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- PDB-7b5f: Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b5f
タイトルStructure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor
要素
  • (Echovirus 18 viral protein ...) x 4
  • Beta-2-microglobulin
  • IgG receptor FcRn large subunit p51
キーワードVIRUS / complex / echovirus 18 virion / neonatal fc receptor / fcrn / beta-2-microglobulin / microglobulin / pocket factor
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / host cell cytoplasmic vesicle membrane / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / nucleoside-triphosphate phosphatase / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / channel activity / protein refolding / early endosome membrane / monoatomic ion transmembrane transport / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / DNA replication / RNA helicase activity / endosome membrane / immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / symbiont-mediated activation of host autophagy / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / focal adhesion / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Jelly Rolls - #20 / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / MHC class I-like antigen recognition-like / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / : / Viral coat protein subunit / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANINE / PALMITIC ACID / IgG receptor FcRn large subunit p51 / Beta-2-microglobulin / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Echovirus E18 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Buchta, D. / Levdansky, Y. / Fuzik, T. / Mukhamedova, L. / Moravcova, J. / Hrebik, D. / Andersen, J.T. / Plevka, P.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech RepublicGX19-25982X チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor
著者: Buchta, D. / Levdansky, Y. / Fuzik, T. / Mukhamedova, L. / Moravcova, J. / Hrebik, D. / Andersen, J.T. / Plevka, P.
履歴
登録2020年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_struct_oper_list
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12028
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Echovirus 18 viral protein 3
D: Echovirus 18 viral protein 4
A: Echovirus 18 viral protein 1
B: Echovirus 18 viral protein 2
G: IgG receptor FcRn large subunit p51
H: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8628
ポリマ－136,4546
非ポリマー4082
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

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Echovirus 18 viral protein ... , 4種, 4分子 CDAB

#1: タンパク質 Echovirus 18 viral protein 3


分子量: 26143.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E18 (ウイルス) / 細胞株: GMK / 組織: Kidney
参照: UniProt: Q8V635, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Echovirus 18 viral protein 4


分子量: 7475.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E18 (ウイルス) / 細胞株: GMK / 器官: Kidney
参照: UniProt: Q8V635, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Echovirus 18 viral protein 1


分子量: 32564.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E18 (ウイルス) / 細胞株: GMK / 組織: Kidney
参照: UniProt: Q8V635, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 Echovirus 18 viral protein 2


分子量: 28802.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E18 (ウイルス) / 細胞株: GMK / 組織: Kidney
参照: UniProt: Q8V635, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 2種, 2分子 GH

#5: タンパク質 IgG receptor FcRn large subunit p51 / FcRn / IgG Fc fragment receptor transporter alpha chain / Neonatal Fc receptor


分子量: 29720.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P55899
#6: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P61769

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非ポリマー , 2種, 2分子

#7: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptorCOMPLEX#1-#60MULTIPLE SOURCES
2Echovirus 18 native virionCOMPLEX#1-#41NATURAL
3Heterodimer of neonatal Fc Receptor and beta-2-microglobulinCOMPLEX#5-#61RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
1110.12 MDaNO
217.63 MDaNO
312.49 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Echovirus E18 (ウイルス)47506
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
天然宿主生物種: homo sapiens / 株: echovirus 18
緩衝液pH: 7.3
詳細: Mixed in 1:1 volume ratio {20 mM Tris (pH=7.2), 100 mM NaCl} and {8 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4 (pH=7.4), 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl}=PBS
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mM2-Amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediolTris1
2118.5 mMsodium chlorideNaCl1
31.35 mMpotassium chlorideKCl1
44 mMDisodium phosphateNa2HPO41
51 mMMonopotassium phosphateKH2PO41
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.27 sec. / 電子線照射量: 54.48 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 4531 / 詳細: Images were collected in movie-mode at 50 frames.
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.13_2992: ???) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 125031
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13062 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築手法: flexible fit / Target criteria: R-factors
精密化解像度: 2.9→233.42 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 34.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3108 36801 4.99 %
Rwork0.3084 --
obs0.3085 738078 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00638470
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.82652420
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.00713705
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.165795
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0056715

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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