PDB-6gs8: Crystal structure of SmbA in complex with c-di-GMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gs8

タイトル

Crystal structure of SmbA in complex with c-di-GMP

要素

Uncharacterized protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / c-di-GMP receptor / ppGpp / second messenger / TIM barrel

機能・相同性

NADP-dependent oxidoreductase domain / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / nucleotide binding / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / metal ion binding / Alpha Beta / Chem-C2E / NADP-dependent oxidoreductase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Caulobacter vibrioides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Dubey, B.N. / Schirmer, T.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: Reciprocal growth control by competitive binding of nucleotide second messengers to a metabolic switch in Caulobacter crescentus
著者: Shyp, V. / Dubey, B.N. / Bohm, R. / Hartl, J. / Nesper, J. / Vorholt, J.A. / Hiller, S. / Schirmer, T. / Jenal, U.

履歴

登録	2018年6月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月22日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.dev_ideal_target / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.d_resolution_high / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_chi_squared / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_number_measured_all / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns.pdbx_scaling_rejects / _reflns.percent_possible_obs / _software.version / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code 解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.1	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.2	2022年7月20日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _citation.journal_volume / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gs8.cif.gz	719.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gs8.ent.gz	600.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gs8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/6gs8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/6gs8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gtmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dew-1 6twm-12 6twm-3 3zm9-2 3zm9-1 4cg8-d 4ojj-3 6twm-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

213 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
35.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	127.910, 87.420, 130.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.480, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	A	A	1 - 307	1 - 308
2	1	HIS	HIS	B	B	1 - 307	1 - 308
1	2	ARG	ARG	A	A	1 - 289	1 - 290
2	2	ARG	ARG	C	C	1 - 289	1 - 290
1	3	ARG	ARG	A	A	1 - 289	1 - 290
2	3	ARG	ARG	D	D	1 - 289	1 - 290
1	4	ARG	ARG	A	A	1 - 289	1 - 290
2	4	ARG	ARG	E	E	1 - 289	1 - 290
1	5	ARG	ARG	A	A	1 - 289	1 - 290
2	5	ARG	ARG	F	F	1 - 289	1 - 290
1	6	ARG	ARG	B	B	1 - 289	1 - 290
2	6	ARG	ARG	C	C	1 - 289	1 - 290
1	7	ARG	ARG	B	B	1 - 289	1 - 290
2	7	ARG	ARG	D	D	1 - 289	1 - 290
1	8	ARG	ARG	B	B	1 - 289	1 - 290
2	8	ARG	ARG	E	E	1 - 289	1 - 290
1	9	ARG	ARG	B	B	1 - 289	1 - 290
2	9	ARG	ARG	F	F	1 - 289	1 - 290
1	10	GLU	GLU	C	C	1 - 290	1 - 291
2	10	GLU	GLU	D	D	1 - 290	1 - 291
1	11	GLU	GLU	C	C	1 - 290	1 - 291
2	11	GLU	GLU	E	E	1 - 290	1 - 291
1	12	GLU	GLU	C	C	1 - 290	1 - 291
2	12	GLU	GLU	F	F	1 - 290	1 - 291
1	13	GLU	GLU	D	D	1 - 290	1 - 291
2	13	GLU	GLU	E	E	1 - 290	1 - 291
1	14	GLU	GLU	D	D	1 - 290	1 - 291
2	14	GLU	GLU	F	F	1 - 290	1 - 291
1	15	GLU	GLU	E	E	1 - 290	1 - 291
2	15	GLU	GLU	F	F	1 - 290	1 - 291

