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- PDB-7aud: Structure of an engineered helicase domain construct for human Bl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aud
タイトルStructure of an engineered helicase domain construct for human Bloom syndrome protein (BLM)
要素
  • Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
  • DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Helicase / RecQ / BLM / DNA Repair / Inhibitor / Allosteric
機能・相同性
機能・相同性情報


RecQ family helicase-topoisomerase III complex / forked DNA-dependent helicase activity / resolution of DNA recombination intermediates / telomeric G-quadruplex DNA binding / DNA/DNA annealing activity / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / telomere maintenance via semi-conservative replication / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly ...RecQ family helicase-topoisomerase III complex / forked DNA-dependent helicase activity / resolution of DNA recombination intermediates / telomeric G-quadruplex DNA binding / DNA/DNA annealing activity / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / telomere maintenance via semi-conservative replication / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / DNA geometric change / cellular response to camptothecin / Y-form DNA binding / negative regulation of cell division / cellular response to hydroxyurea / four-way junction helicase activity / G-quadruplex DNA binding / bubble DNA binding / DNA double-strand break processing / negative regulation of DNA recombination / lateral element / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / DNA 3'-5' helicase / nuclear chromosome / 3'-5' DNA helicase activity / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / protein complex oligomerization / replication fork processing / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / response to X-ray / ATP-dependent activity, acting on DNA / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / four-way junction DNA binding / telomere maintenance / DNA helicase activity / replication fork / cellular response to ionizing radiation / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / PML body / G2/M DNA damage checkpoint / protein homooligomerization / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Meiotic recombination / nuclear matrix / p53 binding / single-stranded DNA binding / chromosome / Processing of DNA double-strand break ends / DNA recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA replication / DNA repair / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RecQ-like DNA helicase BLM, N-terminal domain / RecQ-like DNA helicase BLM, BDHCT-box associated domain / N-terminal region of Bloom syndrome protein / BDHCT-box associated domain on Bloom syndrome protein / BDHCT / BDHCT (NUC031) domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal ...RecQ-like DNA helicase BLM, N-terminal domain / RecQ-like DNA helicase BLM, BDHCT-box associated domain / N-terminal region of Bloom syndrome protein / BDHCT-box associated domain on Bloom syndrome protein / BDHCT / BDHCT (NUC031) domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / HRDC domain superfamily / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-RY8 / DNA / DNA (> 10) / RecQ-like DNA helicase BLM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Chen, X. / Oliver, A.W.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC302/A24386 英国
Wellcome Trust110578/Z/15/Z 英国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Uncovering an allosteric mode of action for a selective inhibitor of human Bloom syndrome protein.
著者: Chen, X. / Ali, Y.I. / Fisher, C.E. / Arribas-Bosacoma, R. / Rajasekaran, M.B. / Williams, G. / Walker, S. / Booth, J.R. / Hudson, J.J. / Roe, S.M. / Pearl, L.H. / Ward, S.E. / Pearl, F.M. / Oliver, A.W.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Uncovering an allosteric mode of action for a selective inhibitor of human Bloom syndrome protein
著者: Chen, X. / Ali, Y. / Fisher, C.E.L. / Arribas-Bosacoma, R. / Rajasekaran, M.B. / Williams, G. / Walker, S. / Roe, S.M. / Pearl, L.H. / Ward, S.E. / Pearl, F.M.G. / Oliver, A.W.
履歴
登録2020年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
B: Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
C: Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
D: Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
E: Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
F: Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
M: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
N: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
O: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
Q: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
R: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)417,97543
ポリマ－411,10512
非ポリマー6,87031
水1,18966
1
F: Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
R: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4366
ポリマ－68,5172
非ポリマー9184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area25380 Å2
手法PISA
2
A: Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
M: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8248
ポリマ－68,5172
非ポリマー1,3076
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA
3
B: Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
N: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6307
ポリマ－68,5172
非ポリマー1,1135
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area25380 Å2
手法PISA
4
C: Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
O: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8007
ポリマ－68,5172
非ポリマー1,2835
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA
5
D: Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
P: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6307
ポリマ－68,5172
非ポリマー1,1135
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area25310 Å2
手法PISA
6
E: Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein
Q: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6548
ポリマ－68,5172
非ポリマー1,1376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.916, 111.709, 132.344
Angle α, β, γ (deg.)72.640, 80.180, 79.220
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 641 through 643 and (name N...
21(chain B and (resid 641 through 644 or (resid 645...
31(chain C and (resid 641 through 644 or (resid 645...
41(chain D and (resid 641 through 644 or (resid 645...
51(chain E and (resid 641 through 645 or (resid 646...
61(chain F and (resid 641 through 645 or (resid 646...
12(chain M and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))
22(chain N and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))
32(chain O and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))
42(chain P and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))
52(chain Q and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))
62(chain R and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 641 through 643 and (name N...A0
211(chain B and (resid 641 through 644 or (resid 645...B0
311(chain C and (resid 641 through 644 or (resid 645...C0
411(chain D and (resid 641 through 644 or (resid 645...D641 - 644
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441(chain D and (resid 641 through 644 or (resid 645...D641 - 1291
451(chain D and (resid 641 through 644 or (resid 645...D641 - 1291
461(chain D and (resid 641 through 644 or (resid 645...D641 - 1291
511(chain E and (resid 641 through 645 or (resid 646...E0
611(chain F and (resid 641 through 645 or (resid 646...F641 - 645
621(chain F and (resid 641 through 645 or (resid 646...F646 - 648
631(chain F and (resid 641 through 645 or (resid 646...F640 - 1288
641(chain F and (resid 641 through 645 or (resid 646...F640 - 1288
651(chain F and (resid 641 through 645 or (resid 646...F640 - 1288
661(chain F and (resid 641 through 645 or (resid 646...F640 - 1288
112(chain M and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))M3 - 11
122(chain M and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))M13 - 14
212(chain N and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))N3 - 11
222(chain N and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))N13 - 14
312(chain O and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))O3 - 11
322(chain O and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))O13 - 14
412(chain P and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))P3 - 11
422(chain P and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))P13 - 14
512(chain Q and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))Q3 - 11
522(chain Q and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))Q13 - 14
612(chain R and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))R3 - 11
622(chain R and (resid 3 through 11 or resid 13 through 14))R13 - 14

