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- PDB-7asi: Fixed-target serial femtosecond crystallography using in cellulo ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7asi
タイトルFixed-target serial femtosecond crystallography using in cellulo grown Neurospora crassa HEX-1 microcrystals. (Chips 1+2)
要素eIF-5a domain-containing protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / in cellulo crystals / Woronin body / septal pore sealing
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / translation elongation factor activity / ribosome binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hex1, S1 domain / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
eIF-5a domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.704 Å
Model detailsChip 1+2
データ登録者Lahey-Rudolph, J.M. / Schoenherr, R. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Seuring, C. / Wagner, A. / Meents, A. / Redecke, L.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research05K18FLA ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC306 ドイツ
Joachim Herz StiftungPhD scholarship ドイツ
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Fixed-target serial femtosecond crystallography using in cellulo grown microcrystals.
著者: Lahey-Rudolph, J.M. / Schonherr, R. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Seuring, C. / Wagner, A. / Meents, A. / Redecke, L.
履歴
登録2020年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: eIF-5a domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2221
ポリマ－19,2221
非ポリマー00
水1,69394
1
A: eIF-5a domain-containing protein

A: eIF-5a domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4432
ポリマ－38,4432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area1930 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.730, 58.730, 192.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-274-

HOH

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要素

#1: タンパク質 eIF-5a domain-containing protein


分子量: 19221.742 Da / 分子数: 1 / 変異: Met1_Tyr2insGly; Ser175_*insAla / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Recombinant baculovirus production in Escherichia coli DH10EmBacY (Geneva Biotech, BacToBac system). Lipofection with Escort IV reagent. P3 recombinant baculovirus stock used for infection of ...詳細: Recombinant baculovirus production in Escherichia coli DH10EmBacY (Geneva Biotech, BacToBac system). Lipofection with Escort IV reagent. P3 recombinant baculovirus stock used for infection of insect cells at MOI 1.
由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: GE21DRAFT_1527
プラスミド: modified pFastBac1 vector containing the sequence 5 -ATGGGCGCCTAA-3 between the BamHI and HindIII restriction sites
細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0B0EDT5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細The in cellulo crystallized Neurospora crassa HEX-1 forms a polymeric helical spiral with 12 ...The in cellulo crystallized Neurospora crassa HEX-1 forms a polymeric helical spiral with 12 monomers per full turn, or 6 homodimeric units per full turn. The homodimeric assembly features an identical interaction on opposite faces that propagates the spiral. This results in the six-fold symmetry of the crystals that is consistently observed in native Woronin bodies

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化温度: 300.15 K / 手法: in cell
詳細: Neurospora crassa HEX-1 P3 rBV-infected Sf9 cells at multiplicity of infection 1, cultivated in serum-free ESF921 medium

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.312 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月2日 / 詳細: Beryllium lenses
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.312 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.704→39.9 Å / Num. obs: 22635 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 124.12 % / Biso Wilson estimate: 18.31 Å2 / CC1/2: 0.964 / CC star: 0.991 / R split: 0.162 / Net I/σ(I): 5.421
反射 シェル解像度: 1.704→1.744 Å / 冗長度: 16.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1469 / CC1/2: 0.16 / CC star: 0.525 / R split: 0.189 / % possible all: 99.86
Serial crystallography measurementCollection time total: 0.25 hours / Focal spot size: 1 µm2 / Pulse duration: 27.5 fsec. / Pulse photon energy: 9.45 keV / Source distance: 0.116 m / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: micro-patterned single-crystalline silicon microchips
詳細: scanning speed matched to 120 Hz pulse repetition rate
Motion control: attachment to Roadrunner II / Sample dehydration prevention: humidor, helium chamber / Sample solvent: ESF921 insect cell medium / Sample unit size: 12 µm / Support base: Chips glued to aluminium support frame / Velocity horizontal: 2.5 / Velocity vertical: 100
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 19676 / Frames failed index: 6286 / Frames indexed: 13390 / Frames total: 87450 / Lattices indexed: 15224 / XFEL pulse events: 87450 / XFEL run numbers: 6,9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.16-3546精密化
PHENIXv1.9-1692精密化
PHASERv1.16-3546位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFELv0.6.3data processing
CrystFELv0.6.3データスケーリング
Cheetahデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1khi

1khi


解像度: 1.704→29.365 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 1787 7.95 %
Rwork0.2189 20683 -
obs0.2225 22470 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.52 Å2 / Biso mean: 25.3897 Å2 / Biso min: 3.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.704→29.365 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1093 0 0 94 1187
Biso mean---35.11 -
残基数----141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3161546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.684427
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.704-1.75010.50261310.4541152098
1.7501-1.80160.33441340.35531542100
1.8016-1.85970.34251340.27681542100
1.8597-1.92620.26571340.23761553100
1.9262-2.00330.26991340.2051560100
2.0033-2.09440.24161360.1771581100
2.0944-2.20480.2491360.17451552100
2.2048-2.34290.21111370.1641590100
2.3429-2.52370.22821360.17681576100
2.5237-2.77750.2271380.20021605100
2.7775-3.1790.27251400.21011615100
3.179-4.00360.28721430.22791655100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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