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Yorodumi- PDB-7b4a: Structural basis of reactivation of oncogenic p53 mutants by a sm... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7b4a | ||||||
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Title | Structural basis of reactivation of oncogenic p53 mutants by a small molecule: methylene quinuclidinone (MQ). Human p53DBD-R273H mutant bound to DNA: R273H-DNA | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / P53 / TUMOR SUPPRESSOR / DNA BINDING PROTEIN / PROTEIN DNA COMPLEX / MICHAEL ACCEPTOR / MICHAEL REACTION / PROTEIN-DRUG COMPLEX / PROTEIN-DNA-DRUG COMPLEX / LOOP-SHEET-HELIX MOTIF / DNA TARGET / ACTIVATOR / HOOGSTEEN BASE-PAIRING | ||||||
Function / homology | Function and homology information Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / histone deacetylase regulator activity / germ cell nucleus / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of glial cell proliferation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / negative regulation of neuroblast proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / negative regulation of DNA replication / ER overload response / B cell lineage commitment / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / thymocyte apoptotic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / cardiac septum morphogenesis / positive regulation of execution phase of apoptosis / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Zygotic genome activation (ZGA) / necroptotic process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / mitophagy / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / general transcription initiation factor binding / Transcriptional Regulation by VENTX / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to X-ray / replicative senescence / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / neuroblast proliferation / cellular response to UV-C / : / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / chromosome organization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / glial cell proliferation / embryonic organ development / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Pyroptosis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / hematopoietic progenitor cell differentiation / cellular response to glucose starvation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / cellular response to actinomycin D / somitogenesis / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of fibroblast proliferation / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cardiac muscle cell apoptotic process / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 14-3-3 protein binding / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / response to salt stress Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Golovenko, D. / Rozenberg, H. / Degtjarik, O. / Shakked, Z. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Structural basis of reactivation of oncogenic p53 mutants by a small molecule: methylene quinuclidinone (MQ). Authors: Degtjarik, O. / Golovenko, D. / Diskin-Posner, Y. / Abrahmsen, L. / Rozenberg, H. / Shakked, Z. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
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PDB format | pdb7b4a.ent.gz | 158.8 KB | Display | PDB format |
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Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7b4a_validation.pdf.gz | 444.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7b4a_full_validation.pdf.gz | 445.6 KB | Display | |
Data in XML | 7b4a_validation.xml.gz | 22.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7b4a_validation.cif.gz | 33.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/7b4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/7b4a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6zncC 7b46C 7b47C 7b48C 7b49C 7b4bC 7b4cC 7b4dC 7b4eC 7b4fC 7b4gC 7b4hC 7b4nC 4ibsS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22486.535 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: p53 human DNA binding domain / Mutation: R273H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TP53, P53 / Plasmid: pET-27-b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P04637 #2: DNA chain | | Mass: 6136.942 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: p53 DNA target / Mutation: ' / Source method: obtained synthetically / Details: IDT: Integrated DNA Technology / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: evaporation / pH: 6.1 Details: Protein/DNA ratio 1:1.4, 0.075M Sodium formate, 7.5% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-3 / Wavelength: 0.8729 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Oct 7, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8729 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→45 Å / Num. obs: 35603 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 283631 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4IBS Resolution: 1.9→31.07 Å / SU ML: 0.2627 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.9843 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→31.07 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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