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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bat | ||||||||||||
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タイトル | A hexameric barrel state of a de novo coiled-coil assembly: CC-Type2-(GgIaId)4 | ||||||||||||
要素 | CC-Type2-(GgIaId)4 | ||||||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / alpha / helical / barrel (樽) / hexamer (オリゴマー) | ||||||||||||
機能・相同性 | N-PROPANOL 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.77 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Martin, F.J.O. / Dawson, W.M. / Shelley, K. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021 タイトル: Coiled coils 9-to-5: rational de novo design of alpha-helical barrels with tunable oligomeric states. 著者: Dawson, W.M. / Martin, F.J.O. / Rhys, G.G. / Shelley, K.L. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bat.cif.gz | 41 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bat.ent.gz | 31.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bat.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/7bat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/7bat | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3178.767 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.5 mM peptide, 50 mM MES, 5 % w/v PEG 5000 MME, 6 % v/v 1-propanol. Temp details: 20 degC incubator |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: DIAMOND / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.77→40.48 Å / Num. obs: 10914 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 21.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.77→40.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 6.617 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.1321 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.32 Å2 / Biso mean: 46.427 Å2 / Biso min: 31.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.77→40.48 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.77→1.816 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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