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- PDB-7bdw: Crystal structure of mycobacterial PptAb in complex with ACP and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bdw
タイトルCrystal structure of mycobacterial PptAb in complex with ACP and compound 8918
要素
  • Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
  • Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
キーワードTRANSFERASE / Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / phosphopantetheine binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Enterobactin synthetase-like, component D / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. ...Enterobactin synthetase-like, component D / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Chem-FD7 / : / Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC / Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Carivenc, C. / Nguyen, M.C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Phosphopantetheinyl transferase binding and inhibition by amidino-urea and hydroxypyrimidinethione compounds.
著者: Carivenc, C. / Maveyraud, L. / Blanger, C. / Ballereau, S. / Roy-Camille, C. / Nguyen, M.C. / Genisson, Y. / Guilhot, C. / Chalut, C. / Pedelacq, J.D. / Mourey, L.
履歴
登録2020年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
B: Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3636
ポリマ－42,2242
非ポリマー1,1404
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.840, 63.037, 108.566
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase


分子量: 25432.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MD73
#2: タンパク質 Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC


分子量: 16791.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ppsC, CAB90_03283 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I7WB16

-
非ポリマー , 4種, 12分子

#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FD7 / N-(2,6-diethylphenyl)-N'-(N-ethylcarbamimidoyl)urea


分子量: 262.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Na Cacodylate 30 % PEG 8K 0.2 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→41.13 Å / Num. obs: 11769 / % possible obs: 99.06 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 66.84 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.16
反射 シェル解像度: 2.552→2.643 Å / Num. unique obs: 1055 / CC1/2: 0.784

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RCX

6rcx


解像度: 2.55→41.13 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 2163 9.98 %
Rwork0.2119 --
obs0.2163 11761 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→41.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2234 0 48 8 2290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5443191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.558318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.610.49241220.42971120X-RAY DIFFRACTION85
2.61-2.680.46781410.37741324X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.750.40591450.35611292X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.830.37281490.33351331X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.920.3631480.29991295X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.030.35711450.27741322X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.150.30281500.27421327X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.290.36241420.28631289X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.460.27061480.23351320X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.680.26931500.21041327X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.960.19691400.18771306X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.360.20911430.17141321X-RAY DIFFRACTION100
4.36-4.990.19161480.15341306X-RAY DIFFRACTION100
4.99-6.280.1661430.19131324X-RAY DIFFRACTION100
6.29-41.130.26461490.17071302X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.88261.6622.6536.5852.06754.8264-0.12190.75860.7371-0.9537-0.02680.1477-1.4187-0.36540.19210.9040.0665-0.06670.71130.07480.5179-11.886425.0918-26.0256
26.27490.3370.58166.4107-2.16211.1205-0.09940.01050.57810.8088-0.2576-0.5271-0.96080.53190.28280.7762-0.0623-0.06370.5459-0.01530.50797.29225.0625-14.0624
39.3408-7.26141.89467.1078-0.16773.82510.01560.08780.50130.2257-0.1923-0.0875-0.4780.43780.17170.925-0.10430.01650.45440.03720.51010.447525.8454-16.8154
43.57272.98931.40545.4718-1.00994.8485-0.0099-0.4140.21570.63680.00650.5299-0.2649-0.04990.01550.58620.10590.06860.3636-0.00840.4355-8.167922.9274-13.5976
55.43710.1586-1.65613.8690.61915.94840.313-0.1165-0.21420.3902-0.19670.41440.0414-0.6572-0.11390.4454-0.02630.03920.3870.02460.4435-15.33687.3832-18.852
67.27110.6590.90088.9804-1.52051.84361.18240.0750.07870.6874-0.023-2.10150.51930.72060.08450.88750.0733-0.32110.7969-0.0510.81312.48081.683-7.5391
75.52712.062.61678.2187-2.86149.15530.4378-0.41-0.63970.2320.3561-0.18081.3771-0.7891-0.58160.9046-0.0311-0.1070.5721-0.07090.47082.78151.3198-12.088
85.00483.97290.54873.1587-0.03136.62310.48920.111-0.26042.58380.57990.3188-0.2239-1.7241-0.89261.2706-0.0254-0.03520.91050.14040.85431.154-0.8682-1.573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 42 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 63 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 64 through 114 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 115 through 221 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2071 through 2097 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2098 through 2119 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2120 through 2145 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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