PDB-7bav: A de novo pentameric coiled-coil assembly: CC-Type2-(TgLaId)4-W19...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bav

タイトル

A de novo pentameric coiled-coil assembly: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.

要素

CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe

キーワード

DE NOVO PROTEIN / alpha / helical / barrel / pentamer

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Martin, F.J.O. / Dawson, W.M. / Shelley, K. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	340764	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/G036764	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB R00661X 1	英国

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Coiled coils 9-to-5: rational de novo design of alpha-helical barrels with tunable oligomeric states.
著者: Dawson, W.M. / Martin, F.J.O. / Rhys, G.G. / Shelley, K.L. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2020年12月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc / struct Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.pdbx_center_of_mass_x / _struct.pdbx_center_of_mass_y / _struct.pdbx_center_of_mass_z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bav.cif.gz	69.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bav.ent.gz	56.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bav_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bav_full_validation.pdf.gz	439 KB	表示
XML形式データ	7bav_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	7bav_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/7bav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/7bav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a1tC 7basC 7batC 7bauC 7bawC 7bimC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pn8-1 7bas-d 4pnd-d 7bau-2 7bau-1 6frf-1 1u7m-d 5ecf-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe

B: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe

C: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe

D: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe

E: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe

17 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.734, 51.831, 55.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe 分子量: 3394.835 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 600 mM peptide, 50 mM potassium chloride, 50 mM Na HEPES, 7.5 % w/v PEG 5000 MME Temp details: 20 degC incubator

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

DIAMOND

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→43.73 Å / Num. obs: 31472 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.172 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.178 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 540575 / Scaling rejects: 947

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.3-1.32	14.7	5.072	21977	1498	0.446	1.358	5.255	0.8	97.1
7.12-43.73	14.6	0.06	3552	243	0.998	0.017	0.063	21.1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DIALS		データ削減
ACORN	Fragon	位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.3→37.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 2.842 / SU ML: 0.053 / SU R Cruickshank DPI: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2144	1531	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1859	-	-	-
obs	0.1874	29873	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 146.97 Å² / B_iso mean: 22.517 Å² / B_iso min: 11.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.16 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3→37.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1146	0	0	122	1268
B_iso mean	-	-	-	30.87	-
残基数	-	-	-	-	155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.925	1.661	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	11.047	1.6	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.792	5	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.13	27.581	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.767	15	260
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	162

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	111	-
R_work	0.375	2145	-
all	-	2256	-
obs	-	-	99.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	16.398	-0.871	4.4115	1.4315	-0.2992	2.8966	0.25	0.0229	-0.4049	-0.0068	-0.1157	0.0081	0.2933	-0.0745	-0.1343	0.0437	-0.014	0.0059	0.0209	-0.0052	0.0368	20.2755	19.2871	18.9465
2	14.6038	1.9897	1.8893	1.0463	0.1388	1.4159	0.06	-0.4122	-0.1973	0.1355	-0.0605	0.0309	-0.0153	-0.015	0.0006	0.0222	-0.0022	0.0032	0.013	0.005	0.0355	19.0477	24.042	26.4452
3	15.4925	-2.7285	0.0139	2.0052	-0.0526	1.3095	0.1333	0.1519	0.4754	-0.1434	-0.0759	-0.136	-0.1741	0.0513	-0.0573	0.0355	-0.0008	0.014	0.0059	0.0014	0.0269	20.6429	33.6541	15.4775
4	9.9934	-2.1214	2.3417	1.5371	-0.467	1.8258	0.1535	0.2875	-0.0767	-0.1803	-0.1075	-0.0036	0.0758	0.0401	-0.046	0.0249	0.0081	0.0056	0.014	-0.01	0.0278	21.1096	25.0342	12.0574
5	14.9296	1.4773	-0.3147	1.2015	-0.3026	1.4745	0.0721	-0.2787	0.237	0.1279	-0.0254	-0.0126	-0.1778	0.0474	-0.0467	0.0321	-0.009	-0.0063	0.0109	0.0047	0.033	19.8239	32.6271	24.3628

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 31
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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