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 34084.941 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain ATCC 19089 / CB15) (バクテリア) 遺伝子: CC_2504 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A5E6
#2: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.44 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.15 M potassium thiocyanate, 0.1M Tris pH 8.5, 13% w/v PEG 5000 MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.97319 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97319 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→29.57 Å / Num. obs: 58051 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.7-2.77	2.835	0.972	1.17	26221	10080	9250	0.618	1.181	91.8
2.77-2.84	3.19	0.801	1.64	31147	9824	9763	0.698	0.958	99.4
2.84-2.92	3.575	0.641	2.31	33879	9518	9476	0.792	0.754	99.6
2.92-3.01	3.577	0.474	3.11	33013	9273	9230	0.875	0.558	99.5
3.01-3.11	3.523	0.369	4.05	31323	8948	8890	0.903	0.436	99.4
3.11-3.22	3.387	0.267	5.42	29197	8666	8620	0.947	0.317	99.5
3.22-3.34	3.511	0.176	8.35	29313	8388	8350	0.977	0.208	99.5
3.34-3.48	3.258	0.134	9.89	15845	8030	4863	0.986	0.16	60.6
3.48-3.63	3.606	0.104	13.44	27802	7737	7710	0.99	0.122	99.7
3.63-3.81	3.355	0.071	16.77	16723	7398	4984	0.994	0.085	67.4
3.81-4.02	3.339	0.059	19.12	16827	7012	5040	0.996	0.071	71.9
4.02-4.26	3.467	0.047	23.06	22814	6622	6581	0.998	0.055	99.4
4.26-4.56	3.593	0.038	27.61	22427	6281	6242	0.998	0.045	99.4
4.56-4.92	3.54	0.032	30.37	20370	5783	5755	0.999	0.038	99.5
4.92-5.39	3.427	0.032	30.47	18288	5380	5336	0.998	0.038	99.2
5.39-6.03	3.508	0.031	30.69	16731	4803	4769	0.999	0.037	99.3
6.03-6.96	3.527	0.029	33.52	14854	4246	4211	0.999	0.034	99.2
6.96-8.52	3.334	0.023	41	11923	3630	3576	0.999	0.027	98.5
8.52-12.05	3.502	0.019	51.92	9668	2802	2761	0.999	0.023	98.5
12.05-30	3.334	0.021	54.42	4934	1517	1480	0.999	0.025	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 37.933 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2684	1747	3.1 %	RANDOM
R_work	0.2186	-	-	-
obs	0.2201	55146	91.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 193.3 Å² / B_iso mean: 77.143 Å² / B_iso min: 38.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	-0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→29.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13522	0	466	30	14018
B_iso mean	-	-	56.4	58.44	-
残基数	-	-	-	-	1738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	14314
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.969	1.65	19538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.365	1.577	29918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.988	5	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.44	20.647	834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.49	15	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.26	15	154
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	16146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3196

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9119	0.08
1	2	B	9119	0.08
2	1	A	8580	0.08
2	2	C	8580	0.08
3	1	A	8640	0.06
3	2	D	8640	0.06
4	1	A	8658	0.06
4	2	E	8658	0.06
5	1	A	8595	0.07
5	2	F	8595	0.07
6	1	B	8580	0.07
6	2	C	8580	0.07
7	1	B	8664	0.06
7	2	D	8664	0.06
8	1	B	8699	0.06
8	2	E	8699	0.06
9	1	B	8600	0.06
9	2	F	8600	0.06
10	1	C	8587	0.08
10	2	D	8587	0.08
11	1	C	8617	0.08
11	2	E	8617	0.08
12	1	C	8532	0.08
12	2	F	8532	0.08
13	1	D	8653	0.07
13	2	E	8653	0.07
14	1	D	8577	0.07
14	2	F	8577	0.07
15	1	E	8596	0.07
15	2	F	8596	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.446	119	-
R_work	0.371	4051	-
all	-	4170	-
obs	-	-	92.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0875	0.1347	0.3373	1.7203	0.2487	1.4772	-0.1317	-0.4428	0.3219	-0.0053	0.0531	0.0359	0.0463	-0.0725	0.0787	0.1678	0.0426	0.007	0.073	-0.0514	0.0523	92.3814	29.9652	64.7689
2	4.2523	-0.3347	0.6577	1.7782	-0.2796	1.8141	0.0101	0.0547	0.0266	-0.0014	-0.0605	0.0355	-0.0312	-0.1066	0.0504	0.2256	-0.0819	0.0255	0.1025	-0.0214	0.0064	112.942	27.3225	27.0599
3	3.0079	-0.2665	0.2789	1.817	-0.8245	3.1726	-0.0342	0.2417	0.3485	0.0184	0.029	0.0767	-0.2273	-0.5257	0.0051	0.1131	0.0461	0.0285	0.1293	0.0222	0.0649	92.3692	30.9273	-8.9913
4	2.7761	-0.0734	0.6473	2.3459	1.002	4.8854	0.0267	-0.0269	0.1853	-0.0988	0.0751	-0.2	-0.0449	0.6453	-0.1019	0.0717	0.0013	0.0324	0.2244	-0.0573	0.0507	49.5043	35.309	-12.108
5	2.9104	-0.0479	-0.9275	2.3129	-0.0653	3.8328	0.2095	-0.4866	-0.1386	0.0626	0.0706	0.022	-0.0216	-0.0425	-0.2802	0.0905	-0.0155	-0.0002	0.1043	0.0457	0.0389	29.0126	31.5173	26.3408
6	1.9856	0.4028	-1.9374	1.4431	-0.758	5.4232	-0.0633	0.4074	-0.0441	-0.0306	0	0.0977	-0.4075	0.1138	0.0633	0.0943	-0.0879	0.0303	0.361	0.13	0.1756	48.1985	31.5229	67.5646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 504
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 504
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 504
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 504
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 504
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 504

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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