoms?
著者: Alterio, V. / Langella, E. / Buonanno, M. / Esposito, D. / Nocentini, A. / Berrino, E. / Bua, S. / Polentarutti, M. / Supuran, C.T. / Monti, S.M. / De Simone, G.
履歴
登録2021年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadmium-specific carbonic anhydrase
B: Cadmium-specific carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7844
ポリマ－49,6532
非ポリマー1312
水2,738152
1
A: Cadmium-specific carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8922
ポリマ－24,8261
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cadmium-specific carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8922
ポリマ－24,8261
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.754, 62.511, 75.397
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Cadmium-specific carbonic anhydrase / (CDCA1-R3)


分子量: 24826.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MARINE DIATOM / 由来: (組換発現) Thalassiosira weissflogii (珪藻) / 遺伝子: cdca1 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q50EL4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 27% (w/v) PEG3350, 20 mM sodium dihydrogen phosphate, 100 mM HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 31341 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 1.031 / Net I/av σ(I): 13.3 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.98-2.022.70.4542.112570.7940.3110.5550.93775.7
2.02-2.062.80.4042.412880.8450.2730.4920.8881.8
2.06-2.12.80.3412.913960.8860.2270.4130.90283.1
2.1-2.142.90.352.914000.9230.230.4220.90786.4
2.14-2.1930.2754.314390.90.1770.3291.13188.8
2.19-2.243.10.2943.815440.9350.1880.3510.96592.8
2.24-2.33.20.2744.415730.9310.1730.3260.99596.4
2.3-2.363.50.2555.216110.9470.1560.30.98698.6
2.36-2.433.70.2426.116240.9560.1430.2831.04599.6
2.43-2.513.90.221716540.9710.1270.2561.061100
2.51-2.64.20.217.716440.9690.1160.241.082100
2.6-2.74.70.2038.416440.9780.1040.2291.098100
2.7-2.825.10.1818.216220.980.0880.2021.116100
2.82-2.975.20.13711.616380.990.0660.1531.04100
2.97-3.165.40.12213.716830.9910.0570.1351.098100
3.16-3.45.80.09916.516290.9930.0440.1081.062100
3.4-3.746.40.08717.916650.9950.0370.0951.004100
3.74-4.297.90.07226.816500.9970.0270.0771.046100
4.29-5.48.20.05931.616790.9980.0220.0631.042100
5.4-507.90.04935.517010.9980.0190.0530.95599.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UK8

3uk8


解像度: 1.981→33.235 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 950 2.9 %Random
Rwork0.2085 27820 --
obs-28770 86.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 59.64 Å2 / Biso mean: 28.1 Å2 / Biso min: 13.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.69 Å2-0 Å29.001 Å2
2---9.123 Å20 Å2
3----9.567 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.981→33.235 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3188 0 2 152 3342
Biso mean--24.33 29.77 -
残基数----424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.491
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2041.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8272.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Refine-ID
1.981-2.05X-RAY DIFFRACTION
2.05-2.13X-RAY DIFFRACTION
2.13-2.23X-RAY DIFFRACTION
2.23-2.35X-RAY DIFFRACTION
2.35-2.5X-RAY DIFFRACTION
2.5-2.69X-RAY DIFFRACTION
2.69-2.96X-RAY DIFFRACTION
2.96-3.39X-RAY DIFFRACTION
3.39-4.27X-RAY DIFFRACTION
4.27-33.235X-RAY DIFFRACTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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