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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b4r | ||||||
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タイトル | Structure of the 4'-phosphopantetheinyl transferase PptAb from Mycobacterium abscessus in complex with Coenzyme A and N-(2,6-diethylphenyl)-N'-(N-ethylcarbamimidoyl)urea | ||||||
要素 | Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / mycobacterium abscessus 4'-phosphopantetheinyl transferase complex / inhibition (酵素阻害剤) / amidino-urea | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacteroides abscessus ATCC 19977 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Maveyraud, L. / Carivenc, C. / Blanger, C. / Mourey, L. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021 タイトル: Phosphopantetheinyl transferase binding and inhibition by amidino-urea and hydroxypyrimidinethione compounds. 著者: Carivenc, C. / Maveyraud, L. / Blanger, C. / Ballereau, S. / Roy-Camille, C. / Nguyen, M.C. / Genisson, Y. / Guilhot, C. / Chalut, C. / Pedelacq, J.D. / Mourey, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b4r.cif.gz | 163.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b4r.ent.gz | 118.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b4r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/7b4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/7b4r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25432.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus ATCC 19977 (バクテリア) 遺伝子: MAB_3117c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MD73 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FD7 / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-COA / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.29 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M LiSO4 0.1 M MES pH 6.5 20% (w/v) PEG 8K soaking 20h in 5 mM ligand 1% DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→46.44 Å / Num. obs: 57619 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 22.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.049 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 9112 / CC1/2: 0.835 / Rrim(I) all: 1.18 / Rsym value: 1.087 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 6QYG 解像度: 1.4→46.44 Å / SU ML: 0.1733 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.7179 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→46.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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