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- PDB-7av6: FAST in a domain-swapped dimer form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7av6
タイトルFAST in a domain-swapped dimer form
要素Photoactive yellow protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / fluorescence / fluorogen / fluorogen-activating protein / fluorescent labelling / FAST
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Bukhdruker, S. / Remeeva, A. / Ruchkin, D. / Gorbachev, D. / Povarova, N. / Mineev, K. / Goncharuk, S. / Baranov, M. / Mishin, A. / Borshchevskiy, V.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: NanoFAST: structure-based design of a small fluorogen-activating protein with only 98 amino acids.
著者: Mineev, K.S. / Goncharuk, S.A. / Goncharuk, M.V. / Povarova, N.V. / Sokolov, A.I. / Baleeva, N.S. / Smirnov, A.Y. / Myasnyanko, I.N. / Ruchkin, D.A. / Bukhdruker, S. / Remeeva, A. / Mishin, A. ...著者: Mineev, K.S. / Goncharuk, S.A. / Goncharuk, M.V. / Povarova, N.V. / Sokolov, A.I. / Baleeva, N.S. / Smirnov, A.Y. / Myasnyanko, I.N. / Ruchkin, D.A. / Bukhdruker, S. / Remeeva, A. / Mishin, A. / Borshchevskiy, V. / Gordeliy, V. / Arseniev, A.S. / Gorbachev, D.A. / Gavrikov, A.S. / Mishin, A.S. / Baranov, M.S.
履歴
登録2020年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoactive yellow protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3413
ポリマ－15,2491
非ポリマー922
水37821
1
A: Photoactive yellow protein
ヘテロ分子

A: Photoactive yellow protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6826
ポリマ－30,4982
非ポリマー1844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area4150 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.920, 45.920, 105.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Photoactive yellow protein / PYP / FAST


分子量: 15249.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FAST
由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)
遺伝子: pyp / プラスミド: pET-24b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate, 20 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9772 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→42.09 Å / Num. obs: 18549 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 36.93 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.007 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.5-1.5423.90.712740.3250.72696.6
1.54-1.5826.11.212830.5850.48597.3
1.58-1.6227.11.812760.7230.34897.6
1.62-1.6826.92.712690.8420.24897.8
1.68-1.7426.24.312980.9340.16398.2
1.74-1.8125713000.9770.10198.1
1.81-1.8925.910.912980.990.06598.6
1.89-1.9926.918.113170.9970.03998.5
1.99-2.1126.42913190.9980.02498.9
2.11-2.2824.841.313200.9990.01699.1
2.28-2.525.456.413530.9990.01299.2
2.5-2.8725.873.4136210.00999.6
2.87-3.6123.189.5138610.00799.9
3.61-42.0923103.7149410.00699.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE3データ収集
XDS20200131データ削減
XSCALE20200131データスケーリング
MoRDa1.3.02位相決定
ARP/wARP8モデル構築
PHENIX1.18_3855精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ODV

