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- PDB-7b0e: Crystal structure of SmbA loop deletion mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b0e
タイトルCrystal structure of SmbA loop deletion mutant
要素SmbA
キーワードSIGNALING PROTEIN / c-di-GMP receptor / ppGpp receptor / second messenger (セカンドメッセンジャー) / TIM barrel (TIMバレル)
機能・相同性NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / nucleotide binding / metal ion binding / Chem-C2E / NADP-dependent oxidoreductase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides CB15 (カウロバクター・クレセンタス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Dubey, B.N. / Schirmer, T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_166652 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High-resolution crystal structure of loop deletion mutant SmbA bound to a monomeric c-di-GMP
著者: Dubey, B.N. / Shyp, V. / Jenal, U. / Schirmer, T.
履歴
登録2020年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年9月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] ..._atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _software.classification / _software.name / _software.version
解説: Occupancy of atoms on special symmetry positions / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SmbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,64019
ポリマ－32,0391
非ポリマー1,60118
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area13950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.040, 56.040, 205.068
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SmbA /


分子量: 32039.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides CB15 (カウロバクター・クレセンタス)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_2504 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A5E6

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非ポリマー , 5種, 317分子

#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP / Cyclic di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M Tris pH 8.0, 20% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→21.53 Å / Num. obs: 65594 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 22.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 22.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 6381 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 99.87

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829-000精密化
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GS8

6gs8


解像度: 1.4→21.523 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 14.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1773 3326 5.07 %
Rwork0.148 62268 -
obs0.1494 65594 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.7 Å2 / Biso mean: 20.7039 Å2 / Biso min: 7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→21.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2081 0 129 299 2509
Biso mean--29.06 33.31 -
残基数----270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062209
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8982987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.697828
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.4-1.41990.24411360.20562516
1.4199-1.44110.23581580.18062550
1.4411-1.46360.21821300.16532532
1.4636-1.48760.211340.16042539
1.4876-1.51320.2021390.15172572
1.5132-1.54070.18831400.14932528
1.5407-1.57030.18961370.13992561
1.5703-1.60240.17281300.13222576
1.6024-1.63720.17361380.12632535
1.6372-1.67530.1661470.12052538
1.6753-1.71720.17381420.11942586
1.7172-1.76360.17221250.12012584
1.7636-1.81540.16791430.11622556
1.8154-1.8740.13141350.12082580
1.874-1.94090.16351260.11782591
1.9409-2.01860.14221230.12012611
2.0186-2.11040.16351270.12532582
2.1104-2.22150.1691490.12972604
2.2215-2.36060.15351370.13092615
2.3606-2.54260.15231500.14412608
2.5426-2.79790.17231470.15422643
2.7979-3.20170.18111390.16242664
3.2017-4.02940.16471330.16072728
4.0294-21.520.22521610.18322869

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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