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- PDB-7ayj: Metallo beta-lactamse Vim-1 with a sulfamoyl inhibitor. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ayj
タイトルMetallo beta-lactamse Vim-1 with a sulfamoyl inhibitor.
要素Beta-lactamase VIM-1
キーワードHYDROLASE / VIM1 / metallo beta lactamse / inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S9N / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Farley, A.J.M. / Ermolovich, I. / Calvopina, K. / Rabe, P. / Brem, J. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust099141/Z/12/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S50676X/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N002679/1 英国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of Metallo-beta-lactamase Inhibition by N -Sulfamoylpyrrole-2-carboxylates.
著者: Farley, A.J.M. / Ermolovich, Y. / Calvopina, K. / Rabe, P. / Panduwawala, T. / Brem, J. / Bjorkling, F. / Schofield, C.J.
履歴
登録2020年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase VIM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3464
ポリマ－26,9311
非ポリマー4153
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.533, 67.430, 40.267
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase VIM-1 / Class B carbapenemase VIM-1 / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-1 / Metallobeta- ...Class B carbapenemase VIM-1 / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-1 / Metallobeta-lactamase / Subclass B1 metallo-beta-lactamase VIM-1 / VIM-1 / VIM-1 metallo-beta-lactamase / VIM-1 protein


分子量: 26930.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM, blaVIM-1, CAZ10_38240, CAZ10_38245 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XAY4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-S9N / 3-(4-fluorophenyl)-1-sulfamoyl-pyrrole-2-carboxylic acid


分子量: 284.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H9FN2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 2.4 M ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→40.19 Å / Num. obs: 64128 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 12.678 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.21-1.235.60.6282.230740.7210.2980.69995.9
3.28-40.216.446.832950.0140.035100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N5G

5n5g


解像度: 1.21→40.19 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.24 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The Zn coordinating Cys is partially oxidized (25 %). The model contains Cys as well as it's oxidized analogue 3-sulfinoalanine (CSD) in a ratio Cys:CSD 0.75:0.25 summing the occupancy to 1.000.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1951 3065 4.79 %
Rwork0.1697 60971 -
obs0.1708 64036 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.38 Å2 / Biso mean: 21.2749 Å2 / Biso min: 8.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.21→40.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1708 0 30 282 2020
Biso mean--24.23 29.78 -
残基数----231
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.21-1.230.26511270.25822608273594
1.23-1.250.27431480.24632743289199
1.25-1.270.21821190.228727932912100
1.27-1.290.25651670.238227502917100
1.29-1.320.29761530.237927462899100
1.32-1.350.27341220.236927982920100
1.35-1.370.24261430.213827692912100
1.37-1.410.21831170.227892906100
1.41-1.440.20541400.193227902930100
1.44-1.480.20671610.18327372898100
1.48-1.520.19821480.179927532901100
1.52-1.570.21581420.180527882930100
1.57-1.630.19231260.1727702896100
1.63-1.690.2091170.168127932910100
1.69-1.770.19671700.160227582928100
1.77-1.870.17531470.167727592906100
1.87-1.980.1791460.167327892935100
1.98-2.140.18691360.156327862922100
2.14-2.350.19731650.175627572922100
2.35-2.690.20491330.160328042937100
2.69-3.390.20511350.161528092944100
3.39-40.190.14851030.151128822985100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.134-0.2607-0.42673.6281-0.23883.6246-0.09140.1266-0.3279-0.2922-0.0758-0.55380.49760.23020.13510.17060.01660.06260.1273-0.01320.259714.7999-10.477911.8638
22.95421.55690.18077.46010.80932.723-0.0126-0.0278-0.0706-0.1519-0.0005-0.10150.1742-0.05770.00910.0737-0.00640.00940.0818-0.00190.07117.4417-7.866215.2989
32.8608-0.6106-0.3841.4407-0.10381.5245-0.0749-0.2403-0.02310.07850.0723-0.11520.06830.09980.00210.0986-0.001-0.00550.1009-0.00870.09386.3623-4.458724.4074
45.8288-0.55681.216.4836-1.48854.72080.026-0.1328-0.08970.01730.04190.29930.2066-0.2351-0.0690.0918-0.00730.03540.1185-0.00620.0844-8.0769-4.502225.9642
55.4897-1.82521.14622.5672-0.00824.8760.0051-0.00850.3613-0.09670.0082-0.0065-0.272-0.27650.01180.14160.0282-0.00010.0963-0.01670.1567-5.11399.341117.5839
62.7929-0.7277-0.32191.6920.24042.5895-0.00350.29340.0018-0.2028-0.04390.0710.0483-0.31560.03710.1242-0.0237-0.00830.15240.00410.0852-2.06460.0527.2255
77.83560.66391.97521.9286-0.3764.3415-0.15210.6844-0.308-0.18760.0360.2220.3399-0.76630.06330.2036-0.0860.02810.3269-0.04380.1476-4.9477-3.3755-1.6645
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 52 )A31 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 76 )A53 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 137 )A77 - 137
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 138 through 155 )A138 - 155
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 156 through 174 )A156 - 174
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 175 through 245 )A175 - 245
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 246 through 262 )A246 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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