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- PDB-7bbg: CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-A2-WT1-RMF AND FAB 11D06 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bbg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HLA-A2-WT1-RMF AND FAB 11D06
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Heavy chain of Fab fragment 11D06
  • Light chain of Fab fragment 11D06
  • MHC class I antigen
  • Wilms tumor 1 (WT1) derived peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / HLA / MHC / RMF PEPTIDE / WT1 / FAB FRAGMENT 11D06
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Bujotzek, A. / Georges, G. / Hanisch, L.J. / Klein, C. / Benz, J.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2021
タイトル: Targeting intracellular WT1 in AML with a novel RMF-peptide-MHC-specific T-cell bispecific antibody.
著者: Augsberger, C. / Hanel, G. / Xu, W. / Pulko, V. / Hanisch, L.J. / Augustin, A. / Challier, J. / Hunt, K. / Vick, B. / Rovatti, P.E. / Krupka, C. / Rothe, M. / Schonle, A. / Sam, J. / Lezan, E. ...著者: Augsberger, C. / Hanel, G. / Xu, W. / Pulko, V. / Hanisch, L.J. / Augustin, A. / Challier, J. / Hunt, K. / Vick, B. / Rovatti, P.E. / Krupka, C. / Rothe, M. / Schonle, A. / Sam, J. / Lezan, E. / Ducret, A. / Ortiz-Franyuti, D. / Walz, A.C. / Benz, J. / Bujotzek, A. / Lichtenegger, F.S. / Gassner, C. / Carpy, A. / Lyamichev, V. / Patel, J. / Konstandin, N. / Tunger, A. / Schmitz, M. / von Bergwelt-Baildon, M. / Spiekermann, K. / Vago, L. / Jeremias, I. / Marrer-Berger, E. / Umana, P. / Klein, C. / Subklewe, M.
履歴
登録2020年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Wilms tumor 1 (WT1) derived peptide
H: Heavy chain of Fab fragment 11D06
L: Light chain of Fab fragment 11D06
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,36610
ポリマ－95,2515
非ポリマー1155
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10510 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area36480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.111, 67.009, 139.361
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 35401.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q861F7
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Wilms tumor 1 (WT1) derived peptide


分子量: 1109.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#4: 抗体 Heavy chain of Fab fragment 11D06


分子量: 23528.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: 抗体 Light chain of Fab fragment 11D06


分子量: 23331.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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非ポリマー , 2種, 255分子

#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→48.3 Å / Num. obs: 29643 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.85 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.64→2.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 3934 / CC1/2: 0.373

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house Fab fragment structure

解像度: 2.64→48.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.658 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.668 / SU Rfree Blow DPI: 0.283 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.287
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1425 4.81 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.171 29606 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 167.6 Å2 / Biso mean: 67.15 Å2 / Biso min: 26.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0654 Å20 Å211.1887 Å2
2---0.7973 Å20 Å2
3---0.7319 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.64→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6387 0 5 250 6642
Biso mean--67.94 57.47 -
残基数----810
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2207SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes151HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes957HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6569HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion843SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6900SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6569HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8928HARMONIC21.2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.45
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.73 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 153 5.27 %
Rwork0.224 2751 -
all0.227 2904 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76040.0057-0.00360.92640.45522.30880.0152-0.06470.1630.2174-0.0457-0.0933-0.0285-0.1490.0305-0.1108-0.0429-0.0934-0.1619-0.0094-0.17063.328434.1363-31.6228
21.0257-0.2452-1.01413.6034-2.73015.46990.0588-0.3812-0.10250.334-0.027-0.02060.59150.2075-0.0318-0.0114-0.0872-0.08450.02350.1083-0.20958.977421.9741-17.8914
31.27890.0917-0.5910.65730.11321.92740.11290.242-0.081-0.2242-0.09010.0763-0.0289-0.2547-0.0227-0.01120.0752-0.1064-0.1713-0.0183-0.07517.186130.7606-87.2762
41.06120.1262-0.75580.461-0.38942.19610.05650.02770.0964-0.1707-0.1102-0.1378-0.07390.1630.0536-0.0510.06980.006-0.17960.0021-0.035924.412233.7795-85.7375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|* }H2 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4{ L|* }L1 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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