[日本語] English
万見
- PDB-7b29: Complement inhibitor CirpA4 from Rhipicephalus appendiculatus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b29
タイトルComplement inhibitor CirpA4 from Rhipicephalus appendiculatus
要素CirpA4
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / Inhibitor / Complement / Tick
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Rhipicephalus appendiculatus (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Lea, S.M. / Johnson, S. / Braunger, K.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Wellcome Trust100298 英国
Wellcome Trust209194 英国
Wellcome Trust219477 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)S021264 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 554-2019 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and function of a family of tick-derived complement inhibitors targeting properdin.
著者: Braunger, K. / Ahn, J. / Jore, M.M. / Johnson, S. / Tang, T.T.L. / Pedersen, D.V. / Andersen, G.R. / Lea, S.M.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CirpA4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7015
ポリマ－19,3281
非ポリマー3734
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8560 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.120, 54.330, 79.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 CirpA4


分子量: 19328.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhipicephalus appendiculatus (ダニ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.005 M cadmium chloride hemi(pentahydrate), 0.1 M sodium acetate, pH 5.5, 20% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→44.9 Å / Num. obs: 14869 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.83→1.97 Å / Num. unique obs: 764 / CC1/2: 0.777

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.18rc4_3812精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CirpA1

解像度: 1.83→44.9 Å / SU ML: 0.2766 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 28.0135
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 709 4.79 %
Rwork0.1915 14089 -
obs0.1936 14798 92.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→44.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1305 0 4 161 1470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00381334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70611798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0529186
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1479176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.970.43731270.34542384X-RAY DIFFRACTION80.64
1.97-2.170.23571570.21982915X-RAY DIFFRACTION97.87
2.17-2.480.23491410.18992741X-RAY DIFFRACTION91.09
2.48-3.130.26141380.18923005X-RAY DIFFRACTION98.43
3.13-44.90.19531460.1663044X-RAY DIFFRACTION95.45
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.8746962169 Å / Origin y: 6.64668295634 Å / Origin z: 8.88265693433 Å
111213212223313233
T0.131664186838 Å20.0275533941574 Å20.0153826996654 Å2-0.109432380405 Å20.0294708177245 Å2--0.144769471921 Å2
L3.17957777483 °20.705494788465 °20.388335944126 °2-1.79556514397 °20.127625806319 °2--2.78512223946 °2
S-0.012909605308 Å °-0.106616798091 Å °-0.0567728310175 Å °0.0214730555268 Å °0.0543009473131 Å °0.190095294125 Å °0.00528131172431 Å °-0.132709913441 Å °-0.031368018864 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 48 through 203)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る