[日本語] English
万見
- PDB-7bbu: Crystal Structure of human Prolyl-tRNA synthetase in complex with... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bbu
タイトルCrystal Structure of human Prolyl-tRNA synthetase in complex with NCP26 and L-Proline
要素Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
キーワードLIGASE / inhibitor / protein biosynthesis / ATP binding / tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of long-chain fatty acid import into cell / glutamate-tRNA ligase / Selenoamino acid metabolism / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Cytosolic tRNA aminoacylation ...regulation of long-chain fatty acid import into cell / glutamate-tRNA ligase / Selenoamino acid metabolism / glutamate-tRNA ligase activity / glutamyl-tRNA aminoacylation / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Cytosolic tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / tRNA aminoacylation for protein translation / GAIT complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / cellular response to type II interferon / RNA stem-loop binding / cellular response to insulin stimulus / GTPase binding / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / : / Nuclear-export cofactor Arc1p / WHEP-TRS domain / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / WHEP-TRS domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / WHEP-TRS domain signature. ...Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / : / Nuclear-export cofactor Arc1p / WHEP-TRS domain / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / WHEP-TRS domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / S15/NS1, RNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MU5 / NITRATE ION / PROLINE / Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Johansson, C. / Tye, M. / Payne, N.C. / Mazitschek, R. / Krojer, T. / Oppermann, U.C.T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of human Prolyl-tRNA synthetase in complex with NCP26 and L-Proline
著者: Johansson, C. / Tye, M. / Payne, N.C. / Mazitschek, R. / Krojer, T. / Oppermann, U.C.T.
履歴
登録2020年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,65716
ポリマ－58,3931
非ポリマー1,26415
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area20970 Å2
2
A: Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,31432
ポリマ－116,7852
非ポリマー2,52830
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7530 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area37600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.090, 87.090, 108.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1815-

CL

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase / Bifunctional aminoacyl-tRNA synthetase / Cell proliferation-inducing gene 32 protein / Glutamatyl- ...Bifunctional aminoacyl-tRNA synthetase / Cell proliferation-inducing gene 32 protein / Glutamatyl-prolyl-tRNA synthetase


分子量: 58392.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPRS1, EPRS, GLNS, PARS, QARS, QPRS, PIG32 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P07814, glutamate-tRNA ligase, proline-tRNA ligase

-
非ポリマー , 7種, 140分子

#2: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#3: 化合物 ChemComp-MU5 / ~{N}-(2,3-dihydro-1~{H}-inden-2-yl)-3-(piperidin-1-ylcarbonylamino)pyrazine-2-carboxamide


分子量: 365.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.59 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M NH4NO3, 5 mM L-Pro, 2mM NCP26

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→61.95 Å / Num. obs: 25083 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 41.93 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.329 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.338 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 505143 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.19-2.2518.34.0143360318400.3410.9564.1280.899.8
9.79-61.9516.50.05754783310.9990.0140.05941.599.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12-2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K86

4k86


解像度: 2.19→61.948 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 1241 4.95 %
Rwork0.2057 23805 -
obs0.2071 25046 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.54 Å2 / Biso mean: 48.9392 Å2 / Biso min: 26.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→61.948 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3748 0 81 125 3954
Biso mean--52.52 46.91 -
残基数----480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023918
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4715301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003693
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6812335
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.19-2.27770.33971140.31612628
2.2777-2.38140.31451360.29392601
2.3814-2.50690.31951180.27182614
2.5069-2.6640.3071530.25422602
2.664-2.86970.25881380.25192619
2.8697-3.15840.23681320.21592659
3.1584-3.61540.22171330.20112640
3.6154-4.55490.22731480.16292673
4.5549-61.9480.18541690.17812769
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5915-0.8521-0.43283.2084-0.46721.946-0.1002-0.0487-0.3243-0.05960.0517-0.09670.18650.16570.02750.3001-0.0297-0.01780.29850.0040.270625.98819.7086-12.088
23.44320.3749-0.43467.2055-0.43181.4217-0.11450.0385-0.3597-0.2534-0.00330.31670.2451-0.23330.08480.3071-0.04650.01350.36540.00440.33910.678617.3743-2.0284
32.82850.1344-0.35720.7738-0.09181.2739-0.01130.07150.03660.00870.00680.1866-0.048-0.11490.00580.301-0.0153-0.03060.2801-0.02840.34954.435328.0369-13.644
46.83072.85056.67713.16092.89528.0693-0.470.32750.3610.32320.222-0.2144-0.42580.58370.21830.4314-0.0547-0.03830.3943-0.00460.413943.863432.2021-8.2655
56.78961.18133.35127.91552.74877.7145-0.2704-0.0543-0.03650.04650.00580.05240.1610.13420.22130.3050.0334-0.01080.35270.01110.298843.181226.5137-9.2965
67.95562.77340.06229.30191.5344.8852-0.24760.73790.79980.29640.0643-1.1677-0.72091.53240.29020.5937-0.1263-0.14120.87910.17010.685949.604536.1012-16.778
79.68813.78295.73433.13611.83114.7732-0.12650.601-0.0134-0.12540.1177-0.10740.04780.21080.01540.34770.01750.06740.3810.0110.34918.163625.8234-32.9133
88.52011.00460.72736.9844-0.51278.64930.11630.5818-0.0789-0.39090.11160.0382-0.1991-0.2497-0.23920.31920.0296-0.03930.4939-0.06890.30866.296224.5248-37.1326
93.22491.6185-1.339.91365.01144.0919-1.39292.78762.8407-1.7262-3.05717.8407-3.3366-6.81784.47840.46410.0902-0.10730.6287-0.16240.73154.640925.2143-13.1339
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1012 through 1071 )A1012 - 1071
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1072 through 1110 )A1072 - 1110
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1111 through 1287 )A1111 - 1287
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1288 through 1336 )A1288 - 1336
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1337 through 1369 )A1337 - 1369
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1370 through 1396 )A1370 - 1396
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1397 through 1462 )A1397 - 1462
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1463 through 1512 )A1463 - 1512
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1801 through 1801 )A1801

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る