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.988202568314, 0.0150165498213, -0.152414524271), (0.0313416475144, 0.954291590044, 0.297229309291), (0.149911257443, -0.298499689116, 0.942562756791)-14.5962633344, 52.7119618177, -37.3276021146
2given(0.986378167419, -0.0161406255358, -0.163699697761), (-0.062128204962, -0.958017898662, -0.279896037826), (-0.152309543325, 0.286253709233, -0.945970727328)27.1544694625, 27.8263928874, -35.0626066719
3given(0.972928026959, -0.0781234913197, 0.21750350448), (-0.0115408997524, -0.95638181063, -0.291891486565), (0.230819977449, 0.281479221969, -0.931392283418)40.0143554084, -35.1301800078, 11.2406942437
4given(0.996482485061, -0.0798581711779, 0.0254033356482), (-0.0793921391114, -0.996665129034, -0.018854941415), (0.0268243399407, 0.0167717937192, -0.999499455589)-0.221732222251, 6.25265445817, 52.6079645949
5given(0.968572805549, -0.129391685077, 0.212425309661), (0.073822515605, 0.965100866402, 0.251257942878), (-0.237522539017, -0.227679839912, 0.9443224735)40.7364317821, 43.3580938081, 41.4020828561
6given(0.989446667593, -0.0131076820652, -0.144303432599), (0.062247839127, 0.937769448304, 0.341633822026), (0.130845322855, -0.347011023598, 0.928688780479)-14.593122753, 52.6545132704, -38.8362043933
7given(0.986367627417, 0.0183022326644, -0.163535720452), (-0.037406689248, -0.942840699261, -0.331137668375), (-0.160248691675, 0.332740806179, -0.929302917632)28.2839046642, 28.8626814757, -33.8987909341
8given(0.965599665359, -0.112911749204, 0.234239670319), (-0.0294731713218, -0.942524849469, -0.332833652603), (0.258357539916, 0.31448027764, -0.913429546568)39.200798459, -35.3557386959, 12.4689641809
9given(0.990572040899, -0.0829092271112, 0.109055453088), (-0.0709751781996, -0.991493680615, -0.109099978828), (0.117173187496, 0.100331158474, -0.988030415914)-1.51257626491, 7.28932160978, 55.4533588489
10given(0.956656986892, -0.136123559245, 0.257444724259), (0.0559922803942, 0.953513354192, 0.296103272378), (-0.285783613888, -0.268854347176, 0.919807080881)39.3348349782, 42.6739425378, 40.4304150094

