PDB-4qpz: Crystal structure of the formolase FLS_v2 in space group P 21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qpz

タイトル

Crystal structure of the formolase FLS_v2 in space group P 21

要素

Formolase

キーワード

LYASE / formaldehyde lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetolactate synthase complex / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / lyase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Shen, B.W. / Siegel, J.B. / Stoddard, B.L. / Baker, D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Computational protein design enables a novel one-carbon assimilation pathway.
著者: Siegel, J.B. / Smith, A.L. / Poust, S. / Wargacki, A.J. / Bar-Even, A. / Louw, C. / Shen, B.W. / Eiben, C.B. / Tran, H.M. / Noor, E. / Gallaher, J.L. / Bale, J. / Yoshikuni, Y. / Gelb, M.H. / ...

履歴

登録	2014年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qpz.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qpz.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qpz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qpz_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qpz_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	4qpz_validation.xml.gz	158.2 KB	表示
CIF形式データ	4qpz_validation.cif.gz	208.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/4qpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/4qpz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qq8C 2agoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3iae-1 3iaf-d 2ag1-d 3d7k-1 2uz1-d 4qq8-d 2c31-1 7b2e-2 7ayg-2 7b2e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (9) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Formolase

B: Formolase

C: Formolase

D: Formolase

E: Formolase

F: Formolase

G: Formolase

H: Formolase

ヘテロ分子

495 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Formolase

B: Formolase

C: Formolase

D: Formolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
247 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Formolase

F: Formolase

G: Formolase

H: Formolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
247 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.878, 136.564, 167.062
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	A	A	2 - 562	1 - 561
2	1	PHE	PHE	B	B	2 - 562	1 - 561
1	2	PHE	PHE	A	A	2 - 562	1 - 561
2	2	PHE	PHE	C	C	2 - 562	1 - 561
1	3	PHE	PHE	A	A	2 - 562	1 - 561
2	3	PHE	PHE	D	D	2 - 562	1 - 561
1	4	PHE	PHE	A	A	2 - 562	1 - 561
2	4	PHE	PHE	E	E	2 - 562	1 - 561
1	5	PHE	PHE	A	A	2 - 562	1 - 561
2	5	PHE	PHE	F	F	2 - 562	1 - 561
1	6	PHE	PHE	A	A	2 - 562	1 - 561
2	6	PHE	PHE	G	G	2 - 562	1 - 561
1	7	PHE	PHE	A	A	2 - 562	1 - 561
2	7	PHE	PHE	H	H	2 - 562	1 - 561
1	8	ALA	ALA	B	B	2 - 563	1 - 562
2	8	ALA	ALA	C	C	2 - 563	1 - 562
1	9	ALA	ALA	B	B	2 - 563	1 - 562
2	9	ALA	ALA	D	D	2 - 563	1 - 562
1	10	ALA	ALA	B	B	2 - 563	1 - 562
2	10	ALA	ALA	E	E	2 - 563	1 - 562
1	11	ALA	ALA	B	B	2 - 563	1 - 562
2	11	ALA	ALA	F	F	2 - 563	1 - 562
1	12	ALA	ALA	B	B	2 - 563	1 - 562
2	12	ALA	ALA	G	G	2 - 563	1 - 562
1	13	ALA	ALA	B	B	2 - 563	1 - 562
2	13	ALA	ALA	H	H	2 - 563	1 - 562
1	14	ALA	ALA	C	C	2 - 563	1 - 562
2	14	ALA	ALA	D	D	2 - 563	1 - 562
1	15	ALA	ALA	C	C	2 - 563	1 - 562
2	15	ALA	ALA	E	E	2 - 563	1 - 562
1	16	ALA	ALA	C	C	2 - 563	1 - 562
2	16	ALA	ALA	F	F	2 - 563	1 - 562
1	17	ALA	ALA	C	C	2 - 563	1 - 562
2	17	ALA	ALA	G	G	2 - 563	1 - 562
1	18	ALA	ALA	C	C	2 - 563	1 - 562
2	18	ALA	ALA	H	H	2 - 563	1 - 562
1	19	ALA	ALA	D	D	2 - 563	1 - 562
2	19	ALA	ALA	E	E	2 - 563	1 - 562
1	20	ALA	ALA	D	D	2 - 563	1 - 562
2	20	ALA	ALA	F	F	2 - 563	1 - 562
1	21	ALA	ALA	D	D	2 - 563	1 - 562
2	21	ALA	ALA	G	G	2 - 563	1 - 562
1	22	ALA	ALA	D	D	2 - 563	1 - 562
2	22	ALA	ALA	H	H	2 - 563	1 - 562
1	23	ALA	ALA	E	E	2 - 563	1 - 562
2	23	ALA	ALA	F	F	2 - 563	1 - 562
1	24	ALA	ALA	E	E	2 - 563	1 - 562
2	24	ALA	ALA	G	G	2 - 563	1 - 562
1	25	ALA	ALA	E	E	2 - 563	1 - 562
2	25	ALA	ALA	H	H	2 - 563	1 - 562
1	26	ALA	ALA	F	F	2 - 563	1 - 562
2	26	ALA	ALA	G	G	2 - 563	1 - 562
1	27	ALA	ALA	F	F	2 - 563	1 - 562
2	27	ALA	ALA	H	H	2 - 563	1 - 562
1	28	ALA	ALA	G	G	2 - 563	1 - 562
2	28	ALA	ALA	H	H	2 - 563	1 - 562

