ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0267精密化 Aimless0.7.4データスケーリング PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 DIALSデータ削減 Arcimboldolite位相決定
精密化 構造決定の手法 : AB INITIO PHASING / 解像度 : 1.77→40.48 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.935 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.943 / SU B : 6.617 / SU ML : 0.094 / SU R Cruickshank DPI : 0.1321 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.132 / ESU R Free : 0.116 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2608 514 4.7 % RANDOM Rwork 0.2584 - - - obs 0.2585 10397 99.92 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 94.32 Å2 / Biso mean : 46.427 Å2 / Biso min : 31.74 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 1.29 Å2 0 Å2 -0 Å2 2- - 0.72 Å2 0 Å2 3- - - -2.01 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.77→40.48 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 601 0 12 21 634 Biso mean - - 51.88 67.6 - 残基数 - - - - 89
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.004 0.013 613 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.018 641 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.119 1.624 813 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.246 1.587 1462 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg2.55 5 84 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg30.619 25 16 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.251 15 107 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.047 0.2 94 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.02 682 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 110
Refine LS restraints NCS Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Weight position : 0.05
Ens-ID Dom-ID Auth asym-ID 数 Rms dev position (Å)1 1 A719 0.08 1 2 B719 0.08 2 1 A699 0.07 2 2 C699 0.07 3 1 B676 0.08 3 2 C676 0.08
LS精密化 シェル 解像度 : 1.77→1.816 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.335 37 - Rwork 0.439 750 - all - 787 - obs - - 100 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.9791 0.0376 0.0407 1.7047 -1.0837 6.7037 0.0127 0.0569 0.0154 0.0155 -0.0117 -0.0754 -0.0422 0.1952 -0.001 0.0038 0.0114 0.0075 0.0567 0.0041 0.1098 28.0334 20.7895 22.6164 2 2.0768 -0.381 2.1911 1.6308 -0.9124 7.1649 -0.0383 0.0518 0.0443 0.0378 0.0135 -0.0472 -0.2464 0.1554 0.0248 0.0179 -0.0208 -0.001 0.034 0.0056 0.094 25.0354 28.1161 23.2994 3 1.3632 0.0943 -0.5335 1.4787 -0.6933 6.0556 0.025 0.0348 -0.0528 -0.0718 0.0568 -0.0536 0.1974 0.1819 -0.0819 0.04 0.0179 0.0068 0.0182 0.0054 0.1052 24.4884 14.389 20.8342
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A0 - 29 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B1 - 30 3 X-RAY DIFFRACTION 3 C0 - 28