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Yorodumi- PDB-3tcj: CcdB dimer from V. fisheri in complex with one C-terminal domain ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tcj | ||||||
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Title | CcdB dimer from V. fisheri in complex with one C-terminal domain of F-plasmid CcdA | ||||||
Components |
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Keywords | TOXIN/ANTITOXIN / ALPHA+BETA SH3 domain intrinsically disordered / TOXIN-ANTITOXIN complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / plasmid maintenance / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aliivibrio fischeri (bacteria) Escherichia coli O157:H7 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.93 Å | ||||||
Authors | De Jonge, N. / Loris, R. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2013 Title: Energetic basis of uncoupling folding from binding for an intrinsically disordered protein. Authors: Drobnak, I. / De Jonge, N. / Haesaerts, S. / Vesnaver, G. / Loris, R. / Lah, J. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2007 Title: Purification and crystallization of Vibrio fischeri CcdB and its complexes with fragments of gyrase and CcdA. Authors: De Jonge, N. / Buts, L. / Vangelooven, J. / Mine, N. / Van Melderen, L. / Wyns, L. / Loris, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3tcj.cif.gz | 110.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3tcj.ent.gz | 86.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3tcj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tcj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3jrzS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | Heterodimer consisting of one CcdB dimer to which one CcdA37-72 fragment is bound. The biological unit corresponds to the asymmetric unit |
-Components
#1: Protein | Mass: 11879.721 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aliivibrio fischeri (bacteria) / Gene: ccdB / Plasmid: pKK223-3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B462 / References: UniProt: Q84B82 #2: Protein/peptide | | Mass: 4376.829 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 37-72 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Escherichia coli O157:H7 (bacteria) / References: UniProt: P62553 #3: Chemical | ChemComp-ACT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 4.6 Details: 8% PEG4000, 0.1M CH3COONa.3H2O, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, HAMBURG / Beamline: X13 / Wavelength: 0.808 |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Oct 12, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.808 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→49.8 Å / Num. obs: 18030 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 20.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 15.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 4.07 / Rsym value: 0.0452 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3JRZ Resolution: 1.93→19.47 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: Anisotropic B factors / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.51 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.99 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.93→19.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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