1odv


解像度: 1.5→42.08 Å / SU ML: 0.2024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.448
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 927 5.01 %
Rwork0.2141 17591 -
obs0.2153 18518 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数735 0 6 21 762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7361068
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0717112
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8633275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.580.37211280.34512419X-RAY DIFFRACTION96.59
1.58-1.680.32161270.28062410X-RAY DIFFRACTION97.65
1.68-1.810.28241310.2522473X-RAY DIFFRACTION98.15
1.81-1.990.26141300.23132482X-RAY DIFFRACTION98.53
1.99-2.280.24321320.22732502X-RAY DIFFRACTION98.95
2.28-2.870.27681350.24552574X-RAY DIFFRACTION99.41
2.87-42.080.21661440.1962731X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09733967781440.113861638535-0.002576501272150.127677430525-0.03107071737730.114725834974-0.292289094756-0.9393790249060.172714974508-0.1621247448420.4161140405070.01704465498740.443185766227-0.05443155388450.003580876604140.5846048231240.044370754351-0.04695008607410.543027258357-0.023753468690.6605993495223.7336487444730.523307856412.9871314983
20.06335753158350.119399755056-0.01927786992050.315832029415-0.4251359599490.7748769407680.048539714596-0.06126695900710.0659627350955-0.2298677162720.09391771688520.00738539850952-0.1405984694390.1152439561480.000582961021210.387606491834-0.006184178275920.02773517950260.272387513726-0.005821155182210.34836681145514.35639393234.613564224117.6371652156
30.0854473460101-0.179236411930.154009577880.543695981051-0.1622257233780.1507271259030.3816813800830.0274020974037-0.988940944283-0.313332818153-0.0477543090053-0.0851889490966-0.251854660273-0.2394168719810.007668648809090.3394467842090.0564098974940.06456970532050.4366880281550.07195187570980.4170361810519.9121593617838.785521510524.6697529503
41.590547475540.542771017803-0.5252649552280.97415888996-0.1253006546740.1621766518470.230134728571-0.396710493789-0.2643687851990.115495254896-0.052308485375-0.2156603514220.07260521791450.7719081898410.001054969338190.2738975582120.0141870554731-0.02456626964720.537744846170.04209310255430.35713314526921.024995356530.397998158639.6390682653
50.786172149748-0.3020658036750.0188926657680.1928208205130.0776494363280.1095586432320.055889883261-0.99234675478-1.320316197811.333836596040.208627981394-0.5672114972430.604662608573-0.165792403141-0.04723091004080.503294434598-0.0291747663426-0.05337804583880.6265492694550.2442386493950.55156655513614.912390131322.651903866746.5417180496
61.57381626853-1.350321241270.1836894972261.535955044920.06254933998560.262017252659-0.54292058995-1.199615406750.2118631205290.7649221096250.700724555017-0.2066992867350.13442956675-1.094277808010.06877754668630.533397835181-0.1824953404970.06837651291420.828691193150.1212601495520.34099789860813.976958654632.098554120550.6031328413
70.2548677543890.0268681269841-0.05334575125750.02924544627940.0321317091830.0530553395994-1.07153414250.271601275896-1.12806567494-0.107134510899-0.021359400449-0.154301974901-0.9798950616310.741123771681-0.00290568681040.681529601209-0.0272396867467-0.02855088001170.7105009712750.1050404338090.60952934599628.151775294745.460105105248.5129448002
80.472325725351-0.5252383086860.3238169175920.487902921902-0.2885422806860.421339640516-0.0962492120038-0.3447270591320.3532594276860.121487649563-0.1423073265220.2706720240680.402557501162-0.3952852302620.0008510641733290.371966399539-0.0133431443115-0.00635909511020.6706258108740.0292062130450.43734681940812.413047033235.032862309248.2524056989
90.860675849031-0.5303036258240.2029318464760.427605519912-0.4904653620651.00421674531-0.00612221781742-0.989476649236-0.381258876390.02482904224340.1190394735450.615880916474-0.0999033809439-0.7934545343240.0130164311810.308176290288-0.00338455851548-0.00215959231160.499206551820.003762421866480.4492109327627.512341650632.573645363942.8319617961
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 25 through 29 )25 - 291 - 5
22chain 'A' and (resid 30 through 44 )30 - 446 - 21
33chain 'A' and (resid 48 through 56 )48 - 5622 - 31
44chain 'A' and (resid 57 through 75 )57 - 7532 - 51
55chain 'A' and (resid 76 through 85 )76 - 8552 - 62
66chain 'A' and (resid 86 through 96 )86 - 9663 - 73
77chain 'A' and (resid 97 through 102 )97 - 10274 - 79
88chain 'A' and (resid 103 through 111 )103 - 11180 - 88
99chain 'A' and (resid 112 through 126 )112 - 12689 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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