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- PDB-7b9x: NMR2 structure of TRIM24-BD in complex with a precursor of IACS-9571 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b9x
タイトルNMR2 structure of TRIM24-BD in complex with a precursor of IACS-9571
要素Transcription intermediary factor 1-alpha
キーワードONCOPROTEIN / TRIM24 / bromodomain / IACS-9571 / NMR2
機能・相同性
機能・相同性情報


perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / calcium ion homeostasis / Signaling by FGFR1 in disease / epithelial cell proliferation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus ...perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / calcium ion homeostasis / Signaling by FGFR1 in disease / epithelial cell proliferation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / regulation of protein stability / euchromatin / protein catabolic process / response to peptide hormone / negative regulation of epithelial cell proliferation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / regulation of apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein kinase activity / protein ubiquitination / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger ...B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T52 / Transcription intermediary factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Orts, J. / Torres, F. / Milbradt, A.G. / Walser, R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: NMR Molecular Replacement Provides New Insights into Binding Modes to Bromodomains of BRD4 and TRIM24.
著者: Torres, F. / Walser, R. / Kaderli, J. / Rossi, E. / Bobby, R. / Packer, M.J. / Sarda, S. / Walker, G. / Hitchin, J.R. / Milbradt, A.G. / Orts, J.
履歴
登録2020年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription intermediary factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1942
ポリマ－12,5781
非ポリマー6161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6810 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Transcription intermediary factor 1-alpha / TIF1-alpha / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM24 / RING finger protein 82 / RING-type E3 ubiquitin ...TIF1-alpha / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM24 / RING finger protein 82 / RING-type E3 ubiquitin transferase TIF1-alpha / Tripartite motif-containing protein 24


分子量: 12578.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM24, RNF82, TIF1, TIF1A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O15164, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-T52 / N-{6-[3-(4-Aminobutoxy)-5-propoxyphenoxy]-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzodiazol-5-yl}-3,4-dimethoxybenzene-1-sulfonamide / ~{N}-[6-[3-(4-azanylbutoxy)-5-propoxy-phenoxy]-1,3-dimethyl-2-oxidanylidene-benzimidazol-5-yl]-3,4-dimethoxy-benzenesulfonamide


分子量: 615.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H39N4O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
132isotropic12D 1H-1H COSY
142isotropic12D 1H-1H NOESY
152isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.1 mM [U-13C; U-15N] TRIM24-BD, 50 mM [U-2H] HEPES, 100 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 10 % [U-2H] D2O, 1.1 mM N-{6-[3-(4-Aminobutoxy)-5-propoxyphenoxy]-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzodiazol-5-yl}-3,4-dimethoxybenzene-1-sulfonamide, 90% H2O/10% D2O15N_13C_sample90% H2O/10% D2O
solution250 mM [U-2H] HEPES, 100 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 10 % [U-2H] D2O, 1.1 % N-{6-[3-(4-Aminobutoxy)-5-propoxyphenoxy]-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzodiazol-5-yl}-3,4-dimethoxybenzene-1-sulfonamide, 90% H2O/10% D2Oligand_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMTRIM24-BD[U-13C; U-15N]1
50 mMHEPES[U-2H]1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMTCEPnatural abundance1
10 %D2O[U-2H]1
1.1 mMN-{6-[3-(4-Aminobutoxy)-5-propoxyphenoxy]-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzodiazol-5-yl}-3,4-dimethoxybenzene-1-sulfonamidenatural abundance1
50 mMHEPES[U-2H]2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMTCEPnatural abundance2
10 %D2O[U-2H]2
1.1 %N-{6-[3-(4-Aminobutoxy)-5-propoxyphenoxy]-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzodiazol-5-yl}-3,4-dimethoxybenzene-1-sulfonamidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / PH err: 0.05 / 圧: 1 bar / 温度: 303 K / Temperature err: 0.25

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANA3.9Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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