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- PDB-7b4g: Structural basis of reactivation of oncogenic p53 mutants by a sm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b4g
タイトルStructural basis of reactivation of oncogenic p53 mutants by a small molecule: methylene quinuclidinone (MQ). Human p53DBD-R282W mutant bound to DNA: R282W-MQ (II)
要素
  • Cellular tumor antigen p53
  • DNA target
キーワードTRANSCRIPTION / P53 / TUMOR SUPPRESSOR / DNA BINDING PROTEIN / PROTEIN DNA COMPLEX / MICHAEL ACCEPTOR / MICHAEL REACTION / PROTEIN-DRUG COMPLEX / PROTEIN-DNA-DRUG COMPLEX / LOOP-SHEET-HELIX MOTIF / DNA TARGET / ACTIVATOR / HOOGSTEEN BASE-PAIRING
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / mRNA transcription / positive regulation of programmed necrotic cell death / bone marrow development / circadian behavior / T cell proliferation involved in immune response / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase regulator activity / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / thymocyte apoptotic process / B cell lineage commitment / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / replicative senescence / general transcription initiation factor binding / cellular response to UV-C / cellular response to actinomycin D / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / neuroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / hematopoietic stem cell differentiation / Pyroptosis / viral process / embryonic organ development / chromosome organization / type II interferon-mediated signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / somitogenesis / hematopoietic progenitor cell differentiation / glial cell proliferation / negative regulation of fibroblast proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of stem cell proliferation / cellular response to glucose starvation / mitophagy / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / gastrulation / response to salt stress / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 14-3-3 protein binding / negative regulation of proteolysis / MDM2/MDM4 family protein binding / cardiac muscle cell apoptotic process / transcription repressor complex / cellular response to ionizing radiation
類似検索 - 分子機能
Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family ...Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Cellular tumor antigen p53
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Degtjarik, O. / Rozenberg, H. / Shakked, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Aprea Therapeutics AB
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of reactivation of oncogenic p53 mutants by a small molecule: methylene quinuclidinone (MQ).
著者: Degtjarik, O. / Golovenko, D. / Diskin-Posner, Y. / Abrahmsen, L. / Rozenberg, H. / Shakked, Z.
履歴
登録2020年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular tumor antigen p53
B: DNA target
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6198
ポリマ－26,1992
非ポリマー4206
水5,729318
1
A: Cellular tumor antigen p53
B: DNA target
ヘテロ分子

A: Cellular tumor antigen p53
B: DNA target
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,23816
ポリマ－52,3984
非ポリマー84012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_758-x+2,y,-z+31
Buried area5650 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area22990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.439, 49.859, 34.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.711, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-156-

HOH

21B-163-

HOH

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要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 22534.598 Da / 分子数: 1 / 断片: p53 human DNA binding domain / 変異: R282W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / プラスミド: pET-27-b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04637
#2: DNA鎖 DNA target


分子量: 3664.380 Da / 分子数: 1 / 断片: p53 DNA target / 変異: ' / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IDT: Integrated DNA Technology / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 324分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 % / Mosaicity: 0.675 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: Protein/DNA ratio 1:1.5, 0.2M Sodium Acetate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月10日
放射モノクロメーター: VariMax Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→40 Å / Num. obs: 18811 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 66152
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.86-1.893.40.4829220.8180.30.5690.72191.9
1.89-1.933.50.429150.8340.2590.4940.71994.8
1.93-1.963.50.3339000.8830.2060.3930.76293.9
1.96-23.50.3099110.910.1910.3640.7492.9
2-2.053.50.2669070.9210.1650.3140.78396.2
2.05-2.093.60.2239160.9490.1370.2620.78493.9
2.09-2.153.50.2129360.9450.1310.2490.86295
2.15-2.213.50.1829180.9620.1130.2150.81696.6
2.21-2.273.50.1669370.9660.1020.1950.86793.2
2.27-2.343.50.1569450.9660.0970.1840.95399.1
2.34-2.433.60.159200.9710.0930.1760.91293.6
2.43-2.523.50.1379510.9760.0850.1610.95999
2.52-2.643.60.1229480.980.0760.1440.97494.7
2.64-2.783.50.1049490.9850.0640.1221.00399.3
2.78-2.953.60.099400.9890.0560.1071.11796.8
2.95-3.183.50.0689630.9930.0420.0811.0897.4
3.18-3.53.50.0559610.9960.0340.0651.05298.4
3.5-4.013.50.0459660.9960.0290.0531.02898.6
4.01-5.053.50.0419910.9970.0260.0491.01399
5.05-403.40.04510150.9980.0290.0541.01399.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2-3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AC0

