PDB-7axv: Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A cocrysta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7axv

タイトル

Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A cocrystallized with 5-isoquinolinesulfonic acid and PKI (5-24)

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

キーワード

TRANSFERASE / phosphotransferase / signalling pathways / glycogen metabolism / serine/threonine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus ...negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / intracellular potassium ion homeostasis / mesoderm formation / plasma membrane raft / axoneme / regulation of proteasomal protein catabolic process / sperm flagellum / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / acrosomal vesicle / positive regulation of phagocytosis / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / neuromuscular junction / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Oebbeke, M. / Wienen-Schmidt, B. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment based drug design - Small chemical changes of fragments effecting big changes in binding
著者: Oebbeke, M. / Wienen-Schmidt, B. / Gerber, H.-D. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2020年11月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7axv.cif.gz	197.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7axv.ent.gz	128.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7axv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7axv_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7axv_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7axv_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	7axv_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/7axv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/7axv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f14C 6y05C 6y0bC 6y2oC 6y2uC 6y89C 6yotC 6youC 7axtC 7axwC 1q8wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yqj-d 6kjf-2 1js8-2 5do4-d 6yqi-d 1xha-d 1js8-1 6kjd-2 3qam-d 5n1e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

ヘテロ分子

43.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.679, 73.513, 109.675
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform 分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63248
#3: 化合物	ChemComp-S95 / isoquinoline-5-sulfonic acid / 5-イソキノリンスルホン酸分子量: 209.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 30mM MBT, 1mM DTT, 0.1mM EDTA, 75mM LiCl, 0.3mM Mega8, 0.07mM PKI, 10mM of 5-isoquinolinesulfonic acid (solved in DMSO, 100mM) and 20% (v/v) MeOH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→45.86 Å / Num. obs: 44782 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.83 Å² / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.85
反射シェル	解像度: 1.79→1.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique obs: 7059 / R_sym value: 0.524 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Q8W

1q8w

解像度: 1.79→45.86 Å / SU ML: 0.2261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.8042
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2314	2240	5 %
R_work	0.198	42541	-
obs	0.1997	44781	97.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→45.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2822	0	32	245	3099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	2949
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7871	4006
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	431
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.0809	1042

