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- PDB-7b6p: Crystal structure of E.coli MurE - C269S C340S C450S in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b6p
タイトルCrystal structure of E.coli MurE - C269S C340S C450S in complex with Ellman's reagent
要素UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2 / 6-diaminopimelate ligase cell wall biosynthesis ligase drug target / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / MurE/MurF, N-terminal / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain
類似検索 - ドメイン・相同性
N-phenyl-2-selanylbenzamide / CITRIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MurE from E.coli
著者: Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T.
履歴
登録2020年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
B: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,07010
ポリマ－106,8912
非ポリマー1,1798
水6,071337
1
A: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0345
ポリマ－53,4451
非ポリマー5894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA and gel filtration
2
B: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0365
ポリマ－53,4451
非ポリマー5904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA and gel filtration
単位格子
Length a, b, c (Å)58.590, 58.940, 74.380
Angle α, β, γ (deg.)96.720, 91.480, 104.470
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso- ...Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso-diaminopimelate ligase / UDP-MurNAc-tripeptide synthetase / UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase


分子量: 53445.320 Da / 分子数: 2 / 変異: C269S C340S C450S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: murE, b0085, JW0083 / プラスミド: pNIC28-Bsa4
詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag -Twin-Strep-tag II -TEV-cleavage site
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): -R3-Rosetta
参照: UniProt: P22188, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

-
非ポリマー , 5種, 345分子

#2: 化合物 ChemComp-9JT / N-phenyl-2-selanylbenzamide / ~{N}-phenyl-2-selanyl-benzamide / Ebselen, bound form / 2-(フェニルアミニオカルボニル)フェニルセレニド


分子量: 276.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11NOSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M citrate pH 5.5 13% PEG4K 19.5% 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→56.6 Å / Num. obs: 105615 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.68→1.72 Å / Num. unique obs: 7696 / CC1/2: 0.384

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7B53

7b53


解像度: 1.68→56.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.486 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 5286 5.005 %
Rwork0.197 100321 -
all0.199 --
obs-105607 96.981 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 37.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.626 Å20.715 Å20.036 Å2
2--0.226 Å21.149 Å2
3----0.341 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→56.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7217 0 74 337 7628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0137499
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.6310193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3751.57916368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7025969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.52721.921380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.886151202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5211555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21346
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1720.26456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1560.23624
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.23732
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1410.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1420.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1530.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2280.217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1130.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9313.6663869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9283.6653868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0125.4854841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0135.4854842
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9884.2263630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9884.2273631
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0116.1455350
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.016.1465351
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.24443.7897960
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.22843.77918
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.68-1.7240.3724140.37472730.37480780.4790.4995.15970.376
1.724-1.7710.3664090.32670550.32978000.6060.61695.69230.318
1.771-1.8220.3273770.3169800.31176490.7030.71696.18250.296
1.822-1.8780.3313370.28267730.28473780.7740.78996.36760.265
1.878-1.940.3193200.27565640.27772040.7910.81795.5580.253
1.94-2.0080.2883000.23263900.23469310.8660.88296.52290.208
2.008-2.0830.2913070.23961840.24267280.8650.8896.47740.216
2.083-2.1680.272870.2160030.21264730.8990.91597.17290.191
2.168-2.2650.2553090.256900.20262110.9110.93596.58670.182
2.265-2.3750.2353250.19154250.19458860.9240.93597.68940.176
2.375-2.5030.252870.18851760.19155900.9270.94297.72810.176
2.503-2.6550.2372650.18750030.18953770.9340.94697.97280.177
2.655-2.8370.222700.18845900.1949710.9340.94397.76710.182
2.837-3.0640.2282130.20443520.20546520.9310.9498.12980.203
3.064-3.3560.2292050.19840220.19942890.9380.94598.55440.202
3.356-3.750.2381770.19436310.19638690.9320.94998.42340.201
3.75-4.3270.211500.16532230.16734140.9540.95998.79910.186
4.327-5.2920.1941480.15527430.15729220.9610.96998.93910.18
5.292-7.4510.2711140.18820980.19222290.9420.96299.23730.216
7.451-56.6040.173720.15711460.15812410.9690.9798.14670.189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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