+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bdu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a Hsp47-collagen peptide complex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | CHAPERONE / hsp / hsp47 / collagen | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Collagen biosynthesis and modifying enzymes / negative regulation of endopeptidase activity / collagen fibril organization / collagen binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endoplasmic reticulum / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Canis lupus familiaris (イヌ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Abraham, E.T. / Gebauer, J.M. / Baumann, U. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: Collagen's primary structure determines collagen:HSP47 complex stoichiometry. 著者: Abraham, E.T. / Oecal, S. / Morgelin, M. / Schmid, P.W.N. / Buchner, J. / Baumann, U. / Gebauer, J.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bdu.cif.gz | 175.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7bdu.ent.gz | 138.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bdu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bdu_validation.pdf.gz | 467.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7bdu_full_validation.pdf.gz | 474.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7bdu_validation.xml.gz | 30.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bdu_validation.cif.gz | 41.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/7bdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/7bdu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44283.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: SERPINH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2RHY7 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1879.144 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, 18-26% PEG 3350, 1-6% Tacsimate pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.49→45.91 Å / Num. obs: 68330 / % possible obs: 99.02 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 10.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3406 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4au2 解像度: 2.49→45.91 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 29.99 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.04 Å2 / Biso mean: 54.809 Å2 / Biso min: 28.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.49→45.91 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
|