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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7azo | ||||||
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タイトル | 70S thermus thermophilus ribosome with bound antibiotic lead SEQ-977 | ||||||
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![]() | RIBOSOME / translation / RNA / antibiotics | ||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jenner, L.B. / Yusupov, M. / Yusupova, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of natural-product-derived sequanamycins as potent oral anti-tuberculosis agents. 著者: Jidong Zhang / Christine Lair / Christine Roubert / Kwame Amaning / María Belén Barrio / Yannick Benedetti / Zhicheng Cui / Zhongliang Xing / Xiaojun Li / Scott G Franzblau / Nicolas Baurin ...著者: Jidong Zhang / Christine Lair / Christine Roubert / Kwame Amaning / María Belén Barrio / Yannick Benedetti / Zhicheng Cui / Zhongliang Xing / Xiaojun Li / Scott G Franzblau / Nicolas Baurin / Florence Bordon-Pallier / Cathy Cantalloube / Stephanie Sans / Sandra Silve / Isabelle Blanc / Laurent Fraisse / Alexey Rak / Lasse B Jenner / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Junjie Zhang / Takushi Kaneko / T J Yang / Nader Fotouhi / Eric Nuermberger / Sandeep Tyagi / Fabrice Betoudji / Anna Upton / James C Sacchettini / Sophie Lagrange / ![]() ![]() 要旨: The emergence of drug-resistant tuberculosis has created an urgent need for new anti-tubercular agents. Here, we report the discovery of a series of macrolides called sequanamycins with outstanding ...The emergence of drug-resistant tuberculosis has created an urgent need for new anti-tubercular agents. Here, we report the discovery of a series of macrolides called sequanamycins with outstanding in vitro and in vivo activity against Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Sequanamycins are bacterial ribosome inhibitors that interact with the ribosome in a similar manner to classic macrolides like erythromycin and clarithromycin, but with binding characteristics that allow them to overcome the inherent macrolide resistance of Mtb. Structures of the ribosome with bound inhibitors were used to optimize sequanamycin to produce the advanced lead compound SEQ-9. SEQ-9 was efficacious in mouse models of acute and chronic TB as a single agent, and it demonstrated bactericidal activity in a murine TB infection model in combination with other TB drugs. These results support further investigation of this series as TB clinical candidates, with the potential for use in new regimens against drug-susceptible and drug-resistant TB. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 7.8 MB | 表示 | ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 672 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 1000.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 9種, 15分子 16SA16SBASIAPSIAPSIBESIAESIBMRNAMRNBTRNA23SA23SB5SA5SBASIB
#1: RNA鎖 | 分子量: 491070.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #22: RNA鎖 | | 分子量: 24644.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #23: RNA鎖 | 分子量: 24747.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #24: RNA鎖 | 分子量: 24599.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #25: RNA鎖 | 分子量: 9442.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #26: RNA鎖 | | 分子量: 24633.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #27: RNA鎖 | 分子量: 946779.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #28: RNA鎖 | 分子量: 40152.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #57: RNA鎖 | | 分子量: 24613.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 S2AS2BS3AS3BS4AS4BS5AS5BS6AS6BS7AS7BS8AS8BS9AS9BS10AS10BS11AS11BS12AS12BS13AS13BS14AS14BS15AS15BS16AS16B...
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371 #3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372 #4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373 #5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 #6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8 #7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291 #8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY9 #9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374 #10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7 #11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376 #12: タンパク質 | 分子量: 14683.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3 #13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377 #14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY6 #15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76 #16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3 #17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY7 #18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 #19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2 #20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380 #21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
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+50S ribosomal protein ... , 28種, 56分子 L2AL2BL3AL3BL4AL4BL5AL5BL6AL6BL9AL9BL13AL13BL14AL14BL15AL15BL16AL16BL17AL17BL18AL18BL19AL19BL20AL20BL21AL21B...
-非ポリマー , 5種, 3460分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/OHX.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/SJE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OHX.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/SJE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#58: 化合物 | ChemComp-MG / #59: 化合物 | ChemComp-OHX / #60: 化合物 | ChemComp-K / #61: 化合物 | #62: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG2000MMES, KSCN |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→300 Å / Num. obs: 860556 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 30 % / Biso Wilson estimate: 93.11 Å2 / Rrim(I) all: 0.42 / Net I/σ(I): 9.72 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.4 Å / Num. unique obs: 73202 / Rrim(I) all: 3.13 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4V6F 解像度: 3.3→253.87 Å / SU ML: 0.4118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.9236 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 94.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→253.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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