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- PDB-7b30: MST3 in complex with compound G-5555 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b30
タイトルMST3 in complex with compound G-5555
要素Serine/threonine-protein kinase 24
キーワードTRANSFERASE / kinase inhibitors / structure-based drug design / SIK2 inhibitor / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Apoptotic execution phase / FAR/SIN/STRIPAK complex / regulation of axon regeneration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / execution phase of apoptosis / positive regulation of axon regeneration / Apoptotic cleavage of cellular proteins / cellular response to starvation / negative regulation of cell migration / cellular response to oxidative stress ...Apoptotic execution phase / FAR/SIN/STRIPAK complex / regulation of axon regeneration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / execution phase of apoptosis / positive regulation of axon regeneration / Apoptotic cleavage of cellular proteins / cellular response to starvation / negative regulation of cell migration / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / protein phosphorylation / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-59T / Serine/threonine-protein kinase 24
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tesch, R. / Rak, M. / Joerger, A.C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)397659447 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Design of Selective Salt-Inducible Kinase Inhibitors.
著者: Tesch, R. / Rak, M. / Raab, M. / Berger, L.M. / Kronenberger, T. / Joerger, A.C. / Berger, B.T. / Abdi, I. / Hanke, T. / Poso, A. / Strebhardt, K. / Sanhaji, M. / Knapp, S.
履歴
登録2020年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0532
ポリマ－34,5601
非ポリマー4931
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.997, 58.846, 61.843
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.921, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 24 / Mammalian STE20-like protein kinase 3 / MST-3 / STE20-like kinase MST3


分子量: 34559.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK24, MST3, STK3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y6E0, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-59T / 8-[(trans-5-amino-1,3-dioxan-2-yl)methyl]-6-[2-chloro-4-(6-methylpyridin-2-yl)phenyl]-2-(methylamino)pyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one / G-5555


分子量: 492.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25ClN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein solution: 10 mg/ml in buffer 25 mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 5% glycerol and 0.5 mM TCEP. Reservoir: 10% PEG 6000, 0.1M HEPES pH 7.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.64 Å / Num. obs: 20236 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 38.68 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 1341 / CC1/2: 0.881 / Rpim(I) all: 0.19 / % possible all: 79.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZHP

3zhp


解像度: 2.1→39.64 Å / SU ML: 0.1967 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5467
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1963 951 4.7 %
Rwork0.1775 19278 -
obs0.1784 20229 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2035 0 35 108 2178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00792119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00462882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9821309
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.210.23211480.20422342X-RAY DIFFRACTION83.45
2.21-2.350.24951230.19692805X-RAY DIFFRACTION99.46
2.35-2.530.20041490.19952796X-RAY DIFFRACTION99.53
2.53-2.790.24831450.20532811X-RAY DIFFRACTION98.83
2.79-3.190.25551370.20412811X-RAY DIFFRACTION99.23
3.19-4.020.21891100.1752842X-RAY DIFFRACTION99.16
4.02-39.640.13871390.15072871X-RAY DIFFRACTION98.01
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.161384958920.0158538985161-4.269616998013.22738199113-2.318820629227.525858131420.001086800227980.4332392882590.040476064644-0.4263452990660.2023021466910.0838960298597-0.0975212301551-0.645617619507-0.1748818068540.403029975266-0.0744936305741-0.06791192131180.479578415894-0.04049028357380.352300686307-39.7322034339-8.418286475189.91675836961
22.938265431981.142213024990.7470915961422.379902539770.6210086706691.96927657434-0.08739953357890.120181216349-0.265794877395-0.1377312187920.121654006037-0.3208289664960.0008576321426680.0344248489246-0.03549029307390.248347064532-0.0004700286709560.01868423016670.250805677524-0.01979930663080.292937005249-19.39016315821.3553807796520.0780001824
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resseq 26:75)26 - 751 - 50
22(chain A and resseq 76:305)76 - 30551 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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