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- PDB-7avx: MerTK kinase domain in complex with NPS-1034 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7avx
タイトルMerTK kinase domain in complex with NPS-1034
要素Tyrosine-protein kinase Mer
キーワードSIGNALING PROTEIN / tyrosine kinase / inhibitor / type1.5 kinase inhibitor / type2 kinase inhibitor / structure-based drug design / oncology
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis ...negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / establishment of localization in cell / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / platelet activation / cell migration / nervous system development / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / spermatogenesis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S4K / Tyrosine-protein kinase Mer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Schimpl, M. / Nissink, J.W.M. / Blackett, C. / Goldberg, K. / Hennessy, E.J. / Hardaker, E. / McCoull, W. / McMurray, L. / Collingwood, O. / Overman, R. ...Schimpl, M. / Nissink, J.W.M. / Blackett, C. / Goldberg, K. / Hennessy, E.J. / Hardaker, E. / McCoull, W. / McMurray, L. / Collingwood, O. / Overman, R. / Pflug, A. / Preston, M. / Rawlins, P. / Rivers, E. / Smith, P. / Underwood, E. / Truman, C. / Warwicker, J. / Winter, J. / Woodcock, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Generating Selective Leads for Mer Kinase Inhibitors-Example of a Comprehensive Lead-Generation Strategy.
著者: Nissink, J.W.M. / Bazzaz, S. / Blackett, C. / Clark, M.A. / Collingwood, O. / Disch, J.S. / Gikunju, D. / Goldberg, K. / Guilinger, J.P. / Hardaker, E. / Hennessy, E.J. / Jetson, R. / Keefe, ...著者: Nissink, J.W.M. / Bazzaz, S. / Blackett, C. / Clark, M.A. / Collingwood, O. / Disch, J.S. / Gikunju, D. / Goldberg, K. / Guilinger, J.P. / Hardaker, E. / Hennessy, E.J. / Jetson, R. / Keefe, A.D. / McCoull, W. / McMurray, L. / Olszewski, A. / Overman, R. / Pflug, A. / Preston, M. / Rawlins, P.B. / Rivers, E. / Schimpl, M. / Smith, P. / Truman, C. / Underwood, E. / Warwicker, J. / Winter-Holt, J. / Woodcock, S. / Zhang, Y.
履歴
登録2020年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Mer
B: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8824
ポリマ－71,7792
非ポリマー1,1032
水1,74797
1
A: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4412
ポリマ－35,8891
非ポリマー5521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法gel filtration
2
B: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4412
ポリマ－35,8891
非ポリマー5521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法gel filtration
単位格子
Length a, b, c (Å)55.641, 92.694, 70.118
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Mer / Proto-oncogene c-Mer / Receptor tyrosine kinase MerTK


分子量: 35889.434 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain (571-864) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Co-expressed with PTP1b / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MERTK, MER / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q12866, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-S4K / 1-(4-fluorophenyl)-N-[3-fluoro-4-[(3-phenyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl)oxy]phenyl]-2,3-dimethyl-5-oxopyrazole-4-carboxamide / ~{N}-[3-fluoranyl-4-[(3-phenyl-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl)oxy]phenyl]-1-(4-fluorophenyl)-2,3-dimethyl-5-oxidanylidene-pyrazole-4-carboxamide / N-(3-fluoro-4-((3-phenyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl)oxy)phenyl)-2-(4-fluorophenyl)-1,5-dimethyl-3-oxo-2,3-dihydro-1H-pyrazole-4-carboxamide / N-[3-フルオロ-4-(3-フェニル-1H-ピロロ[2,3-b]ピリジン-4-イルオキシ)フェニル]-1-(4-フル(以下略)


分子量: 551.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H23F2N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: co-crystallisation of 0.3 mM protein with 0.5 mM compound (1 % DMSO) in 4.0 M sodium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→54.53 Å / Num. obs: 25043 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 38.37 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 78024 / Scaling rejects: 22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.44-2.52.20.742332815310.6830.5950.9571.281.3
10.91-54.5330.059183030.9950.0340.06114.799.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal model

解像度: 2.44→54.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9213 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8937 / SU R Cruickshank DPI: 0.409 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.385 / SU Rfree Blow DPI: 0.259 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.266
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2586 1178 4.74 %RANDOM
Rwork0.2138 ---
obs0.2159 24841 97.15 %-
原子変位パラメータBiso max: 142.45 Å2 / Biso mean: 45.9 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.7567 Å20 Å2-7.1418 Å2
2--2.4618 Å20 Å2
3---3.2949 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.382 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→54.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4191 0 82 97 4370
Biso mean--41.17 32.37 -
残基数----539
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1481SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes88HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes636HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4416HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion559SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5138SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4416HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6025HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.51
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3261 123 4.76 %
Rwork0.2738 2459 -
all0.2761 2582 -
obs--82.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31370.3711-0.47241.76540.10881.576-0.01350.10160.0011-0.05530.0770.06410.0138-0.1285-0.06350.18270.02580.0085-0.1325-0.0032-0.152120.5651-28.78045.0665
20.4591-0.0419-0.17541.4726-0.44681.71630.00560.01080.10720.09390.09990.18940.0189-0.1732-0.10550.2192-0.00940.0751-0.1206-0.0077-0.087115.30.725725.0966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A577 - 862
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B577 - 862

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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