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- PDB-7aw6: The extracellular region of CD33 with bound sialoside analogue P22 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aw6
タイトルThe extracellular region of CD33 with bound sialoside analogue P22
要素Myeloid cell surface antigen CD33
キーワードIMMUNE SYSTEM / receptor / Siglec / Ig-like / sialic acid / Alzheimer's disease / lectin / cell surface antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-inhibiting signal transduction / positive regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of monocyte activation / sialic acid binding / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of interleukin-1 beta production / tertiary granule membrane / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of tumor necrosis factor production / specific granule membrane ...immune response-inhibiting signal transduction / positive regulation of protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of monocyte activation / sialic acid binding / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of interleukin-1 beta production / tertiary granule membrane / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of tumor necrosis factor production / specific granule membrane / positive regulation of protein secretion / cell-cell adhesion / peroxisome / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell signaling / signaling receptor activity / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / cell surface / signal transduction / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FVP / PHOSPHATE ION / Myeloid cell surface antigen CD33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Thompson, A.P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / von Delft, F. / Bountra, C. / Gileadi, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1RF1AG057443 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The extracellular region of CD33 with bound sialoside analogue P22
著者: Bradshaw, W.J. / Katis, V.L. / Thompson, A.P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / von Delft, F. / Bountra, C. / Gileadi, O.
履歴
登録2020年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myeloid cell surface antigen CD33
B: Myeloid cell surface antigen CD33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,99216
ポリマ－55,8362
非ポリマー4,15614
水4,270237
1
A: Myeloid cell surface antigen CD33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7766
ポリマ－27,9181
非ポリマー1,8585
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法gel filtration
2
B: Myeloid cell surface antigen CD33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,21610
ポリマ－27,9181
非ポリマー2,2989
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法gel filtration
単位格子
Length a, b, c (Å)59.641, 103.230, 84.495
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 AB

#1: タンパク質 Myeloid cell surface antigen CD33 / Sialic acid-binding Ig-like lectin 3 / Siglec-3 / gp67


分子量: 27917.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD33, SIGLEC3 / プラスミド: pHL-sec / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20138
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 242分子

#3: 化合物 ChemComp-FVP / 2-aminoethyl 5-{[(4-cyclohexyl-1H-1,2,3-triazol-1-yl)acetyl]amino}-3,5,9-trideoxy-9-[(4-hydroxy-3,5-dimethylbenzene-1-carbonyl)amino]-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl-(2->6)-beta-D-galactopyranosyl-(1->4)-beta-D-glucopyranoside


分子量: 972.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H64N6O20 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M citrate/phosphate, 6.5% PEG 400, 6.5% PEG 500 MME, 6.5% PEG 600, 6.5% PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→79.19 Å / Num. obs: 33360 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 1.795 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1742 / CC1/2: 0.497 / Rpim(I) all: 0.954 / Rrim(I) all: 2.047 / Χ2: 0.86 / % possible all: 69.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IHB

5ihb


解像度: 1.95→79.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.677 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1705 5.1 %RANDOM
Rwork0.1936 ---
obs0.1962 31641 95.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.45 Å2 / Biso mean: 33.442 Å2 / Biso min: 17.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0 Å2-0.99 Å2
2---0.08 Å2-0 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→79.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3357 0 275 237 3869
Biso mean--47.14 38.95 -
残基数----427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133772
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5881.7165179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2431.6157909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4675437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.15620.753186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.0115556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.191528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02839
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 112 -
Rwork0.322 1718 -
all-1830 -
obs--70.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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