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- PDB-7bdu: Crystal structure of a Hsp47-collagen peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bdu
タイトルCrystal structure of a Hsp47-collagen peptide complex
要素
  • 21er collagen model peptide
  • Collagen-binding protein
キーワードCHAPERONE / hsp / hsp47 / collagen
機能・相同性
機能・相同性情報


Collagen biosynthesis and modifying enzymes / negative regulation of endopeptidase activity / collagen fibril organization / collagen binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endoplasmic reticulum / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serpin H1 / Serpin H1, serpin domain / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Abraham, E.T. / Gebauer, J.M. / Baumann, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)73111208 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Collagen's primary structure determines collagen:HSP47 complex stoichiometry.
著者: Abraham, E.T. / Oecal, S. / Morgelin, M. / Schmid, P.W.N. / Buchner, J. / Baumann, U. / Gebauer, J.M.
履歴
登録2020年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen-binding protein
B: Collagen-binding protein
C: 21er collagen model peptide
D: 21er collagen model peptide
E: 21er collagen model peptide
F: 21er collagen model peptide
G: 21er collagen model peptide
H: 21er collagen model peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,8428
ポリマ－99,8428
非ポリマー00
水1,31573
1
A: Collagen-binding protein
C: 21er collagen model peptide
D: 21er collagen model peptide
E: 21er collagen model peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9214
ポリマ－49,9214
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12790 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area36200 Å2
手法PISA
3
B: Collagen-binding protein
F: 21er collagen model peptide
G: 21er collagen model peptide
H: 21er collagen model peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9214
ポリマ－49,9214
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.821, 129.800, 173.372
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Collagen-binding protein / Serpin H1


分子量: 44283.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: SERPINH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2RHY7
#2: タンパク質・ペプチド
21er collagen model peptide


分子量: 1879.144 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, 18-26% PEG 3350, 1-6% Tacsimate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→45.91 Å / Num. obs: 68330 / % possible obs: 99.02 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 10.12
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3406

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4au2

4au2


解像度: 2.49→45.91 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 29.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 3510 5.14 %
Rwork0.2175 64820 -
obs0.2201 68330 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.04 Å2 / Biso mean: 54.809 Å2 / Biso min: 28.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→45.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6653 0 0 73 6726
Biso mean---46.78 -
残基数----870
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.49-2.530.35941150.31862204231985
2.53-2.570.32581380.29652690282899
2.57-2.60.34471390.29882585272499
2.6-2.640.38622070.30442555276299
2.64-2.690.37191310.30322678280999
2.69-2.730.29691340.28952653278799
2.73-2.780.37261060.2962639274599
2.78-2.840.38031200.29362613273399
2.84-2.90.35841360.28612625276199
2.9-2.960.35361670.26952622278999
2.96-3.030.28341630.26192569273299
3.03-3.10.32261310.26322635276699
3.1-3.190.39571310.25552603273498
3.19-3.280.28071210.26192586270797
3.28-3.390.30481260.24712598272497
3.39-3.510.29961320.23512562269498
3.51-3.650.27961770.21332566274398
3.65-3.810.27531370.19692640277799
3.81-4.010.21321240.19142616274099
4.01-4.270.24141500.1812611276199
4.27-4.590.20671450.16422618276399
4.59-5.060.2221830.16212536271998
5.06-5.790.19471410.19172590273198
5.79-7.280.23771180.20762602272097
7.29-45.910.22591380.17242624276299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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