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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b8m | ||||||
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タイトル | Notum-Fragment 193 | ||||||
![]() | Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM | ||||||
![]() | HYDROLASE / Notum Fragment | ||||||
機能・相同性 | ![]() [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...[Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, Y. / Jonees, E.Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Analysis and Development of Notum Fragment Screening Hits. 著者: Zhao, Y. / Mahy, W. / Willis, N.J. / Woodward, H.L. / Steadman, D. / Bayle, E.D. / Atkinson, B.N. / Sipthorp, J. / Vecchia, L. / Ruza, R.R. / Harlos, K. / Jeganathan, F. / Constantinou, S. / ...著者: Zhao, Y. / Mahy, W. / Willis, N.J. / Woodward, H.L. / Steadman, D. / Bayle, E.D. / Atkinson, B.N. / Sipthorp, J. / Vecchia, L. / Ruza, R.R. / Harlos, K. / Jeganathan, F. / Constantinou, S. / Costa, A. / Kjaer, S. / Bictash, M. / Salinas, P.C. / Whiting, P. / Vincent, J.P. / Fish, P.V. / Jones, E.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 766.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 766.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7b4xC ![]() 7b84C ![]() 7b86C ![]() 7b87C ![]() 7b89C ![]() 7b8cC ![]() 7b8dC ![]() 7b8fC ![]() 7b8gC ![]() 7b8jC ![]() 7b8kC ![]() 7b8lC ![]() 7b8nC ![]() 7b8oC ![]() 7b8uC ![]() 7b8xC ![]() 7b8yC ![]() 7b8zC ![]() 7b98C ![]() 7b99C ![]() 7b9dC ![]() 7b9iC ![]() 7b9nC ![]() 7b9uC ![]() 7ba1C ![]() 7bacC ![]() 7bapC ![]() 7bc8C ![]() 7bc9C ![]() 7bccC ![]() 7bcdC ![]() 7bcfC ![]() 7bchC ![]() 7bciC ![]() 7bckC ![]() 7bclC ![]() 7bd2C ![]() 7bd3C ![]() 7bd4C ![]() 7bd5C ![]() 7bd6C ![]() 7bd8C ![]() 7bd9C ![]() 7bdaC ![]() 7bdbC ![]() 7bdcC ![]() 7bddC ![]() 7bdfC ![]() 7bdgC ![]() 7bdhC ![]() 4uzqS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 43567.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase |
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#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 4種, 119分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GQM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GQM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 化合物 | ChemComp-GQM / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.39 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Citrate, pH4.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→73.52 Å / Num. obs: 58823 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.51 Å / Num. unique obs: 2887 / CC1/2: 0.496 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4UZQ 解像度: 1.48→53.77 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.79 Å2 / Biso mean: 23.0347 Å2 / Biso min: 11.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.48→53.77 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.7421 Å / Origin y: -1.0795 Å / Origin z: -2.8005 Å
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精密化 TLSグループ |
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