PDB-7awl: Structure of the thermostabilized EAAT1 cryst-II mutant in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7awl

タイトル

Structure of the thermostabilized EAAT1 cryst-II mutant in complex with barium and the allosteric inhibitor UCPH101

要素

Excitatory amino acid transporter 1, Neutral amino acid transporter, Excitatory amino acid transporter, Transporter protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / excitatory amino acid transporter 1 / human glutamate transporter / SLC1A3 / ion-coupling mechanism

機能・相同性

Proton glutamate symport protein / Sodium:dicarboxylate symporter / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Chem-6Z6 / :

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Canul-Tec, J.C. / Legrand, P. / Reyes, N.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: The ion-coupling mechanism of human excitatory amino acid transporters.
著者: Juan C Canul-Tec / Anand Kumar / Jonathan Dhenin / Reda Assal / Pierre Legrand / Martial Rey / Julia Chamot-Rooke / Nicolas Reyes /

要旨: Excitatory amino acid transporters (EAATs) maintain glutamate gradients in the brain essential for neurotransmission and to prevent neuronal death. They use ionic gradients as energy source and co- ...

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年1月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2022年1月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7awl.cif.gz	169.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7awl.ent.gz	133.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7awl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7awl_validation.pdf.gz	714 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7awl_full_validation.pdf.gz	717.2 KB	表示
XML形式データ	7awl_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	7awl_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7awl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7awl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	12524C 7awmC 7awnC 7awpC 7awqC 7npwC 5lm4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7awp-1 7awn-1 2po1-1 3lub-1 3lub-2 5llu-1 5mju-1 5nxr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Excitatory amino acid transporter 1, Neutral amino acid transporter, Excitatory amino acid transporter, Transporter protein

ヘテロ分子

57.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Excitatory amino acid transporter 1, Neutral amino acid transporter, Excitatory amino acid transporter, Transporter protein

ヘテロ分子

A: Excitatory amino acid transporter 1, Neutral amino acid transporter, Excitatory amino acid transporter, Transporter protein

ヘテロ分子

A: Excitatory amino acid transporter 1, Neutral amino acid transporter, Excitatory amino acid transporter, Transporter protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
171 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.940, 124.940, 92.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Excitatory amino acid transporter 1, Neutral amino acid transporter, Excitatory amino acid transporter, Transporter protein 分子量: 56460.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Barium and inhibitor UCPH101 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A3, EAAT1, GLAST / プラスミド: pcDNA3.1 / Cell (発現宿主): embrionic / 細胞株 (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embrionic kidney
#2: 化合物	ChemComp-6Z6 / 2-Amino-5,6,7,8-tetrahydro-4-(4-methoxyphenyl)-7-(naphthalen-1-yl)-5-oxo-4H-chromene-3-carbonitrile 分子量: 422.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₂N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 32% PEG400, 100 mM Tris pH 8.2, 50 mM Calcium chloride, 50 mM Barium chloride PH範囲: 8-8.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月23日

放射

モノクロメーター: channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.7→22 Å / Num. obs: 8827 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.546 % / B_iso Wilson estimate: 120.5 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_rim(I) all: 0.129 / Χ²: 0.823 / Net I/σ(I): 11.76 / Num. measured all: 181357 / Scaling rejects: 172

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3.7-3.8	20.301	6.785	0.55	13338	658	657	0.401	6.958	99.8
3.8-3.9	20.158	4.227	0.93	12740	633	632	0.648	4.337	99.8
3.9-4.01	21.047	2.223	1.92	12565	598	597	0.873	2.278	99.8
4.01-4.14	20.889	1.719	2.36	12638	605	605	0.921	1.761	100
4.14-4.27	20.455	1.268	3	11864	580	580	0.925	1.3	100
4.27-4.42	21.3	0.913	4.37	12013	565	564	0.957	0.935	99.8
4.42-4.59	21.081	0.581	6.2	11426	542	542	0.986	0.595	100
4.59-4.78	20.114	0.442	7.1	10057	500	500	0.988	0.454	100
4.78-4.99	20.844	0.329	9.01	10839	520	520	0.996	0.337	100
4.99-5.23	20.364	0.298	8.97	9612	474	472	0.997	0.305	99.6
5.23-5.52	20.976	0.273	9.91	9565	456	456	0.998	0.28	100
5.52-5.85	21.114	0.269	11.63	9037	428	428	0.997	0.276	100
5.85-6.26	19.949	0.239	12.41	8219	412	412	0.995	0.245	100
6.26-6.76	21.018	0.17	18.34	8113	386	386	0.998	0.174	100
6.76-7.4	20.26	0.114	25.5	7010	346	346	0.997	0.117	100
7.4-8.28	20.917	0.078	37.79	6568	314	314	0.998	0.08	100
8.28-9.56	19.818	0.067	44.62	5648	285	285	0.999	0.069	100
9.56-11.7	19.527	0.063	46.98	4628	237	237	0.997	0.064	100
11.7-16.55	19.474	0.062	47.93	3700	190	190	0.999	0.064	100
16.55-22	17.087	0.068	47.11	1777	110	104	0.998	0.071	94.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.7 Å	46.64 Å
Translation	3.7 Å	46.64 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	Jan 31, 2020 Built=20200417	データ削減
XSCALE	Jan 31, 2020 Buit=2020417	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LM4

5lm4

解像度: 3.7→22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.89 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.851 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.753

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.285	319	4.89 %	RANDOM
R_work	0.237	-	-	-
obs	0.24	6520	74.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 288.76 Å² / B_iso mean: 164.86 Å² / B_iso min: 54.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.6227 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	8.6227 Å²	0 Å²
3-	-	-	-17.2454 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.61 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.7→22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2953	0	34	0	2987
B_iso mean	-	-	157.77	-	-
残基数	-	-	-	-	389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1036	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	44	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	467	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	3034	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	427	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3785	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	3034	HARMONIC	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	4124	HARMONIC	2	1.04
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				1.95
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				21.55

LS精密化シェル

解像度: 3.7→4.14 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2275	46	5.11 %
R_work	0.22	855	-
all	0.2203	901	-
obs	-	-	36.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.5448	0.3145	0.1962	0.5448	0.2373	0	-0.2117	-0.0647	0.0247	-0.1212	0.1553	-0.3204	-0.2189	-0.3784	0.0564	0.1607	-0.0373	0.0084	0.418	0.086	-0.4468	45.1987	-38.0364	1.5606
2	2.5486	0.0603	-2.3772	-0.0852	-0.4696	2.1089	-0.091	0.1671	-0.1674	-0.0469	-0.4723	0.0029	-0.6114	0.2055	0.5633	-0.3962	0.1107	-0.0325	0.529	0.0421	-0.4486	33.3603	-26.8595	2.0839

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|42 - A\|111 A\|170 - A\|283 }	A	42 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|42 - A\|111 A\|170 - A\|283 }	A	170 - 283
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|112 - A\|147 A\|295 - A\|486 }	A	112 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|112 - A\|147 A\|295 - A\|486 }	A	295 - 486

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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