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- PDB-7b5w: RCK_C domain of S.agalactiae BusR in ligand-free state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b5w
タイトルRCK_C domain of S.agalactiae BusR in ligand-free state
要素GntR family transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / effector binding domain / RCK_C
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, GntR family
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Bandera, A.M. / Witte, G.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)WI3717/3-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: BusR senses bipartite DNA binding motifs by a unique molecular ruler architecture.
著者: Adrian M Bandera / Joseph Bartho / Katja Lammens / David Jan Drexler / Jasmin Kleinschwärzer / Karl-Peter Hopfner / Gregor Witte /
要旨: The cyclic dinucleotide second messenger c-di-AMP is a major player in regulation of potassium homeostasis and osmolyte transport in a variety of bacteria. Along with various direct interactions with ...The cyclic dinucleotide second messenger c-di-AMP is a major player in regulation of potassium homeostasis and osmolyte transport in a variety of bacteria. Along with various direct interactions with proteins such as potassium channels, the second messenger also specifically binds to transcription factors, thereby altering the processes in the cell on the transcriptional level. We here describe the structural and biochemical characterization of BusR from the human pathogen Streptococcus agalactiae. BusR is a member of a yet structurally uncharacterized subfamily of the GntR family of transcription factors that downregulates transcription of the genes for the BusA (OpuA) glycine-betaine transporter upon c-di-AMP binding. We report crystal structures of full-length BusR, its apo and c-di-AMP bound effector domain, as well as cryo-EM structures of BusR bound to its operator DNA. Our structural data, supported by biochemical and biophysical data, reveal that BusR utilizes a unique domain assembly with a tetrameric coiled-coil in between the binding platforms, serving as a molecular ruler to specifically recognize a 22 bp separated bipartite binding motif. Binding of c-di-AMP to BusR induces a shift in equilibrium from an inactivated towards an activated state that allows BusR to bind the target DNA, leading to transcriptional repression.
履歴
登録2020年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年10月13日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_database_proc
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GntR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0041
ポリマ－11,0041
非ポリマー00
水1,76598
1
A: GntR family transcriptional regulator

A: GntR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0092
ポリマ－22,0092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.260, 40.410, 41.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-361-

HOH

21A-393-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GntR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator / GntR family


分子量: 11004.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal residues MAHHHHHHSAALEVLFQG belong to purification tag
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: BM110_ORF1201, DX05_06300, F5F86_05185, NCTC6175_01043
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I7JWA3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM Bis-Tris, 18% (w/v) PEG MME 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→18.03 Å / Num. obs: 39372 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 5.3 % / Num. unique obs: 2881 / CC1/2: 0.773 / % possible all: 97

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7B5T

7b5t


解像度: 1→18.03 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1906 4.84 %Random selection
Rwork0.199 37463 --
obs0.2 39372 99.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.75 Å2 / Biso mean: 20.4 Å2 / Biso min: 7.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1→18.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数769 0 0 104 873
Biso mean---31.04 -
残基数----97
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1-1.030.34561330.3432628276197
1.03-1.050.30811240.292326652789100
1.05-1.080.31851410.284426742815100
1.08-1.120.30461370.26982649278699
1.12-1.160.23521060.25632659276598
1.16-1.210.2561590.238326902849100
1.21-1.260.26481450.23612651279699
1.26-1.330.23451450.22052656280199
1.33-1.410.25751250.21392685281099
1.41-1.520.25951190.206826972816100
1.52-1.670.22361310.194627092840100
1.67-1.910.22321450.19672663280898
1.91-2.410.20291520.181326952847100
2.41-18.030.20911440.17482742288699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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