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 12分子 ABCDEFMNOPQR

#1: タンパク質
Bloom syndrome protein,Bloom syndrome protein / DNA helicase / RecQ-like type 2 / RecQ2 / RecQ protein-like 3


分子量: 63941.520 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BLM, RECQ2, RECQL3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P54132, DNA helicase
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*T)-3')


分子量: 4575.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 97分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-RY8 / N-(2,3-dimethyl-5-sulfamoylphenyl)-4-(2-methylthiazol-4-yl)benzamide


分子量: 401.502 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N3O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus HT-96, Condition C9, Molecular Dimensions. 0.09 M NPS, 0.1M Buffer System, 30% Precipitant Mix 1 NPS = 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulphate ...詳細: Morpheus HT-96, Condition C9, Molecular Dimensions. 0.09 M NPS, 0.1M Buffer System, 30% Precipitant Mix 1 NPS = 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulphate Buffer System 1 = 1.0 M imidazole, MES monohydrate (acid) pH 6.5 60% Precipitant Mix 1 = 40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→47.28 Å / Num. obs: 91662 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 77.78 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.97→3.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 8892 / CC1/2: 0.57 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimlessデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O3M

4o3m


解像度: 2.96→47.28 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 4641 5.06 %
Rwork0.2291 87020 -
obs0.2311 91661 97.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 237.62 Å2 / Biso mean: 92.4605 Å2 / Biso min: 40.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.96→47.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23153 1590 427 66 25236
Biso mean--81.2 61.79 -
残基数----3165
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A10977X-RAY DIFFRACTION13.52TORSIONAL
12B10977X-RAY DIFFRACTION13.52TORSIONAL
13C10977X-RAY DIFFRACTION13.52TORSIONAL
14D10977X-RAY DIFFRACTION13.52TORSIONAL
15E10977X-RAY DIFFRACTION13.52TORSIONAL
16F10977X-RAY DIFFRACTION13.52TORSIONAL
21M624X-RAY DIFFRACTION13.52TORSIONAL
22N624X-RAY DIFFRACTION13.52TORSIONAL
23O624X-RAY DIFFRACTION13.52TORSIONAL
24P624X-RAY DIFFRACTION13.52TORSIONAL
25Q624X-RAY DIFFRACTION13.52TORSIONAL
26R624X-RAY DIFFRACTION13.52TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.96-30.39351380.36582599273788
3-3.030.40521500.36792968311898
3.03-3.070.41161420.35872866300897
3.07-3.110.38711770.3392854303198
3.11-3.150.4091560.31312940309698
3.15-3.190.35591600.31022878303898
3.19-3.240.34161480.29712920306897
3.24-3.290.34651630.30272889305298
3.29-3.340.33251600.28852839299998
3.34-3.390.34411470.29772983313097
3.39-3.450.31571440.28492831297597
3.45-3.510.35171430.27462937308097
3.52-3.580.34021590.26292849300897
3.58-3.660.31111820.25062878306098
3.66-3.740.28051660.2352920308698
3.74-3.820.23651700.2282865303598
3.82-3.920.29081660.23032885305197
3.92-4.020.26341400.23162994313498
4.02-4.140.28231360.22742912304899
4.14-4.280.29811600.22182934309499
4.28-4.430.25341520.20322893304598
4.43-4.60.20831510.19962920307199
