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Yorodumi- PDB-7azq: Crystal structure of the iron/manganese cambialistic superoxide d... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7azq | ||||||
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Title | Crystal structure of the iron/manganese cambialistic superoxide dismutase from Rhodobacter capsulatus complex with Fe | ||||||
Components | Superoxide dismutase [Fe] | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / superoxide oxidoreductase / SODs / metal ion binding protein. | ||||||
Function / homology | Function and homology information superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhodobacter capsulatus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Ponce-Salvatierra, A. / Hermoso, J.A. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Structural and functional characterization of the cambialistic superoxide dismutase from Rhodobacter capsulatus. Authors: Ponce-Salvatierra, A. / Di Capua, C. / Gonzalez, J. / Cortez, N. / Hermoso, J.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7azq.cif.gz | 172 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7azq.ent.gz | 137 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7azq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7azq_validation.pdf.gz | 416.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7azq_full_validation.pdf.gz | 416.5 KB | Display | |
Data in XML | 7azq_validation.xml.gz | 17.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7azq_validation.cif.gz | 24.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7azq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7azq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7azrC 1dt0S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22016.709 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter capsulatus (bacteria) / Gene: sodB, sod / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O30970, superoxide dismutase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 58% MPD, 200 mM CaCl2, and 100 mM HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97909 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 7, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97909 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→57.62 Å / Num. obs: 40497 / % possible obs: 99.85 % / Redundancy: 122 % / CC1/2: 0.942 / Net I/σ(I): 17.11 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.072 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.37 / Num. unique obs: 3978 / CC1/2: 0.833 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1dt0 Resolution: 2→57.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 5.673 / SU ML: 0.084 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.113 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.514 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→57.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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