PDB-7asw: Crystal structure of chloroplastic thioredoxin z defines a novel ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7asw

タイトル

Crystal structure of chloroplastic thioredoxin z defines a novel type-specific target recognition

要素

Thioredoxin-related protein CITRX

キーワード

ISOMERASE / Ribose-5-phosphate / Rossmann fold / enzyme / chloroplast / photosynthese / Chlamydomonas

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.444 Å

データ登録者

Le Moigne, T. / Gurrieri, L. / Crozet, P. / Marchand, C.H. / Zaffagnini, M. / Sparla, F. / Lemaire, S.D. / Henri, J.

引用

ジャーナル: Plant J. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of chloroplastic thioredoxin z defines a type-specific target recognition.
著者: Le Moigne, T. / Gurrieri, L. / Crozet, P. / Marchand, C.H. / Zaffagnini, M. / Sparla, F. / Lemaire, S.D. / Henri, J.

履歴

登録	2020年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7asw.cif.gz	35.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7asw.ent.gz	21.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7asw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7asw_validation.pdf.gz	427.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7asw_full_validation.pdf.gz	428.5 KB	表示
XML形式データ	7asw_validation.xml.gz	6.4 KB	表示
CIF形式データ	7asw_validation.cif.gz	7.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/7asw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/7asw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i1cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2kzv-d 2a4j-d 1wi4-d 2eeh-d 2mti-d 1oau-4 2rpp-d 4hkh-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Thioredoxin-related protein CITRX

16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.985, 61.985, 61.138
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Thioredoxin-related protein CITRX 分子量: 16211.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: CITRX, CHLRE_02g142800v5, CHLREDRAFT_195890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8J0Q8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.19 %
結晶化	温度: 293.1 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.26 mol.L-1 ammonium sulfate 0,1 mol.L-1 HEPES pH=7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.983995 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.983995 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→30.99 Å / Num. obs: 5268 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 39.1 % / B_iso Wilson estimate: 65.65 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 27.43
反射シェル	解像度: 2.44→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 485 / CC_1/2: 0.662 / CC star: 0.893

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6I1C

6i1c

解像度: 2.444→30.99 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.8 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	525	9.96 %
R_work	0.2272	4744	-
obs	-	5268	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.93 Å² / B_iso mean: 70.15 Å² / B_iso min: 30 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.444→30.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	864	0	0	1	865
B_iso mean	-	-	-	30	-
残基数	-	-	-	-	113

LS精密化シェル

解像度: 2.4444→2.6903 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3357	115	-
R_work	0.2843	1169	-
obs	-	-	98 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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