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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7azy | ||||||
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タイトル | Context-specific inhibition of eukaryotic translation by macrolide antibiotics | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / context-specific inhibition / macrolide antibiotic / telithromycin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / translational elongation ...cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / translational termination / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / translational initiation / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.877 Å | ||||||
データ登録者 | Koller, T.O. / Wilson, D.N. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Context-specific action of macrolide antibiotics on the eukaryotic ribosome. 著者: Maxim S Svetlov / Timm O Koller / Sezen Meydan / Vaishnavi Shankar / Dorota Klepacki / Norbert Polacek / Nicholas R Guydosh / Nora Vázquez-Laslop / Daniel N Wilson / Alexander S Mankin / 要旨: Macrolide antibiotics bind in the nascent peptide exit tunnel of the bacterial ribosome and prevent polymerization of specific amino acid sequences, selectively inhibiting translation of a subset of ...Macrolide antibiotics bind in the nascent peptide exit tunnel of the bacterial ribosome and prevent polymerization of specific amino acid sequences, selectively inhibiting translation of a subset of proteins. Because preventing translation of individual proteins could be beneficial for the treatment of human diseases, we asked whether macrolides, if bound to the eukaryotic ribosome, would retain their context- and protein-specific action. By introducing a single mutation in rRNA, we rendered yeast Saccharomyces cerevisiae cells sensitive to macrolides. Cryo-EM structural analysis showed that the macrolide telithromycin binds in the tunnel of the engineered eukaryotic ribosome. Genome-wide analysis of cellular translation and biochemical studies demonstrated that the drug inhibits eukaryotic translation by preferentially stalling ribosomes at distinct sequence motifs. Context-specific action markedly depends on the macrolide structure. Eliminating macrolide-arrest motifs from a protein renders its translation macrolide-tolerant. Our data illuminate the prospects of adapting macrolides for protein-selective translation inhibition in eukaryotic cells. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7azy.cif.gz | 4.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7azy.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7azy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7azy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7azy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+60S ribosomal protein ... , 38種, 38分子 bcdefghIjkqMNOQRSUVWxylmnoprst...
-タンパク質 , 1種, 1分子 P
#15: タンパク質 | 分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CH08 |
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-RNA鎖 , 3種, 3分子 EFG
#39: RNA鎖 | 分子量: 1097477.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
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#40: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1329886537 |
#41: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1331532632 |
-非ポリマー , 2種, 4分子
#43: 化合物 | ChemComp-TEL / |
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#44: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 60S ribosomal subunit with 25S rRNA mutation G2400A and telithromycin bound in the nascent peptide exit tunnel タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#42 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: 5 Optical density at 260 nm. Approximatly 100 pmol of ribosome complex per grid. | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4371 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 329333 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.877 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153893 / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6Q8Y Accession code: 6Q8Y / Source name: PDB / タイプ: experimental model |