4.61-4.810.23111630.19062942310599
4.81-5.070.22371690.19822943311299
5.07-5.380.26621350.21762917305298
5.39-5.80.25021480.22662965311399
5.8-6.380.27181310.22962932306399
6.38-7.30.25311510.2172941309299
7.3-9.190.2181720.18342901307398
9.19-47.280.20271620.17282925308799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74410.34220.09632.30020.67110.7006-0.0853-0.0133-0.0489-0.040.0014-0.1072-0.1305-0.05180.07330.67680.1551-0.01590.4942-0.00880.6751-9.2692-9.61634.5708
20.11780.735-0.27083.15210.39360.6732-0.03460.09980.1112-0.19230.03880.4659-0.05220.0085-0.01340.66950.0576-0.01760.43470.13070.8144-24.752243.9875-31.2003
3-0.5524-0.86180.46374.31381.07170.0240.1195-0.03550.01720.2694-0.28820.23120.0575-0.06380.1920.73410.12830.22330.60710.11380.769217.298136.7383-41.0253
40.7412-0.74940.01352.76440.1390.9643-0.1515-0.45940.1080.15170.22980.20810.02170.2727-0.14420.60220.11620.11560.66240.00740.452432.615-26.84741.4961
51.3035-0.01870.23331.02810.64410.8080.0347-0.34840.65230.2711-0.0588-0.09540.04120.10260.0110.8920.04720.03670.6443-0.12980.5504-8.645917.100647.4586
6-0.19351.0359-0.3231.5403-0.06670.48270.0791-0.49340.5246-0.1783-0.08350.5677-0.26310.04030.10070.8115-0.0798-0.03110.73520.00780.752133.932634.446450.2307
73.5040.749-0.33930.98250.40770.70940.0023-1.54730.12661.1596-0.3089-0.68520.25790.23850.19191.24960.377-0.28140.886-0.09150.6826-3.688-19.509923.2599
84.81441.0480.24930.7948-0.72531.14170.1609-0.94791.1141.8961-0.44050.5563-0.48111.0180.32051.22210.06370.03560.6389-0.04940.7273-21.334742.0713-10.9627
94.8879-1.04121.39580.503-0.78061.24160.15991.4283-0.9274-1.9347-0.08230.3178-0.07140.00090.00661.44330.2690.30610.9487-0.08630.701620.500939.7382-61.4773
106.1748-0.45880.72490.2036-0.48761.39020.2650.5134-0.5617-1.012-0.2571-0.4923-0.26551.03990.37381.0308-0.0640.27550.7270.00690.492943.5596-25.0385-15.8918
112.6668-0.4681-0.64850.44571.61095.8849-0.43091.2560.43141.23060.6959-1.19980.45640.3391-0.09350.8-0.05430.04910.8535-0.15611.3261-0.784623.89629.9607
123.4407-0.4997-1.34596.5152-0.19910.5980.1846-1.11591.18441.0457-0.3892-0.54220.169-0.00270.36011.19840.0823-0.33581.6075-0.34910.753944.433530.748968.116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 640 through 1291)A640 - 1291
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 638 through 1291)B638 - 1291
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 638 through 1291)C638 - 1291
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 641 through 1291)D641 - 1291
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 638 through 1291)E638 - 1291
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 640 through 1288)F640 - 1288
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'M' and resid 2 through 14)M2 - 14
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'N' and resid 2 through 14)N2 - 14
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'O' and resid 2 through 14)O2 - 14
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'P' and resid 2 through 14)P2 - 14
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'Q' and resid 2 through 14)Q2 - 14
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'R' and resid 2 through 14)R2 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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