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Formolase / Benzaldehyde lyase 分子量: 61371.605 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: bznB / 参照: UniProt: Q9F4L3
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE 分子量: 425.314 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% PEG3350, 100 mM Succinic Acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→166.33 Å / Num. all: 98335 / Num. obs: 89485 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.46 Å² / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
3-3.11	3.3	2.01	7594	0.678	1	85.4
3.11-3.23	3.4	2.96	7637	0.491	1	86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER	MR	位相決定
REFMAC	5.8.0071	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2AGO

2ago

解像度: 3→166.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 60.082 / SU ML: 0.459 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.539 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25658	4028	5 %	RANDOM
R_work	0.20773	-	-	-
obs	0.21022	75975	89.43 %	-
all	-	80209	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.162 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.69 Å²	0 Å²	-0.63 Å²
2-	-	4.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→166.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33228	0	216	11	33455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	34140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.51	1.961	46597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.94	5	4489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.614	23.824	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.942	15	5112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.454	15	208
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	5392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	25980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.349	3.061	17980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.284	4.593	22461
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.838	3.216	16160
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.659	29.411	147112

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	306	-
R_work	0.32	5253	-
obs	-	-	83.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6018	0.1035	0.4442	0.5748	0.0541	1.9621	-0.0518	-0.6411	-0.1315	0.2426	-0.0927	0.0051	-0.1396	0.0044	0.1444	0.2552	-0.0188	-0.0135	0.3136	0.1409	0.1789	5.5043	17.8514	-16.2
2	1.8197	0.3123	-0.0794	1.1958	-0.0408	2.719	-0.0251	-0.2836	-0.5675	0.0181	-0.0825	0.1744	0.4169	-0.7567	0.1076	0.1304	-0.1125	0.0203	0.2653	0.0451	0.3004	-22.8603	9.3675	-38.217
3	1.6348	-0.3871	0.4326	0.7564	-0.4423	2.4136	0.1439	0.6058	-0.194	-0.1809	-0.2814	-0.0477	-0.0279	0.3844	0.1376	0.1637	0.0641	0.006	0.2784	-0.0853	0.1707	2.0379	18.0017	-70.4939
4	2.0077	-0.8226	0.2518	1.362	-0.3946	2.2317	0.0414	0.3068	-0.4597	-0.0208	-0.2425	-0.1606	0.2729	0.976	0.2011	0.117	0.0648	0.0123	0.5022	0.0754	0.3145	30.6076	10.0621	-48.5328
5	1.6776	0.0229	0.4704	1.0712	-0.2102	2.4752	-0.0492	0.1159	0.4667	0.0296	-0.1791	-0.3861	-0.155	1.0293	0.2282	0.0624	-0.0147	-0.0217	0.4939	0.0847	0.3767	-19.0988	78.8968	-35.3892
6	1.7276	0.0474	0.4393	0.999	-0.5522	2.8168	0.0467	-0.6082	0.0403	0.2244	-0.1006	0.0762	0.2376	-0.2061	0.0538	0.173	-0.0035	0.0036	0.3235	-0.1369	0.1537	-47.001	71.3474	-12.5327
7	1.6399	-0.1855	0.5124	1.1932	-0.4089	3.2366	-0.07	-0.3792	0.4355	0.1238	0.1173	0.2865	-0.2167	-1.0148	-0.0473	0.0234	0.0719	0.0239	0.3542	-0.037	0.2837	-72.731	79.7826	-44.3049
8	1.7735	-0.1571	0.5089	1.0589	0.1652	2.8885	0.031	0.3521	0.0559	-0.1974	-0.1009	-0.1398	0.5066	0.4156	0.0699	0.1502	0.0927	0.0611	0.1429	0.0906	0.1505	-45.1612	70.9265	-67.0139

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 564
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	601 - 602
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 563
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	601 - 602
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 563
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	601 - 602
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 563
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	601 - 602
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 563
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	601 - 602
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 563
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	601 - 602
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 563
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	601 - 602
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 563
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	601 - 602

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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