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.83	0.294	130	0.2686	2466	X-RAY DIFFRACTION	92.71
1.83-1.87	0.3571	140	0.2571	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.87-1.91	0.3115	140	0.2473	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.91-1.97	0.269	141	0.2352	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.97-2.02	0.2838	137	0.2202	2601	X-RAY DIFFRACTION	97.68
2.02-2.09	0.2907	142	0.2167	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.09-2.16	0.2462	141	0.2069	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.16-2.25	0.2001	140	0.1989	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.25-2.35	0.2374	141	0.1926	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.35-2.48	0.2172	141	0.1905	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.48-2.63	0.221	139	0.1944	2645	X-RAY DIFFRACTION	97.82
2.63-2.84	0.2607	142	0.2056	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.84-3.12	0.2214	141	0.1974	2672	X-RAY DIFFRACTION	98.32
3.12-3.57	0.2243	139	0.1967	2648	X-RAY DIFFRACTION	96.04
3.57-4.5	0.2105	140	0.1743	2658	X-RAY DIFFRACTION	95.63
4.5-45.86	0.2043	146	0.1877	2762	X-RAY DIFFRACTION	94.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.58288171728	-0.0038686978887	-0.136332986689	0.803779825413	-0.29656404074	2.67229417983	-0.040929976707	-0.06327229561	0.153020844764	0.0659761758588	-0.0144735112235	0.0362418501433	-0.373002876536	-0.101822417315	0.118396310449	0.280458592501	-0.0649078540723	-0.0622686386018	0.338127876535	0.00260879558874	0.293193353548	9.25945046298	-8.91203886301	-0.782128301362
2	1.5317881895	-0.0512551886572	0.847953577418	2.70778967203	-1.15030993864	0.972411611151	0.499479200682	0.389656949104	-0.0154969350717	-1.22336438397	0.304400726536	-0.730294192272	-0.0687857477867	0.711144310934	0.439497970632	0.496542269559	-0.0665755916925	0.246991512743	0.439194802492	-0.170458042329	0.613369180435	24.9966325824	-24.0723038555	-30.2753008422
3	1.82270379144	-0.835037898253	0.0279321409711	3.2404455291	0.295647885116	1.77444889102	0.092098507722	0.256213677877	0.10313950326	-1.20020044624	0.0432768337414	-0.0862608191181	-0.260631562898	0.240109061036	-0.13590164134	0.54399644403	-0.119558280895	0.0603138718138	0.342741970941	0.0200612359862	0.378546847434	16.1270465429	-12.4877376635	-31.502890986
4	0.481370587885	-0.521936641984	-0.00757093945378	1.49805302016	1.01333027332	0.972752334492	-0.0055023743728	0.105923756445	-0.10300261759	-0.402222155913	0.08442387694	-0.334337145071	-0.0841322697508	0.251150981802	0.000906732592976	0.210401254563	0.00270911912082	0.0466659441077	0.22617375012	0.00275469145918	0.177176619365	10.8691121324	-22.2114375025	-18.8763107318
5	1.4091784625	0.256409261924	0.63840788684	1.45995568973	-0.119501373783	2.51361041413	0.046178715019	0.144849599816	0.075477693943	-0.0432072324662	-0.122516026392	-0.303767793354	0.0701644138349	0.462432060887	0.0728309303041	0.155275954132	0.0132777458491	0.0180098470012	0.212750226322	0.0147219649088	0.186711960999	8.12899321729	-20.3417721915	-19.1522741233
6	1.56371740102	-1.05642787034	0.888850797096	2.70840075864	-1.72945813784	2.71746820153	-0.00713525326406	0.170819724849	0.191163456513	0.083694013166	-0.119750861699	-0.290686132872	-0.332115100678	0.418683257571	0.0931475660217	0.201908882374	-0.00307238308214	-0.00521588486627	0.200644675	0.0341586306802	0.177477396976	6.04023443482	-9.22376371658	-23.1497065532
7	1.26611890328	0.168940949149	-0.328424996443	1.45511104668	-0.0539864808374	2.22253579985	-0.0118969342771	0.0240801863948	0.112456342827	-0.00261645718713	-0.0176043446477	0.247058218602	-0.102407402656	-0.137392469316	0.0277554974856	0.129098852101	0.0155857600279	-0.000870254449668	0.160162058076	-0.0153278123275	0.207627403815	-8.0678504386	-17.2897009186	-17.2397932696
8	2.62908734262	-0.292709327857	-0.767596698309	2.09097634812	-0.597111441242	1.78975295158	0.145974370801	-0.327470526013	-0.275776381553	0.0596516321612	0.00451647193277	-0.139504240388	0.0747683392538	0.270007797881	-0.138825510383	0.23484218033	0.0175999319976	-0.0193246879053	0.219473091649	0.0517556416792	0.198793226134	9.47336700602	-26.4064123525	-4.76168348039
9	2.62925231668	1.67526433404	-2.70350266459	4.10199195566	0.65493484616	4.75661273619	-0.708246394676	0.0859623569939	-0.183684696701	-0.397790009224	-0.153088325158	0.327642658637	0.690729565263	0.00563919236864	0.733998112149	0.512028896135	0.0353230081187	0.00202650427409	0.384776692547	-0.0116379049673	0.6124789253	16.3472261502	-35.6651801002	-26.198563583
10	1.85942118841	-0.00706510306265	-0.496209037262	1.10828130122	-0.131622650063	2.82796386051	0.00680447421645	-0.00387155620323	0.0243904142006	-0.0918080097389	0.150446452694	0.0606955082619	0.0879069476152	0.0430248283159	-0.193573471239	0.259063130974	0.00487686794896	-0.0156441951749	0.246941916794	-0.0677686738467	0.315922668922	-11.9866383239	-32.9886820421	-27.6748531084
11	3.27806683218	-0.0169489246816	0.272153252977	4.3551011361	0.632110952379	2.3277054473	0.0693693462601	0.434035169232	0.418447881826	-0.647691474092	0.0544386034212	-0.234859864567	-0.293062857528	0.0354463629803	-0.0858223216522	0.280062311912	0.0302254625039	0.0488015170782	0.2151929923	-0.0103599127389	0.219999954949	0.544746783672	-23.1239729053	-32.4785748016
12	1.77499905759	-0.402688661935	0.34866343483	0.556909156319	0.756527117202	1.5711696476	0.545049484234	0.15123025036	0.522097580534	-0.0848886504027	-0.00238857790865	0.223011021071	0.51701670998	-0.495685670507	-0.552583016058	0.916901517782	-0.0174689171786	0.113181147162	0.902187166142	0.0310591783826	0.521145082176	22.8338761494	-21.896324462	-44.8447655529
13	0.717710357702	-0.233480803626	1.0722028781	0.54826682424	-0.454357532619	1.61991864127	0.482673743585	0.456246053471	0.846089081431	-0.496766863495	0.286007349867	0.0986013279265	-0.591146680552	0.679752848385	-0.660957975045	0.825103447626	-0.0523412863051	0.370191774291	0.591108048701	0.0411943311415	0.755200425864	21.905647175	-6.60050488877	-39.296099113

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 161 through 179 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 180 through 198 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 199 through 297 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 298 through 316 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 317 through 330 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 5 through 13 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 14 through 24 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 331 through 339 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 340 through 350 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)