PDB-7bec: Unusual structural features in the adduct of dirhodium tetraaceta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bec

タイトル

Unusual structural features in the adduct of dirhodium tetraacetate with lysozyme (5)

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / Metal/protein adduct / dimetallic complex / metallodrug

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Loreto, D. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Unusual Structural Features in the Adduct of Dirhodium Tetraacetate with Lysozyme.
著者: Loreto, D. / Ferraro, G. / Merlino, A.

履歴

登録	2020年12月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bec.cif.gz	45 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bec.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bec_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bec_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7bec_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	7bec_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7bec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7bec	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bdzC 7be0C 7be1C 7be2C 7bebC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lfx-d 1her-d 3a3r-d 1ykz-d 6sim-d 6qx0-d 5t3f-d 7c09-d 1rfp-d 1ljn-d 6k8g-d 6pl9-d 1ir8-d 1heq-d 5m1y-1 4ete-d 1ios-d 1bwi-d 7cdk-d 4gcd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.700, 78.700, 37.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-328- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 87分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-RH / Rhodium 分子量: 102.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rh / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate, 20% ethylene glicol, 0.1 M sodium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→35.19 Å / Num. obs: 11349 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 25 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 24.7
反射シェル	解像度: 1.74→1.83 Å / 冗長度: 27.6 % / R_merge(I) obs: 3.12 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 567 / CC_1/2: 0.474 / R_pim(I) all: 0.848 / % possible all: 36

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
MOSFLM		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193L

193l

解像度: 1.74→35.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 4.173 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2284	555	4.89 %
R_work	0.1847	10794	-
all	0.187	-	-
obs	-	11349	90.756 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.938 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.227 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.227 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.455 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→35.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	36	75	1112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	935
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.19	0.01	4
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.553	1.67	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.384	1.589	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.122	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.207	20.469	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.871	15	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.595	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	907
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.093	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.025	4.184	522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.006	4.164	519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.969	6.251	650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.977	6.262	651
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.462	4.852	545
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.459	4.855	546
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.037	7.07	793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.032	7.074	794
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.527	51.064	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.528	50.866	1278

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.785	0.415	16	0.374	177	X-RAY DIFFRACTION	21.3969
1.785-1.834	0.334	31	0.325	469	X-RAY DIFFRACTION	56.5611
1.834-1.887	0.345	42	0.299	745	X-RAY DIFFRACTION	92.8066
1.887-1.945	0.318	39	0.271	792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.945-2.009	0.327	32	0.232	773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.009-2.079	0.316	35	0.216	762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.079-2.158	0.262	38	0.203	705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.158-2.246	0.241	31	0.197	709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.246-2.345	0.301	33	0.186	675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.345-2.46	0.214	36	0.197	639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.592	0.23	28	0.201	609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.592-2.749	0.241	30	0.209	577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.749-2.938	0.225	26	0.214	561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.938-3.173	0.273	32	0.202	513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.173-3.475	0.241	25	0.178	472	X-RAY DIFFRACTION	100
3.475-3.883	0.173	21	0.168	436	X-RAY DIFFRACTION	100
3.883-4.48	0.137	20	0.128	395	X-RAY DIFFRACTION	100
4.48-5.478	0.222	17	0.148	342	X-RAY DIFFRACTION	100
5.478-7.71	0.214	14	0.191	272	X-RAY DIFFRACTION	100

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