ソフトウェア 名称 バージョン 分類 Aimless0.7.4データスケーリング REFMAC5.8.0258精密化 PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 DIALSデータ削減 ACORNFragon位相決定
精密化 構造決定の手法 : AB INITIO PHASING / 解像度 : 1.3→37.76 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.968 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.956 / SU B : 2.842 / SU ML : 0.053 / SU R Cruickshank DPI : 0.056 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.056 / ESU R Free : 0.059 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2144 1531 4.9 % RANDOM Rwork 0.1859 - - - obs 0.1874 29873 99.93 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.9 Å / 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 146.97 Å2 / Biso mean : 22.517 Å2 / Biso min : 11.45 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.16 Å2 0 Å2 -0 Å2 2- - 1.28 Å2 0 Å2 3- - - -0.11 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.3→37.76 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1146 0 0 122 1268 Biso mean - - - 30.87 - 残基数 - - - - 155
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.015 0.013 1169 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.017 1281 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.925 1.661 1537 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg11.047 1.6 2973 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg2.792 5 143 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg37.13 27.581 31 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg14.767 15 260 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.101 0.2 185 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.008 0.02 1146 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 162
Refine LS restraints NCS Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Weight position : 0.05
大きな表を表示 (5 x 20) 大きな表を隠す Ens-ID Dom-ID Auth asym-ID 数 Rms dev position (Å)1 1 A830 0.13 1 2 B830 0.13 2 1 A841 0.11 2 2 C841 0.11 3 1 A843 0.12 3 2 D843 0.12 4 1 A836 0.11 4 2 E836 0.11 5 1 B822 0.12 5 2 C822 0.12 6 1 B816 0.13 6 2 D816 0.13 7 1 B816 0.1 7 2 E816 0.1 8 1 C833 0.12 8 2 D833 0.12 9 1 C833 0.1 9 2 E833 0.1 10 1 D839 0.12 10 2 E839 0.12
LS精密化 シェル 解像度 : 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.37 111 - Rwork 0.375 2145 - all - 2256 - obs - - 99.08 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 5) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 16.398 -0.871 4.4115 1.4315 -0.2992 2.8966 0.25 0.0229 -0.4049 -0.0068 -0.1157 0.0081 0.2933 -0.0745 -0.1343 0.0437 -0.014 0.0059 0.0209 -0.0052 0.0368 20.2755 19.2871 18.9465 2 14.6038 1.9897 1.8893 1.0463 0.1388 1.4159 0.06 -0.4122 -0.1973 0.1355 -0.0605 0.0309 -0.0153 -0.015 0.0006 0.0222 -0.0022 0.0032 0.013 0.005 0.0355 19.0477 24.042 26.4452 3 15.4925 -2.7285 0.0139 2.0052 -0.0526 1.3095 0.1333 0.1519 0.4754 -0.1434 -0.0759 -0.136 -0.1741 0.0513 -0.0573 0.0355 -0.0008 0.014 0.0059 0.0014 0.0269 20.6429 33.6541 15.4775 4 9.9934 -2.1214 2.3417 1.5371 -0.467 1.8258 0.1535 0.2875 -0.0767 -0.1803 -0.1075 -0.0036 0.0758 0.0401 -0.046 0.0249 0.0081 0.0056 0.014 -0.01 0.0278 21.1096 25.0342 12.0574 5 14.9296 1.4773 -0.3147 1.2015 -0.3026 1.4745 0.0721 -0.2787 0.237 0.1279 -0.0254 -0.0126 -0.1778 0.0474 -0.0467 0.0321 -0.009 -0.0063 0.0109 0.0047 0.033 19.8239 32.6271 24.3628
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A0 - 30 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B1 - 31 3 X-RAY DIFFRACTION 3 C0 - 31 4 X-RAY DIFFRACTION 4 D0 - 30 5 X-RAY DIFFRACTION 5 E1 - 30