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- PDB-7b48: Structural basis of reactivation of oncogenic p53 mutants by a sm... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7b48 | ||||||
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Title | Structural basis of reactivation of oncogenic p53 mutants by a small molecule: methylene quinuclidinone (MQ). Human p53DBD-R273H mutant bound to MQ: R273H-MQ (II) | ||||||
![]() | Cellular tumor antigen p53 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / P53 / TUMOR SUPPRESSOR / DNA BINDING PROTEIN / PROTEIN DNA COMPLEX / MICHAEL ACCEPTOR / MICHAEL REACTION / PROTEIN-DRUG COMPLEX / PROTEIN-DNA-DRUG COMPLEX / LOOP-SHEET-HELIX MOTIF / DNA TARGET / ACTIVATOR / HOOGSTEEN BASE-PAIRING | ||||||
Function / homology | ![]() Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / histone deacetylase regulator activity / germ cell nucleus / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of glial cell proliferation / negative regulation of neuroblast proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / ER overload response / negative regulation of DNA replication / B cell lineage commitment / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / thymocyte apoptotic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / cardiac septum morphogenesis / positive regulation of execution phase of apoptosis / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Zygotic genome activation (ZGA) / necroptotic process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / rRNA transcription / TFIID-class transcription factor complex binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / SUMOylation of transcription factors / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / general transcription initiation factor binding / mitophagy / Transcriptional Regulation by VENTX / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to X-ray / replicative senescence / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to UV-C / neuroblast proliferation / : / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / hematopoietic stem cell differentiation / chromosome organization / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / glial cell proliferation / Pyroptosis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / embryonic organ development / hematopoietic progenitor cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / cellular response to actinomycin D / somitogenesis / type II interferon-mediated signaling pathway / cellular response to glucose starvation / core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of stem cell proliferation / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cardiac muscle cell apoptotic process / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 14-3-3 protein binding / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to salt stress Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Degtjarik, O. / Rozenberg, H. / Shakked, Z. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural basis of reactivation of oncogenic p53 mutants by a small molecule: methylene quinuclidinone (MQ). Authors: Degtjarik, O. / Golovenko, D. / Diskin-Posner, Y. / Abrahmsen, L. / Rozenberg, H. / Shakked, Z. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6zncC ![]() 7b46C ![]() 7b47C ![]() 7b49C ![]() 7b4aC ![]() 7b4bC ![]() 7b4cC ![]() 7b4dC ![]() 7b4eC ![]() 7b4fC ![]() 7b4gC ![]() 7b4hC ![]() 7b4nC ![]() 4ibsS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 22486.535 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: p53 human DNA binding domain / Mutation: R273H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 486 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/QNN.gif)
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![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/QNN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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Nonpolymer details | Two enantiomers, QNN and QN8 are produced by addition reaction of the michael acceptor compound "2- ...Two enantiomers, QNN and QN8 are produced by addition reaction of the michael acceptor compound "2-methylenequinuclidin-3-one" with cysteine or lysine. As such, QNN and QN8 bind covalently to the thiol group of cysteine or amino group of lysine. The chiral definitions of QNN and QN8 bound to cysteines are reversed to that of the pseudo free ligands. |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.01 % / Mosaicity: 0.64 ° |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: evaporation / pH: 6.1 Details: 0.2M Li Acetate, 2.0% w/v Agarose, 20% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 22, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8729 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.05→39 Å / Num. obs: 49698 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.1 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 1.094 / Net I/σ(I): 10.18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4IBS Resolution: 2.05→36.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.2257 / WRfactor Rwork: 0.1744 / FOM work R set: 0.8089 / SU B: 7.979 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.0447 / SU Rfree: 0.0383 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.038 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.41 Å2 / Biso mean: 31.036 Å2 / Biso min: 3.48 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→36.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.101 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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