PDB-1upa: Carboxyethylarginine synthase from Streptomyces clavuligerus (SeM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1upa

タイトル

Carboxyethylarginine synthase from Streptomyces clavuligerus (SeMet structure)

要素

CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE

キーワード

SYNTHASE / CLAVULANIC ACID / ANTIBIOTIC / LACTAMASE

機能・相同性

機能・相同性情報

N2-(2-carboxyethyl)arginine synthase / N2-(2-carboxyethyl)arginine synthase activity / acetolactate synthase complex / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Caines, M.E.C. / Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure and Mechanistic Implications of N2-(2-Carboxyethyl)Arginine Synthase, the First Enzyme in the Clavulanic Acid Biosynthesis Pathway
著者: Caines, M.E.C. / Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2003年9月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1upa.cif.gz	434.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1upa.ent.gz	356.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1upa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1upa_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1upa_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	1upa_validation.xml.gz	96.8 KB	表示
CIF形式データ	1upa_validation.cif.gz	130.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/1upa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/1upa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1upbC 1upcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ihv-d 2iht-d 1upc-2 2ihu-d 1upb-d 3iaf-d 1upc-1 5d6r-1 7ayg-1 1ozf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (11) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE

B: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE

C: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE

D: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE

ヘテロ分子

248 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.690, 127.270, 196.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 601
2	1	1	4	B	1 - 601
3	1	1	4	C	1 - 601
4	1	1	4	D	1 - 601

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.86908, 0.47839, 0.12584), (0.47694, 0.74288, 0.46975), (0.13124, 0.46827, -0.87379)	10.37242, -8.26324, 20.24894
2	given	(-0.56268, -0.32856, 0.75857), (-0.3222, -0.75789, -0.56727), (0.7613, -0.5636, 0.32059)	47.27703, 174.47076, 47.58384
3	given	(0.43148, -0.15718, -0.88832), (-0.15324, -0.98316, 0.09953), (-0.88901, 0.09319, -0.4483)	59.59164, 165.79865, 66.82632

#1: タンパク質	CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE 分子量: 61480.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) プラスミド: PET24A(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LCV9
#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE 分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 947 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %

結晶化

pH: 7.5
詳細: 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES PH7.4. 10 MG/ML PROTEIN WITH 3-FOLD EXCESS OF TDP., pH 7.50

結晶化

*PLUS

温度: 17 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	1.6 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	0.1 M	HEPES	1	reservoir	pH7.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.9788, 0.8856

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月15日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9788	1
2	0.8856	1

反射

解像度: 2.35→32.44 Å / Num. obs: 119393 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 94.2

反射

*PLUS

最高解像度: 2.35 Å / 最低解像度: 32.44 Å / 冗長度: 5.8 % / Num. measured all: 690214 / R_merge(I) obs: 0.081

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5 % / Num. unique obs: 16804 / Num. measured obs: 119393 / R_merge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 3.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.35→35.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 5.003 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.198	5782	4.8 %	RANDOM
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.159	113549	96.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→35.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16592	0	148	947	17687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	17107
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	15733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.337	1.96	23376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.826	3	36379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.358	5	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	19357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	3797
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	18996
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	10066
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	936
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.204	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.266	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.17	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.509	1.5	11061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.977	2	17785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.642	3	6046
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.776	4.5	5591
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.241	379
R_work	0.183	8008

精密化

*PLUS

最低解像度: 32.44 Å

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.34

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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