PDB-7ayg: oxalyl-CoA decarboxylase from Methylorubrum extorquens with bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ayg

タイトル

oxalyl-CoA decarboxylase from Methylorubrum extorquens with bound TPP and ADP

要素

Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

キーワード

LYASE / Decarboxylase / Carboxylase / Ligase / Formyl-CoA / Oxalyl-CoA / Mandelyl-CoA

機能・相同性

機能・相同性情報

oxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / oxalate catabolic process / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / nucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Pfister, P. / Burgener, S. / Nattermann, M. / Zarzycki, J. / Erb, T.J.

資金援助

ドイツ,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Engineering a Highly Efficient Carboligase for Synthetic One-Carbon Metabolism.
著者: Nattermann, M. / Burgener, S. / Pfister, P. / Chou, A. / Schulz, L. / Lee, S.H. / Paczia, N. / Zarzycki, J. / Gonzalez, R. / Erb, T.J.

履歴

登録	2020年11月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / pdbx_database_proc / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ayg.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ayg.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ayg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/7ayg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/7ayg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b2eC 2ji6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3iaf-d 7b2e-1 7b2e-2 5dx6-1 5d6r-1 2c31-1 1upa-d 3d7k-1 1ozg-1 1ozf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (9) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

B: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

C: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

D: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

E: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

F: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

G: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

H: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

ヘテロ分子

501 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

B: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

C: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

D: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
251 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

F: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

G: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

H: Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
251 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.176, 181.798, 202.366
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Putative oxalyl-CoA decarboxylase (Oxc, yfdU) 分子量: 61768.895 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア) 遺伝子: MexAM1_META1p0990 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5AX46, oxalyl-CoA decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE 分子量: 425.314 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3910 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.32 %
結晶化	温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 45 % w/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH), 100 mM Sodium acetate pH 4.6, 400 mM Potassium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo stream / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97242 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→39.3 Å / Num. obs: 455609 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.118 / R_sym value: 0.107 / Net I/av σ(I): 4.7 / Net I/σ(I): 8.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.9-2	5.4	0.825	0.9	355003	65577	0.386	0.915	0.825	2.2	98.3
2-2.12	5.8	0.523	1.4	367487	62870	0.235	0.574	0.523	3.4	99.5
2.12-2.27	5.8	0.312	2.3	342631	59087	0.142	0.344	0.312	5	99.4
2.27-2.45	5.6	0.204	3.4	307932	55160	0.095	0.226	0.204	6.5	99.5
2.45-2.69	5.7	0.141	4.7	286033	50271	0.065	0.155	0.141	8.6	98.5
2.69-3	5.9	0.111	5.6	272925	46151	0.05	0.123	0.111	10.7	99.7
3-3.47	5.6	0.081	6.7	229901	40765	0.037	0.09	0.081	14.4	99.6
3.47-4.25	5.6	0.062	7.9	191304	34033	0.029	0.069	0.062	18.6	98.1
4.25-6.01	5.8	0.055	8.3	155252	26998	0.025	0.06	0.055	20.5	99.8
6.01-39.107	5.6	0.048	9.2	82630	14697	0.022	0.053	0.048	20.5	96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS	BUILT20200417	データ削減
XSCALE	BUILT20200417	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ji6

2ji6

解像度: 1.9→39.3 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2078	1987	0.44 %
R_work	0.1765	452238	-
obs	0.1766	454225	98.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.09 Å² / B_iso mean: 27.8543 Å² / B_iso min: 17.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→39.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32464	0	432	3910	36806
B_iso mean	-	-	22.51	35.41	-
残基数	-	-	-	-	4368

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.3611	139	0.3468	31529	31668	97
1.95-2	0.3026	140	0.2788	32123	32263	99
2-2.06	0.2584	143	0.2371	32201	32344	99
2.06-2.13	0.2553	140	0.217	32280	32420	99
2.13-2.2	0.2556	143	0.2096	32233	32376	99
2.2-2.29	0.2311	142	0.2009	32275	32417	99
2.29-2.39	0.2177	142	0.1763	32421	32563	99
2.39-2.52	0.2049	138	0.1758	31717	31855	97
2.52-2.68	0.1935	142	0.1702	32496	32638	99
2.68-2.88	0.23	143	0.1764	32556	32699	99
2.88-3.17	0.2307	144	0.1726	32590	32734	99
3.17-3.63	0.1784	142	0.161	32117	32259	98
3.63-4.58	0.1618	146	0.1351	32862	33008	99
4.58-39.11	0.1693	143	0.1504	32838	32981	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.6047 Å / Origin y: 90.8763 Å / Origin z: 0.0076 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1958 Å²	-0.0042 Å²	-0.0026 Å²	-	0.2914 Å²	-0.0006 Å²	-	-	0.1945 Å²
L	0.0166 °²	-0.0095 °²	-0.01 °²	-	0.0643 °²	0.025 °²	-	-	0.0201 °²
S	-0.0042 Å °	0.023 Å °	-0.0014 Å °	-0.0026 Å °	0.0123 Å °	0.0006 Å °	-0.0034 Å °	0.0115 Å °	-0.0083 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	22 - 603
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	22 - 603
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	22 - 603
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	22 - 603
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	22 - 603
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	22 - 603
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	22 - 603
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	22 - 603
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 3910

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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