PDB-7av4: Dark state structure of the C432S mutant of Fatty Acid Photodecar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7av4

タイトル

Dark state structure of the C432S mutant of Fatty Acid Photodecarboxylase (FAP)

要素

Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Active site mutation dark state

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid photodecarboxylase / choline dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / lyase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorella variabilis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.936 Å

データ登録者

Schlichting, I. / Hartmann, E. / Arnoux, P. / Sorigue, D. / Beisson, F.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mechanism and dynamics of fatty acid photodecarboxylase.
著者: Sorigue, D. / Hadjidemetriou, K. / Blangy, S. / Gotthard, G. / Bonvalet, A. / Coquelle, N. / Samire, P. / Aleksandrov, A. / Antonucci, L. / Benachir, A. / Boutet, S. / Byrdin, M. / Cammarata, ...

履歴

登録	2020年11月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7av4.cif.gz	138.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7av4.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7av4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7av4_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7av4_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7av4_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	7av4_validation.cif.gz	38.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7av4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7av4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yruSC 6yrvC 6yrxC 6yrzC 6ys1C 6ys2C 6zh7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yrz-d 4pu6-d 5l9y-d 5jij-d 4tw2-2 6ys2-d 6zh7-2 4tw2-1 1ju2-2 4mjw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.11577/1775333 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (6) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic

ヘテロ分子

70.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.375, 104.683, 156.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Fatty acid photodecarboxylase, chloroplastic / CvFAP 分子量: 68888.461 Da / 分子数: 1 / 変異: C432S, Nterminal truncation / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal truncation Mutation C432S / 由来: (組換発現) Chlorella variabilis (植物) / 遺伝子: FAP, CHLNCDRAFT_28598 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A248QE08, fatty acid photodecarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-STE / STEARIC ACID 分子量: 284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.2 % / 解説: rhomboid
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: ~ 20-30 % PEG 4000, 0.1 M Citrate pH5.5, 10 mM spermidine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.936→86.956 Å / Num. all: 216366 / Num. obs: 56924 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 39.5 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.936→2.05 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 8961 / CC_1/2: 0.54 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6yru

6yru

解像度: 1.936→46.731 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 4.271 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2116	2809	4.935 %	random selection
R_work	0.1752	54116	-	-
all	0.177	-	-	-
obs	-	56924	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.163 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.656 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.799 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.858 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.936→46.731 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4234	0	105	337	4676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4472
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.649	1.649	6071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.381	1.602	9603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.696	5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.346	21.598	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.367	15	692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.633	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5103
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	933
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	887
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	4100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2176
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.014	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.607	3.684	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.602	3.682	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.447	5.517	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.443	5.516	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.724	3.975	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.724	3.975	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.361	5.812	3203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.361	5.813	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.479	43.683	5020
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.437	43.425	4961

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.936-1.986	0.645	178	0.6	3833	X-RAY DIFFRACTION	95.6594
1.986-2.04	0.532	214	0.458	3845	X-RAY DIFFRACTION	99.9508
2.04-2.099	0.399	221	0.378	3771	X-RAY DIFFRACTION	99.8499
2.099-2.164	0.299	189	0.287	3664	X-RAY DIFFRACTION	99.9741
2.164-2.235	0.27	191	0.241	3531	X-RAY DIFFRACTION	99.8926
2.235-2.313	0.244	187	0.215	3433	X-RAY DIFFRACTION	99.8621
2.313-2.401	0.257	154	0.183	3328	X-RAY DIFFRACTION	99.8566
2.401-2.498	0.214	157	0.161	3247	X-RAY DIFFRACTION	99.8826
2.498-2.609	0.2	148	0.159	3086	X-RAY DIFFRACTION	99.8765
2.609-2.737	0.208	155	0.155	2918	X-RAY DIFFRACTION	99.708
2.737-2.885	0.184	148	0.139	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.4253
2.885-3.059	0.204	156	0.152	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.8927
3.059-3.27	0.206	113	0.154	2534	X-RAY DIFFRACTION	99.7738
3.27-3.532	0.194	115	0.157	2341	X-RAY DIFFRACTION	99.9593
3.532-3.868	0.189	107	0.149	2168	X-RAY DIFFRACTION	99.6933
3.868-4.324	0.141	104	0.122	1953	X-RAY DIFFRACTION	99.5162
4.324-4.991	0.157	100	0.121	1726	X-RAY DIFFRACTION	99.2931
4.991-6.107	0.207	67	0.185	1471	X-RAY DIFFRACTION	98.5266
6.107-8.616	0.192	70	0.161	1166	X-RAY DIFFRACTION	99.2771
8.616-46.73	0.155	35	0.167	670	X-RAY DIFFRACTION	96.1801

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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