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- PDB-7b8i: Tetragonal structure of human protein kinase CK2 catalytic subuni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b8i
タイトルTetragonal structure of human protein kinase CK2 catalytic subunit in complex with a heparin oligo saccharide
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / protein kinase CK2 / casein kinase 2 / catalytic subunit CK2alpha / heparin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / Hsp90 protein binding / PML body / Regulation of PTEN stability and activity / Wnt signaling pathway / KEAP1-NFE2L2 pathway / positive regulation of protein catabolic process / rhythmic process / kinase activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / positive regulation of cell growth / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / protein stabilization / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / DNA damage response / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Niefind, K. / Schnitzler, A.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)NI 643/4-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)NI 643/4-2 ドイツ
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the design of bisubstrate inhibitors of protein kinase CK2 provided by complex structures with the substrate-competitive inhibitor heparin.
著者: Schnitzler, A. / Niefind, K.
履歴
登録2020年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
B: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8427
ポリマ－80,1332
非ポリマー2,7085
水2,576143
1
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6795
ポリマ－40,0671
非ポリマー2,6124
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1632
ポリマ－40,0671
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.401, 128.401, 124.154
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha


分子量: 40066.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 多糖 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2327.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,8,7/[a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.78 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Prior to crystallization, the enzyme was incubated with heparin decasaccharide; the composition of this preincubation solution was 5 mg/ml CK2alpha1-335, 1.4 mM Heparin decasaccharide, 340 mM ...詳細: Prior to crystallization, the enzyme was incubated with heparin decasaccharide; the composition of this preincubation solution was 5 mg/ml CK2alpha1-335, 1.4 mM Heparin decasaccharide, 340 mM NaCl, 25 mM Tris/HCl, pH 8.5. 4 microliter of this enzyme/heparin mixture was mixed with 1 microliter reservoir solution. The composition of the reservoir solution was 32 % (w/v) PEG4000, 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris/HCl, pH 7.5. As a preparation of X-ray diffraction data collection, the crystals were transferred to a cryo solution composed of 32 % (w/v) PEG4000, 10 % (v/v) glycerol, 0.2 M lithium sulfate, 0.5 mM Heparin decasaccharide, 0.1 M Tris/HCl, pH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→45.4 Å / Num. obs: 33919 / % possible obs: 98.43 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 48.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08534 / Rpim(I) all: 0.03554 / Rrim(I) all: 0.09263 / Rsym value: 0.08534 / Net I/σ(I): 16.16
反射 シェル解像度: 2.55→2.642 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7234 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Num. unique obs: 3259 / CC1/2: 0.802 / Rpim(I) all: 0.3073 / Rrim(I) all: 0.7877 / Rsym value: 0.7234 / % possible all: 96.19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PVR

2pvr


解像度: 2.55→45.397 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 1695 5 %
Rwork0.204 --
obs0.2057 33889 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→45.397 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5608 0 162 143 5913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5348061
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8563543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044861
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041011
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5504-2.62550.29781350.26612571X-RAY DIFFRACTION96
2.6255-2.71020.28811390.25212641X-RAY DIFFRACTION98
2.7102-2.8070.25781370.24772605X-RAY DIFFRACTION98
2.807-2.91940.29111410.24732672X-RAY DIFFRACTION99
2.9194-3.05230.32071390.23582635X-RAY DIFFRACTION98
3.0523-3.21310.33541390.23532660X-RAY DIFFRACTION99
3.2131-3.41440.25571410.22272661X-RAY DIFFRACTION99
3.4144-3.67790.25321410.2092693X-RAY DIFFRACTION99
3.6779-4.04780.19051420.1772694X-RAY DIFFRACTION99
4.0478-4.6330.18761430.16292708X-RAY DIFFRACTION99
4.633-5.83520.23641450.17852771X-RAY DIFFRACTION99
5.8352-45.3970.21051530.20632883X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8190.9877-0.29391.814-0.07952.86370.2249-0.53550.04910.3888-0.1838-0.0169-0.19920.15790.00630.42880.05230.02010.30140.0240.3498-2.308847.3906-39.762
27.08222.0111-1.94263.5926-0.22456.38980.0010.09960.30010.0039-0.1763-0.0548-0.35770.01390.11980.23750.0145-0.04260.24380.00340.3097.378350.4163-48.8058
32.01871.08872.37371.42721.9293.2818-0.40530.7868-0.2412-0.45440.3058-0.17240.13850.2897-0.43240.6634-0.23710.27250.7067-0.25680.47712.992340.3235-61.6748
42.33070.59050.35472.4720.67242.3789-0.07180.2360.0029-0.31380.17740.0753-0.1282-0.064-0.09760.3687-0.05780.05040.38910.01980.4214-15.858138.7012-56.0229
55.08781.2393.33461.66230.82433.97960.1591-0.52290.00940.2449-0.18220.12020.3766-0.6134-0.01810.4016-0.0140.07790.38680.00470.3374-1.289280.4306-46.2013
62.92320.48370.06190.9329-1.20082.934-0.74220.2279-0.5293-0.45970.1639-0.38970.556-0.67270.51080.5153-0.13730.01760.3866-0.02880.4935-5.652682.9939-57.0023
72.42040.3261-0.12352.2723-0.20592.5843-0.03140.05560.1147-0.15060.1228-0.02990.08720.1-0.08970.3399-0.0602-0.01760.36590.00290.422216.490390.3161-57.0326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 44 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 108 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 109 through 129 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 130 through 333 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 96 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 97 through 129 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 130 through 333 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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