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- PDB-6qxr: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptAb from Mycobacterium absce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qxr
タイトル4'-phosphopantetheinyl transferase PptAb from Mycobacterium abscessus at pH 8.5 with Mn2+ and CoA.
要素Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Enterobactin synthetase-like, component D / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
補酵素A / : / Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Nguyen, M.C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
資金援助 オランダ, フランス, 2件
組織認可番号国
European Union (EU)10559 オランダ
French National Research AgencyANR-16-CE18-0011-01 フランス
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Conformational flexibility of coenzyme A and its impact on the post-translational modification of acyl carrier proteins by 4'-phosphopantetheinyl transferases.
著者: Nguyen, M.C. / Saurel, O. / Carivenc, C. / Gavalda, S. / Saitta, S. / Tran, M.P. / Milon, A. / Chalut, C. / Guilhot, C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3505
ポリマ－25,4321
非ポリマー9174
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10680 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)55.361, 60.589, 66.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase


分子量: 25432.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (バクテリア)
遺伝子: MAB_3117c / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MD73
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS 25 % PEG 4K 0.2 M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→44.75 Å / Num. obs: 68697 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.2→44.75 Å / Num. unique obs: 6755 / CC1/2: 0.724

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHASER位相決定
TRUNCATEデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4u89

4u89


解像度: 1.2→44.75 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1785 2959 2.36 %
Rwork0.16 --
obs0.1604 68693 93.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.44 Å2 / Biso mean: 20.5055 Å2 / Biso min: 7.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→44.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1688 0 40 405 2133
Biso mean--12.21 30.86 -
残基数----220
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.2-1.21970.29571440.2904577793
1.2197-1.24070.3021390.2776586793
1.2407-1.26330.27371500.2681585493
1.2633-1.28760.26461380.2556569191
1.2876-1.31390.24541390.2445581093
1.3139-1.34240.27851510.234602396
1.3424-1.37370.27061420.2251598796
1.3737-1.4080.22711480.2077596695
1.408-1.44610.21371370.2042588594
1.4461-1.48860.20471350.1904570191
1.4886-1.53670.18761480.1715607397
1.5367-1.59160.18341480.1619606297
1.5916-1.65530.17011430.1587598495
1.6553-1.73070.20881420.1622591494
1.7307-1.82190.1521420.1591558990
1.8219-1.93610.14691350.1532596995
1.9361-2.08560.18381470.1438594694
2.0856-2.29540.15181400.1389577992
2.2954-2.62760.16291260.139547887
2.6276-3.31030.14061310.1366579792
3.3103-44.750.16581340.1323544887
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.91490.12581.11587.32531.72767.3991-0.006-0.1570.6339-0.148-0.07640.2292-0.5735-0.10560.00040.14420.0256-0.00830.09440.0090.152452.568369.3238-4.153
21.92331.48221.79252.10132.77853.7188-0.0395-0.20750.115-0.0649-0.020.31670.1455-0.1170.02410.1184-0.0186-0.01230.17890.00980.158840.862855.2644-7.2656
34.06671.7792-1.77324.3904-2.00965.121-0.09720.0073-0.4672-0.0796-0.1335-0.04840.2811-0.08720.06180.1699-0.01010.00810.1314-0.00810.178751.179342.6758-6.5343
46.59625.1488-4.98187.4126-6.25998.6783-0.0771-0.0255-0.27040.00670.05250.09680.2793-0.2838-0.01860.1017-0.0221-0.00330.1232-0.01620.094546.6850.6804-3.5043
53.4181-0.42180.98066.0336-3.76565.79680.01150.1376-0.0242-0.25750.08130.08140.2082-0.1271-0.1120.1025-0.0090.00220.0994-0.00020.068656.318355.8442-12.3114
60.75330.2218-0.54321.00390.49852.71130.00450.01720.01290.0147-0.05410.00990.021-0.03540.04230.0809-0.0002-0.00490.07160.00890.078156.002658.90640.3679
79.27971.03432.36293.61141.5424.17510.1245-0.4959-0.48560.2819-0.09740.08230.3712-0.0988-0.07160.1768-0.01870.03690.14-0.00180.127852.489259.967523.4962
83.0806-1.614-1.65541.45341.29021.8235-0.0419-0.15790.0470.11720.00810.04280.01640.02190.06240.0862-0.01480.00630.0719-0.01660.079256.678862.503214.8718
96.2446-2.6366-0.20472.3187-0.26341.6012-0.0929-0.17520.16860.10070.0988-0.0027-0.0930.079-0.01650.1047-0.02720.00250.0825-0.0310.10664.235966.575513.4111
109.6954-1.36860.2691.3922-0.03331.10650.10590.28950.3359-0.0478-0.07890.0665-0.0771-0.0010.0040.12140.00060.01090.0908-0.00850.100956.506668.10977.1393
117.36223.9374-3.9693.4885-1.68034.4148-0.0631-0.26630.0228-0.1911-0.0258-0.7082-0.27170.74920.09150.1501-0.05860.04820.2237-0.01490.296969.684168.82840.8972
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 20 )A5 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 29 )A21 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 30 through 41 )A30 - 41
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 42 through 56 )A42 - 56
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 57 through 72 )A57 - 72
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 73 through 118 )A73 - 118
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 119 through 130 )A119 - 130
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 131 through 171 )A131 - 171
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 172 through 194 )A172 - 194
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 195 through 214 )A195 - 214
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 215 through 224 )A215 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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