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- PDB-7azr: Crystal structure of the iron/manganese cambialistic superoxide d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7azr
タイトルCrystal structure of the iron/manganese cambialistic superoxide dismutase from Rhodobacter capsulatus complex with Mn
要素Superoxide dismutase [Fe]
キーワードOXIDOREDUCTASE / superoxide oxidoreductase / SODs / metal ion binding protein.
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase [Fe]
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ponce-Salvatierra, A. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural and functional characterization of the cambialistic superoxide dismutase from Rhodobacter capsulatus.
著者: Ponce-Salvatierra, A. / Di Capua, C. / Gonzalez, J. / Cortez, N. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2020年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Fe]
E: Superoxide dismutase [Fe]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2236
ポリマ－44,0332
非ポリマー1904
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.650, 162.650, 44.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Fe]


分子量: 22016.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
遺伝子: sodB, sod / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O30970, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 58% MPD, 200 mM CaCl2, and 100 mM HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97909 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97909 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.15 Å / Num. obs: 35121 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 34.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 26.24
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.54 / Num. unique obs: 3405 / CC1/2: 0.881

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1dt0

1dt0


解像度: 2.1→45.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 7.263 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19255 1764 5 %RANDOM
Rwork0.17303 ---
obs0.17404 33410 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.742 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3106 0 4 148 3258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2821.8534356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1632.9316578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0285400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.02425.065154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.89215510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.794156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2691.7571599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2681.7571598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8692.6281999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8692.6282000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9061.9191613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9061.9191613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0472.7982356
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.45820.6923728
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.39220.5113705
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 126 -
Rwork0.259 2359 -
obs--98.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6521-0.8655-0.18126.18622.06832.04370.0040.04910.1157-0.60030.1724-0.0155-0.34010.1041-0.17650.0903-0.01470.01310.08220.05310.0798-50.8934.476-11.215
21.0852-1.0986-0.84786.10642.76762.1694-0.2715-0.0890.01030.87530.5203-0.44410.54740.4409-0.24880.17980.1378-0.06210.1559-0.04660.0541-42.446-22.879-6.34
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E2 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2A2 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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