PDB-7bbm: Mutant nitrobindin M75L/H76L/Q96C/M148L (NB4H) from Arabidopsis t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bbm

タイトル

Mutant nitrobindin M75L/H76L/Q96C/M148L (NB4H) from Arabidopsis thaliana with cofactor MnPPIX

要素

UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / intracellular transport / metal cofactor / porphyrin cofactor / mnppix / nitrobindin

機能・相同性

機能・相同性情報

Isomerases; Other isomerases / isomerase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Minges, A. / Sauer, D.F. / Wittwer, M. / Markel, U. / Spiertz, M. / Schiffels, J. / Davari, M.D. / Okuda, J. / Schwaneberg, U. / Groth, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2021
タイトル: Chemogenetic engineering of nitrobindin toward an artificial epoxygenase
著者: Sauer, D.F. / Wittwer, M. / Markel, U. / Minges, A. / Spiertz, M. / Schiffels, J. / Davari, M.D. / Groth, G. / Okuda, J. / Schwaneberg, U.

履歴

登録	2020年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bbm.cif.gz	145.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bbm.ent.gz	95.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bbm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bbm_validation.pdf.gz	819.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bbm_full_validation.pdf.gz	822.4 KB	表示
XML形式データ	7bbm_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	7bbm_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wjbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wjf-d 3wje-d 3tod-d 4oke-d 4ymy-1 2b4o-2 6hrv-1 3emm-1 4hpn-d 3wjb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.4277282 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.5281/zenodo.4277282

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260

ヘテロ分子

19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260

ヘテロ分子

A: UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
38.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.900, 79.547, 36.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260 分子量: 18421.908 Da / 分子数: 1 / 変異: M75L, H76L, Q96C, M148L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At1g79260, YUP8H12R.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O64527
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MNH / MANGANESE PROTOPORPHYRIN IX 分子量: 615.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂MnN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化	温度: 285.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.6 詳細: 1:1 mixture (2 uL total volume) of protein (20 mg/mL) and precipitant solution containing 100 mM Tris/HCl pH 8.6, 18 % (w/v) PEG 2000; 30% (v/v) Ethylene glycol were added as cryo-protectant ...詳細: 1:1 mixture (2 uL total volume) of protein (20 mg/mL) and precipitant solution containing 100 mM Tris/HCl pH 8.6, 18 % (w/v) PEG 2000; 30% (v/v) Ethylene glycol were added as cryo-protectant before harvesting and flash freezing in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 %

結晶化

温度: 285.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.6
詳細: 1:1 mixture (2 uL total volume) of protein (20 mg/mL) and precipitant solution containing 100 mM Tris/HCl pH 8.6, 18 % (w/v) PEG 2000; 30% (v/v) Ethylene glycol were added as cryo-protectant ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.976253 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月17日

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976253 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1375→39.774 Å / Num. obs: 64928 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 12.2 % / B_iso Wilson estimate: 14.83 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 14.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.1375-1.157	10.93	1.037	2.164	3190	0.8107	0.325	1.088	100
1.157-1.178	11.13	0.961	2.395	3226	0.835	0.298	1.007	100
1.178-1.201	11.08	0.871	2.622	3156	0.8545	0.27	0.913	99.94
1.201-1.225	11.5	0.81	2.918	3233	0.8613	0.247	0.848	99.97
1.225-1.252	12.15	0.702	3.429	3195	0.9095	0.208	0.733	100
1.252-1.281	12.5	0.567	4.248	3192	0.9435	0.165	0.591	100
1.281-1.313	12.7	0.489	5.016	3233	0.9552	0.141	0.509	100
1.313-1.349	12.49	0.429	5.689	3236	0.9596	0.125	0.447	100
1.349-1.388	11.95	0.358	6.533	3191	0.9738	0.107	0.374	100
1.388-1.433	12.58	0.289	8.158	3229	0.9833	0.084	0.301	100
1.433-1.484	12.4	0.237	9.842	3219	0.9855	0.07	0.248	100
1.484-1.544	12.8	0.185	12.471	3234	0.9914	0.053	0.192	100
1.544-1.614	12.7	0.147	15.255	3230	0.9943	0.043	0.153	100
1.614-1.699	12.09	0.126	17.244	3241	0.9943	0.038	0.132	100
1.699-1.805	12.54	0.102	21.521	3260	0.9964	0.03	0.107	99.97
1.805-1.945	12.7	0.081	27.037	3271	0.997	0.024	0.085	100
1.945-2.141	12.62	0.07	31.547	3270	0.9973	0.021	0.073	100
2.141-2.45	12	0.067	33.371	3302	0.9974	0.02	0.07	100
2.45-3.087	12.67	0.063	36.882	3330	0.9973	0.018	0.065	99.88
3.087-39.774	11.72	0.062	37.595	3490	0.9974	0.018	0.064	99.77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc5_4047	精密化
Coot	0.9.2	モデル構築
BUCCANEER	1.6.10	モデル構築
PHASER	2.8.3	位相決定
Aimless	0.7.4	データスケーリング
XDS	20200417	データ削減
MxCuBE	3	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WJB

3wjb

解像度: 1.14→39.77 Å / SU ML: 0.0989 / SU R Cruickshank DPI: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 15.1703
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1581	3158	4.89 %
R_work	0.1445	117741	-
obs	0.1451	64903	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.64 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.2065 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14→39.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1198	0	67	197	1462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0122	1474
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3395	2029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1204	209
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0157	264
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3489	231

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.14-1.15	0.2525	225	0.2246	3937	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.15-1.16	0.2146	208	0.2169	3830	X-RAY DIFFRACTION	100
1.16-1.18	0.2535	174	0.2143	4053	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.18-1.19	0.2569	191	0.2085	3864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.19-1.21	0.2681	210	0.2049	3921	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.21-1.23	0.2579	209	0.1895	3956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.24	0.1868	186	0.1902	3898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.24-1.26	0.2208	212	0.1707	3982	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.26-1.28	0.1751	195	0.1649	3870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.28-1.3	0.1721	213	0.1535	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.32	0.1742	200	0.1493	3871	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.35	0.1884	189	0.146	3994	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.35-1.37	0.1599	220	0.1363	3859	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.4	0.1652	192	0.1287	3995	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.43	0.1293	185	0.1224	3906	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.43-1.47	0.1665	201	0.1156	3965	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.5	0.1339	215	0.1109	3871	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.54	0.1206	232	0.1032	3905	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.59	0.136	203	0.106	3945	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.64	0.1265	198	0.1048	3889	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.7	0.1365	182	0.1135	3965	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.77	0.1589	195	0.1157	3964	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.77-1.85	0.1302	182	0.1185	3959	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.94	0.131	218	0.116	3907	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.07	0.1187	213	0.1121	3913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.23	0.1413	189	0.1153	3924	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.23-2.45	0.1541	200	0.1337	3952	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.45-2.8	0.1451	228	0.1526	3911	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.81-3.53	0.1565	196	0.1571	3871	X-RAY DIFFRACTION	98.98
3.53-39.77	0.1842	193	0.1758	3860	X-RAY DIFFRACTION	97.95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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