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万見
- PDB-3g87: Crystal structure of malonyl CoA-acyl carrier protein transacylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g87
タイトルCrystal structure of malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase from Burkholderia pseudomallei using dried seaweed as nucleant or protease
要素Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / NIAID / deCODE biostructures / dried seaweed / Acyltransferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily ...Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase from Burkholderia pseudomallei using dried seaweed as nucleant or protease
著者: Edwards, T.E. / Staker, B.L. / Christensen, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2009年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5181
ポリマ－42,5181
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.495, 69.196, 83.202
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase


分子量: 42517.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expressed with an N-terminal His tag, which was removed with 3C protease leaving GPGS at the N-terminus of the protein
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: 102, 76, 818, BURPS1710b_A2616, pedD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q3JF88, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 24.5 mg/mL protein, JCSG+ screen well h6; used dried seaweed as nucleant or protease as described by Thakur et al PLOS one 2007, 2, e1091 and D'Arcy et al Acta Cryst D 2003, 59, 1343; 0.1 M ...詳細: 24.5 mg/mL protein, JCSG+ screen well h6; used dried seaweed as nucleant or protease as described by Thakur et al PLOS one 2007, 2, e1091 and D'Arcy et al Acta Cryst D 2003, 59, 1343; 0.1 M BisTris pH 5.5, 17% PEG 10,000, 0.1 M NH4OAC; Crystal ID 201868h6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 14632 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Χ2: 1.524 / Net I/σ(I): 9.025
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.384.60.49814881.18199.2
2.38-2.484.60.45814741.273198.3
2.48-2.594.70.39214671.349197.8
2.59-2.734.70.36214731.341196.9
2.73-2.94.60.33214481.517196.5
2.9-3.124.70.21514551.551196
3.12-3.4450.12914601.584195.1
3.44-3.934.80.10114501.566194.3
3.93-4.9550.07714621.492193.4
4.95-504.60.09614552.402187.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MLA

1mla


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.239 / WRfactor Rwork: 0.2 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.809 / SU B: 6.768 / SU ML: 0.164 / SU R Cruickshank DPI: 0.38 / SU Rfree: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 708 4.9 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 14506 94.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.91 Å2 / Biso mean: 25.16 Å2 / Biso min: 5.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2215 0 0 191 2406
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.741.9513062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3795289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.17123.364110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.06315354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2821521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.961.51440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7622288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.983818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7414.5774
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 48 -
Rwork0.218 1055 -
all-1103 -
obs--99.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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