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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b1l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phosphatidyl serine synthase (PSS) in the closed conformation with bound citrate. | ||||||
![]() | CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase![]() | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yildiz, O. / Centola, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of phosphatidyl serine synthase PSS reveal the catalytic mechanism of CDP-DAG alcohol O-phosphatidyl transferases 著者: Centola, M. / Betz, H. / Yildiz, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 220.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 24947.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: pssA, MJ1212 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q58609, ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 127分子 ![](data/chem/img/58A.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SER.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SER.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() #5: 化合物 | ChemComp-SER / ![]() #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #9: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化![]() | 温度: 300 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: Qiagens MBclass Suit and MBclass Suit II Molecular Dimension MemGold |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 39735 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 23.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 936 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 3636 / CC1/2: 0.79 / CC star: 0.94 / Rpim(I) all: 0.66 / Rrim(I) all: 1.57 / % possible all: 95.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.3468722893 Å / Origin y: 86.5836083212 Å / Origin z: 18.9070062352 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |