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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b4w
タイトルBroadly neutralizing DARPin bnD.3 in complex with the HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)
要素
  • Broadly neutralizing DARPin bnD.3
  • HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)
キーワードDE NOVO PROTEIN / HIV / V3 / conformation / neutralization / DARPins / antibodies
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Friedrich, N. / Stiegeler, E. / Glogl, M. / Lemmin, T. / Hansen, S. / Kadelka, C. / Wu, Y. / Ernst, P. / Maliqi, L. / Foulkes, C. ...Friedrich, N. / Stiegeler, E. / Glogl, M. / Lemmin, T. / Hansen, S. / Kadelka, C. / Wu, Y. / Ernst, P. / Maliqi, L. / Foulkes, C. / Morin, M. / Eroglu, M. / Liechti, T. / Ivan, B. / Reinberg, T. / Schaefer, J. / Karakus, U. / Ursprung, S. / Mann, A. / Rusert, P. / Kouyos, R.D. / Robinson, J.A. / Gunthard, H.F. / Pluckthun, A. / Trkola, A.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_192689 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_166676 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_146278 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Distinct conformations of the HIV-1 V3 loop crown are targetable for broad neutralization.
著者: Friedrich, N. / Stiegeler, E. / Glogl, M. / Lemmin, T. / Hansen, S. / Kadelka, C. / Wu, Y. / Ernst, P. / Maliqi, L. / Foulkes, C. / Morin, M. / Eroglu, M. / Liechti, T. / Ivan, B. / Reinberg, ...著者: Friedrich, N. / Stiegeler, E. / Glogl, M. / Lemmin, T. / Hansen, S. / Kadelka, C. / Wu, Y. / Ernst, P. / Maliqi, L. / Foulkes, C. / Morin, M. / Eroglu, M. / Liechti, T. / Ivan, B. / Reinberg, T. / Schaefer, J.V. / Karakus, U. / Ursprung, S. / Mann, A. / Rusert, P. / Kouyos, R.D. / Robinson, J.A. / Gunthard, H.F. / Pluckthun, A. / Trkola, A.
履歴
登録2020年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Broadly neutralizing DARPin bnD.3
C: Broadly neutralizing DARPin bnD.3
B: HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)
D: HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,67110
ポリマ－37,4244
非ポリマー2476
水5,260292
1
A: Broadly neutralizing DARPin bnD.3
B: HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9598
ポリマ－18,7122
非ポリマー2476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area8420 Å2
手法PISA
2
C: Broadly neutralizing DARPin bnD.3
D: HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7122
ポリマ－18,7122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.400, 67.060, 93.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Broadly neutralizing DARPin bnD.3


分子量: 17108.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)


分子量: 1603.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 298分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.83 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2M Ca Acetate, 0.1 Na Acetate pH 5.5, 30% PEG 2K MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→54.42 Å / Num. obs: 47910 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.944 % / Biso Wilson estimate: 32.086 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 8.09
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Num. unique obs: 3356 / CC1/2: 0.682

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 1.9→46.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 8.856 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22732 1279 5 %RANDOM
Rwork0.18077 ---
obs0.18316 24254 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.731 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.22 Å20 Å20 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2622 0 12 292 2926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132683
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172595
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7871.6243648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4891.5865976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1385348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.69425.447123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.58215432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.514156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0461.7551402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0471.7541400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6062.6171746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6062.6171747
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4951.9671281
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4951.9681282
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3712.8581903
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.43323.7033211
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.43223.7123212
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 89 -
Rwork0.303 1768 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14640.3436-0.48071.21320.11343.6966-0.05110.18010.0951-0.10480.0484-0.0046-0.1044-0.09660.00270.0545-0.0314-0.02620.06620.03580.02486.823630.617333.3836
22.86131.79620.27213.3612-0.13673.2037-0.20.53150.2855-0.18230.43660.3183-0.1281-0.0435-0.23660.0351-0.0239-0.00630.14650.08520.0658-18.206931.29838.2332
32.9193-2.12710.61823.1507-1.04182.8042-0.1975-0.18680.05630.12580.1159-0.21460.08620.19460.08170.0535-0.0079-0.03460.08810.01460.062211.828722.304143.8766
43.11112.5819-0.2795.1439-0.09984.4679-0.120.1242-0.21330.170.0981-0.4446-0.16070.42190.02180.0474-0.0117-0.01220.06850.00090.0412-13.040922.40847.748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2C13 - 171
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 15
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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