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- PDB-7bbm: Mutant nitrobindin M75L/H76L/Q96C/M148L (NB4H) from Arabidopsis t... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bbm | ||||||
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Title | Mutant nitrobindin M75L/H76L/Q96C/M148L (NB4H) from Arabidopsis thaliana with cofactor MnPPIX | ||||||
![]() | UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / intracellular transport / metal cofactor / porphyrin cofactor / mnppix / nitrobindin | ||||||
Function / homology | ![]() Isomerases; Other isomerases / isomerase activity / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minges, A. / Sauer, D.F. / Wittwer, M. / Markel, U. / Spiertz, M. / Schiffels, J. / Davari, M.D. / Okuda, J. / Schwaneberg, U. / Groth, G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Chemogenetic engineering of nitrobindin toward an artificial epoxygenase Authors: Sauer, D.F. / Wittwer, M. / Markel, U. / Minges, A. / Spiertz, M. / Schiffels, J. / Davari, M.D. / Groth, G. / Okuda, J. / Schwaneberg, U. #1: ![]() Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. #2: ![]() Title: Data processing and analysis with the autoPROC toolbox. Authors: Vonrhein, C. / Flensburg, C. / Keller, P. / Sharff, A. / Smart, O. / Paciorek, W. / Womack, T. / Bricogne, G. #3: ![]() Title: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix. Authors: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / ...Authors: Liebschner, D. / Afonine, P.V. / Baker, M.L. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Croll, T.I. / Hintze, B. / Hung, L.W. / Jain, S. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R.D. / Poon, B.K. / Prisant, M.G. / Read, R.J. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Sammito, M.D. / Sobolev, O.V. / Stockwell, D.H. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A.G. / Videau, L.L. / Williams, C.J. / Adams, P.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 145.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 95.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 697.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 701.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3wjbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 18421.908 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: M75L, H76L, Q96C, M148L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-MNH / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 285.15 K / Method: microbatch / pH: 8.6 Details: 1:1 mixture (2 uL total volume) of protein (20 mg/mL) and precipitant solution containing 100 mM Tris/HCl pH 8.6, 18 % (w/v) PEG 2000; 30% (v/v) Ethylene glycol were added as cryo-protectant ...Details: 1:1 mixture (2 uL total volume) of protein (20 mg/mL) and precipitant solution containing 100 mM Tris/HCl pH 8.6, 18 % (w/v) PEG 2000; 30% (v/v) Ethylene glycol were added as cryo-protectant before harvesting and flash freezing in liquid nitrogen. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 17, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976253 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.1375→39.774 Å / Num. obs: 64928 / % possible obs: 99.94 % / Redundancy: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 14.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 14.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3WJB Resolution: 1.14→39.77 Å / SU ML: 0.0989 / SU R Cruickshank DPI: 0.039 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 15.1703 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2065 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.14→39.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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