2ac0


解像度: 1.86→34.29 Å / SU ML: 0.1977 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.6241
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 1897 10.08 %
Rwork0.147 16914 -
obs0.1528 18811 96.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→34.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1550 226 24 318 2118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94832817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0617299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.5964797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.90.29511260.22731160X-RAY DIFFRACTION91.66
1.9-1.960.26411390.1711165X-RAY DIFFRACTION94.15
1.96-2.010.23491310.17711194X-RAY DIFFRACTION93.71
2.01-2.080.23071170.16871182X-RAY DIFFRACTION95.23
2.08-2.150.22041500.14721183X-RAY DIFFRACTION95.01
2.15-2.240.20271290.14551171X-RAY DIFFRACTION95.17
2.24-2.340.22211370.14651214X-RAY DIFFRACTION96.98
2.34-2.460.23431330.15211191X-RAY DIFFRACTION94.98
2.46-2.620.20151360.14631219X-RAY DIFFRACTION96.24
2.62-2.820.23531370.15471218X-RAY DIFFRACTION97.83
2.82-3.10.21681360.15461226X-RAY DIFFRACTION97.36
3.1-3.550.17291370.13511247X-RAY DIFFRACTION98.86
3.55-4.470.17721410.12291246X-RAY DIFFRACTION98.65
4.48-34.290.17391480.14011298X-RAY DIFFRACTION99.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.593191329397-0.3758742731540.09880227572060.7621828359210.086512241180.138438352240.005974684166240.08723204847680.0415735768035-0.0244959315988-0.0394528005837-0.04926067717070.0227528149340.00626081581105-0.004366775383030.09745470661780.01420517993170.01011401493350.0985652791610.01707837176360.0820883762398155.398084003-15.508941509446.9277563076
20.1598705477450.0327795139359-0.161098310280.2974575721110.08755651014270.18497777970.0454259192142-0.1082445213540.1232233971810.09479843929620.01793659508940.0786771240971-0.186930256664-0.01948895338450.005407328003660.177690929898-0.00592170356622-0.01078118881120.1468649617-0.02944714330510.147388875994135.4179917310.031552471819649.5999354197
30.303778632027-0.1996873060760.05166583674690.3510327035580.07466758333630.0111792207222-0.07919932153770.0144930768020.1017828713030.08296739174860.0245888573002-0.150832976481-0.0487013819477-0.0406842064655-0.01090345157180.100475177661-0.0103136368482-0.003195156550890.1408666334960.02609488359120.136257305178160.596208601-10.280763683547.5380126634
40.543594922028-0.1088217891020.1662497805390.3697134072790.01173900948040.024258926118-0.05026750149680.02208497173510.05393301780130.0635435986763-0.040163319515-0.061887391512-0.026077737408-0.0031124768936-0.03786540390220.09205480515950.00592117928699-0.008734013476660.09316039990040.01635811410610.100370724179155.605286313-16.549221620448.9462609315
50.300227161730.0760519222375-0.03670232021040.06883193421770.0262935870080.0295153410664-0.06610801696020.228837899591-0.42656253173-0.0267375307287-0.07119710076590.0624247967948-0.0233563244538-0.237316288997-0.01770805650670.153994165742-0.008672546373680.01050963271540.182783683333-0.04346371125690.170855403539141.126794227-24.893307000145.2007122488
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 195 through 293 )AA195 - 293110 - 217
22chain 'B' and (resid 1 through 12 )BH1 - 12
33chain 'A' and (resid 94 through 131 )AA94 - 1311 - 39
44chain 'A' and (resid 132 through 176 )AA132 - 17640 - 92
55chain 'A' and (resid 177 through 194 )AA177 - 19493 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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