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- PDB-2lbv: Siderocalin Q83 reveals a dual ligand binding mode -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lbv
タイトルSiderocalin Q83 reveals a dual ligand binding mode
要素Extracellular fatty acid-binding protein
キーワードLIPID TRANSPORT / Lipocalin / Siderocalin / Enterobactin / Arachidonic Acid
機能・相同性
機能・相同性情報


oleic acid binding / enterobactin binding / arachidonate binding / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARACHIDONIC ACID / Chem-EB4 / GALLIUM (III) ION / Extracellular fatty acid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Coturnix japonica (ウズラ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Coudevylle, N. / Hoetzinger, M. / Geist, L. / Kontaxis, G. / Bister, K. / Konrat, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Lipocalin Q83 reveals a dual ligand binding mode with potential implications for the functions of siderocalins
著者: Coudevylle, N. / Hoetzinger, M. / Geist, L. / Kontaxis, G. / Hartl, M. / Bister, K. / Konrat, R.
履歴
登録2011年4月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular fatty acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1484
ポリマ－18,1051
非ポリマー1,0443
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Extracellular fatty acid-binding protein / Ex-FABP / Lipocalin Q83


分子量: 18104.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coturnix japonica (ウズラ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I9P7
#2: 化合物 ChemComp-EB4 / N,N',N''-[(3S,7S,11S)-2,6,10-trioxo-1,5,9-trioxacyclododecane-3,7,11-triyl]tris(2,3-dihydroxybenzamide) / Enterobactin / エンテロバクチン


分子量: 669.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H27N3O15
#3: 化合物 ChemComp-GA / GALLIUM (III) ION


分子量: 69.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ga
#4: 化合物 ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸


分子量: 304.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Siderocalin Q83 in complex with enterobactin and arachidonic acid
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HN(CO)CA
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D HNHA
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY aliphatic
11113D 1H-13C NOESY aromatic
11212D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Q83-1, 1mM Enterobactin-2, 1mM Gallium(III)-3, 1mM ARACHIDONIC ACID-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMQ83-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMEnterobactin-21
1 mMGallium(III)-31
1 mMARACHIDONIC ACID-41
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipe精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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