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万見
- PDB-7b2e: quadruple mutant of oxalyl-CoA decarboxylase from Methylorubrum e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b2e
タイトルquadruple mutant of oxalyl-CoA decarboxylase from Methylorubrum extorquens with bound TPP and ADP
要素Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
キーワードLYASE / Decarboxylase / Carboxylase / Ligase / Formyl-CoA / Oxalyl-CoA / Mandelyl-CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / oxalate catabolic process / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / nucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Oxalyl-CoA decarboxylase / TPP-binding domain containing protein HACL1-like / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / THIAMINE DIPHOSPHATE / Oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
類似検索 - 構成要素
生物種Methylorubrum extorquens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pfister, P. / Burgener, S. / Nattermann, M. / Zarzycki, J. / Erb, T.J.
資金援助 ドイツ, 米国, 2件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchFormatPlant ドイツ
Department of Energy (DOE, United States)DE-EE0008499 米国
引用
ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Engineering a Highly Efficient Carboligase for Synthetic One-Carbon Metabolism.
著者: Nattermann, M. / Burgener, S. / Pfister, P. / Chou, A. / Schulz, L. / Lee, S.H. / Paczia, N. / Zarzycki, J. / Gonzalez, R. / Erb, T.J.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
B: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
C: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
D: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
E: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
F: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
G: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
H: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)500,47732
ポリマ－493,4638
非ポリマー7,01524
水22,9151272
1
A: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
B: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
F: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
G: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,23916
ポリマ－246,7314
非ポリマー3,50712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29580 Å2
ΔGint-202 kcal/mol
Surface area63350 Å2
手法PISA
2
C: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
D: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
E: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
H: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,23916
ポリマ－246,7314
非ポリマー3,50712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29550 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area63290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.094, 180.337, 202.008
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)


分子量: 61682.863 Da / 分子数: 8 / 変異: E135G, A415C, Y497F, S568G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア)
株: ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1 / 遺伝子: MexAM1_META1p0990 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5AX46, oxalyl-CoA decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE


分子量: 425.314 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.15 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: reservoir: 25% w/v pentaerythriol propoxylate (17/8 PO/OH), 100 mM Tris pH 8.5, 50 mM Magnesium chloride condition: 10% w/v pentaerythriol propoxylate (17/8 PO/OH), 40 mM Tris pH 8.5, 30 mM ...詳細: reservoir: 25% w/v pentaerythriol propoxylate (17/8 PO/OH), 100 mM Tris pH 8.5, 50 mM Magnesium chloride condition: 10% w/v pentaerythriol propoxylate (17/8 PO/OH), 40 mM Tris pH 8.5, 30 mM Magnesium chloride, 4 mg/mL Protein, 10 mM HEPES-KOH pH 7.8, 30 mM NaCl, 2 mM TPP, 1 mM CoA
PH範囲: 7.8-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream (liquid nitrogen) / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月17日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.941 Å / Num. obs: 144506 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.277 / Rsym value: 0.266 / Net I/av σ(I): 2.4 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.8-2.95140.8290.8208240.9760.2270.860.82999.4
2.95-3.13140.591.1197850.1620.6120.5999.9
3.13-3.3513.80.441.5186890.1220.4570.4499.9
3.35-3.6212.90.322173970.0920.3330.3299.9
3.62-3.96140.2382.7160440.0660.2470.23899.9
3.96-4.43140.1793.5145400.050.1860.17999.9
4.43-5.1113.20.1544128860.0440.160.154100
5.11-6.2613.30.1913.3109770.0540.1990.191100
6.26-8.8613.40.122585920.0350.1270.122100
8.86-29.941120.0687.547720.0210.0720.06897.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874精密化
XDSBUILT=20200417データ削減
pointless1.12.1データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AYG

7ayg


解像度: 2.8→29.94 Å / SU ML: 0.2819 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.76 / 位相誤差: 30.4356
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 1996 1.39 %
Rwork0.2018 141872 -
obs0.2022 143868 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32512 0 432 1272 34216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002333584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.559345642
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04525232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00395930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.927112338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.33231390.27259941X-RAY DIFFRACTION98.65
2.87-2.950.32281410.251310067X-RAY DIFFRACTION99.68
2.95-3.030.28481420.239310061X-RAY DIFFRACTION99.77
3.03-3.130.28011410.230110022X-RAY DIFFRACTION99.47
3.13-3.240.25761420.226910089X-RAY DIFFRACTION99.51
3.24-3.370.27011420.214610036X-RAY DIFFRACTION99.39
3.37-3.530.24461420.207510075X-RAY DIFFRACTION99.5
3.53-3.710.23771430.198810110X-RAY DIFFRACTION99.69
3.71-3.950.23421420.183410128X-RAY DIFFRACTION99.57
3.95-4.250.18241420.176810162X-RAY DIFFRACTION99.64
4.25-4.680.18031430.16310172X-RAY DIFFRACTION99.7
4.68-5.350.18241440.181210234X-RAY DIFFRACTION99.77
5.35-6.730.22261460.206210319X-RAY DIFFRACTION99.84
6.73-29.940.20131470.182710456X-RAY DIFFRACTION98.53
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.82337183126 Å / Origin y: -90.0796928759 Å / Origin z: 0.0183502455143 Å
111213212223313233
T0.206794033433 Å2-0.00447802827803 Å20.00465856909979 Å2-0.293874121419 Å20.00429237490129 Å2--0.209424288901 Å2
L0.0055443435956 °2-0.0178139247732 °2-0.00169452490209 °2-0.141157905376 °20.0484405363464 °2--0.018472380246 °2
S-0.00110218384249 Å °0.0101023999582 Å °-0.000407143080402 Å °-0.00716963410773 Å °0.00898278721728 Å °-0.00648452509651 Å °-0.00494028030944 Å °0.00639941239924 Å °-0.00832681447233 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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